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- PDB-6w37: STRUCTURE OF THE SARS-CoV-2 ORF7A ENCODED ACCESSORY PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w37
タイトルSTRUCTURE OF THE SARS-CoV-2 ORF7A ENCODED ACCESSORY PROTEIN
要素ORF7a protein
キーワードVIRAL PROTEIN / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / SARS-CoV-2 modulates autophagy / host cell Golgi membrane / Virion Assembly and Release / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / SARS-CoV-2 modulates autophagy / host cell Golgi membrane / Virion Assembly and Release / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Structural accessory protein ORF7a, SARS-CoV-2-like / SARS coronavirus X4 / Structural accessory protein ORF7a, SARS-CoV-like / ORF7a superfamily, coronavirus / Structural accessory protein ORF7a, SARS-CoV-like, X4e domain / Betacoronavirus NS7A protein / X4e domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nelson, C.A. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: STRUCTURE OF THE SARS-CoV-2 ORF7A ENCODED ACCESSORY PROTEIN
著者: Nelson, C.A. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Fremont, D.H.
履歴
登録2020年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.32021年1月27日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name
改定 1.42022年1月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.52023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF7a protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5391
ポリマ－7,5391
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.393, 57.393, 55.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"

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要素

#1: タンパク質 ORF7a protein / SARS-Cov-2 Accessory protein 7a / Protein U122 / Protein X4 / ORF7a / Accessory protein 7a / Protein 7a


分子量: 7539.497 Da / 分子数: 1 / 断片: H-2Kb residues 1-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: refolded
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: 7a / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P0DTC7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.12 % / 解説: Long thin needles.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, 0.1M Tris-HCl pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.48
反射解像度: 2.9→37.15 Å / Num. obs: 2553 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.249 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.263 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.9-3.0810.71.04242573990.6150.3351.0962.6100
8.7-37.147.30.0888461160.9920.0340.09519.998.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.49 Å37.15 Å
Translation4.49 Å37.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XAK

1xak


解像度: 2.9→37.15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 262 10.31 %
Rwork0.2359 --
obs0.2551 2541 99.92 %
原子変位パラメータBiso mean: 37.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→37.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数522 0 0 3 525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0013537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4127728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.6375191
LS精密化 シェル解像度: 2.9→37.15 Å /
反射数%反射
Rwork2541 -
obs-99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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