PDB-6w2o: Crystal structure of uroporphyrinogen III decarboxylate (hemE) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w2o

タイトル

Crystal structure of uroporphyrinogen III decarboxylate (hemE) from Stenotrophomonas maltophilia

要素

Uroporphyrinogen decarboxylase

キーワード

LYASE / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / aerobic nonfermentative Gram-negative bacterium / heme biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of uroporphyrinogen III decarboxylate (hemE) from Stenotrophomonas maltophilia
著者: Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2020年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w2o.cif.gz	165.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w2o.ent.gz	126.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6w2o_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w2o_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	6w2o_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	6w2o_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wshS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s0g-d 6s23-2 1nwr-1 2x78-1 4uyw-1 6s31-d 6s23-1 2ddu-d 6zef-1 4uyz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-StmaA.01152.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uroporphyrinogen decarboxylase

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.690, 103.690, 74.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Uroporphyrinogen decarboxylase / URO-D 分子量: 40034.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: hemE, Smlt3622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FQJ0, uroporphyrinogen decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: StmaA.01152.a.B1.PW38744 at 20.4 mg/mL against JCSG+ condition G11: 0.1 M BisTris pH 5.5, 2.0 M ammonium sulfate, supplemented with 20% ethylene glycol as cryo-protectant

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→44.9 Å / Num. obs: 67246 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.457 % / B_iso Wilson estimate: 27.608 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_rim(I) all: 0.066 / Χ²: 1.053 / Net I/σ(I): 14.21 / Num. measured all: 366930 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	5.547	0.527	3.15	27501	4960	4958	0.884	0.582	100
1.59-1.63	5.541	0.421	3.93	26635	4807	4807	0.918	0.466	100
1.63-1.68	5.578	0.337	4.84	26128	4685	4684	0.944	0.372	100
1.68-1.73	5.581	0.275	5.95	25409	4555	4553	0.959	0.305	100
1.73-1.79	5.566	0.218	7.38	24596	4419	4419	0.972	0.242	100
1.79-1.85	5.563	0.181	8.9	23889	4296	4294	0.98	0.2	100
1.85-1.92	5.563	0.139	11.17	22746	4094	4089	0.987	0.155	99.9
1.92-2	5.547	0.117	13.08	22166	3997	3996	0.991	0.13	100
2-2.09	5.482	0.096	15.41	20798	3802	3794	0.991	0.107	99.8
2.09-2.19	5.447	0.082	17.9	19854	3656	3645	0.993	0.092	99.7
2.19-2.31	5.383	0.074	19.4	18645	3473	3464	0.994	0.082	99.7
2.31-2.45	5.388	0.067	20.99	17742	3310	3293	0.994	0.075	99.5
2.45-2.62	5.347	0.063	22.51	16479	3090	3082	0.994	0.07	99.7
2.62-2.83	5.295	0.057	24.03	15277	2901	2885	0.995	0.064	99.4
2.83-3.1	5.288	0.053	25.18	14028	2672	2653	0.996	0.059	99.3
3.1-3.47	5.226	0.05	26.58	12653	2437	2421	0.996	0.056	99.3
3.47-4	5.251	0.046	27.54	11274	2162	2147	0.997	0.051	99.3
4-4.9	5.27	0.04	28.2	9639	1835	1829	0.998	0.045	99.7
4.9-6.93	5.28	0.036	28.18	7582	1443	1436	0.998	0.04	99.5
6.93-44.9	4.88	0.032	27.25	3889	833	797	0.998	0.036	95.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.18rc2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4wsh

4wsh

解像度: 1.55→44.9 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1714	3920	6.04 %
R_work	0.1541	-	-
obs	0.1551	64910	96.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.07 Å² / B_iso mean: 25.7342 Å² / B_iso min: 12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→44.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2699	0	30	470	3199
B_iso mean	-	-	68.89	38.74	-
残基数	-	-	-	-	355

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.2466	112	0.1959	2037	2149	89
1.57-1.59	0.2048	126	0.1895	1992	2118	89
1.59-1.61	0.1901	135	0.1781	2057	2192	92
1.61-1.63	0.2073	148	0.1732	2073	2221	92
1.63-1.66	0.1757	128	0.1721	2032	2160	91
1.66-1.68	0.2203	128	0.1672	2097	2225	93
1.68-1.71	0.2081	135	0.163	2092	2227	93
1.71-1.73	0.1933	124	0.1653	2129	2253	95
1.73-1.76	0.2024	157	0.1567	2124	2281	95
1.76-1.8	0.1772	124	0.164	2134	2258	95
1.8-1.83	0.1757	131	0.1672	2150	2281	96
1.83-1.87	0.1593	133	0.1579	2167	2300	96
1.87-1.91	0.1877	148	0.1607	2184	2332	97
1.91-1.95	0.1947	146	0.1689	2186	2332	98
1.95-2	0.1781	141	0.1574	2204	2345	98
2-2.06	0.1781	155	0.1547	2177	2332	98
2.06-2.12	0.1784	129	0.1592	2233	2362	98
2.12-2.18	0.1709	154	0.1504	2215	2369	99
2.18-2.26	0.1711	127	0.1527	2253	2380	99
2.26-2.35	0.1794	135	0.1488	2227	2362	99
2.35-2.46	0.1933	140	0.1573	2270	2410	99
2.46-2.59	0.1714	170	0.1616	2220	2390	99
2.59-2.75	0.1828	143	0.1513	2247	2390	99
2.75-2.96	0.1641	161	0.1598	2255	2416	99
2.97-3.26	0.1884	154	0.1543	2266	2420	99
3.26-3.73	0.1313	131	0.1384	2294	2425	99
3.74-4.7	0.1388	145	0.1265	2310	2455	100
4.71-44.9	0.172	160	0.1695	2365	2525	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.607	0.1245	-0.7543	0.9158	-0.4563	1.1566	-0.0284	-0.0704	0.0595	0.0072	0.0092	-0.067	0.0017	0.1351	0.0303	0.1049	-0.0055	-0.0237	0.1593	-0.0042	0.1152	-1.4483	-48.6294	6.6697
2	1.5199	-0.7968	-0.0876	1.4798	-0.1014	0.8892	-0.0422	-0.1226	0.091	0.0557	0.087	-0.0178	-0.0938	0.0907	-0.0433	0.1498	-0.0042	-0.0256	0.1752	-0.0261	0.1269	-10.1191	-37.349	16.6972
3	0.9429	0.0246	0.1809	1.6697	0.753	1.5771	0.04	-0.0467	0.2069	-0.0412	-0.049	-0.0434	-0.1552	0.0592	0.0092	0.1174	-0.0209	0.0044	0.1451	-0.0017	0.1717	1.1105	-33.7082	-4.5877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 92 )	A	3 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 93 through 262 )	A	93 - 262
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 263 through 357 )	A	263 - 357

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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