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- PDB-6w1k: Crystal structure of the hydroxyglutarate synthase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w1k
タイトルCrystal structure of the hydroxyglutarate synthase in complex with 2-oxoadipate from Oryza sativa
要素Hydroxyglutarate synthase
キーワードLYASE / Decarboxylase Lysine catabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase / amyloplast / dioxygenase activity / chloroplast / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 - #50 / Domain of unknown function DUF1338 / 2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase / DUF1338 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / 2-OXOADIPIC ACID / 2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase, chloroplastic/amyloplastic / 2-oxoadipate dioxygenase/decarboxylase, chloroplastic/amyloplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Thompson, M.G. / Blake-Hedges, J.M. / Keasling, J.D. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: An iron (II) dependent oxygenase performs the last missing step of plant lysine catabolism.
著者: Thompson, M.G. / Blake-Hedges, J.M. / Pereira, J.H. / Hangasky, J.A. / Belcher, M.S. / Moore, W.M. / Barajas, J.F. / Cruz-Morales, P. / Washington, L.J. / Haushalter, R.W. / Eiben, C.B. / ...著者: Thompson, M.G. / Blake-Hedges, J.M. / Pereira, J.H. / Hangasky, J.A. / Belcher, M.S. / Moore, W.M. / Barajas, J.F. / Cruz-Morales, P. / Washington, L.J. / Haushalter, R.W. / Eiben, C.B. / Liu, Y. / Skyrud, W. / Benites, V.T. / Barnum, T.P. / Baidoo, E.E.K. / Scheller, H.V. / Marletta, M.A. / Shih, P.M. / Adams, P.D. / Keasling, J.D.
履歴
登録2020年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxyglutarate synthase
B: Hydroxyglutarate synthase
C: Hydroxyglutarate synthase
D: Hydroxyglutarate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,97328
ポリマ－144,5614
非ポリマー2,41224
水20,2311123
1
A: Hydroxyglutarate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5515
ポリマ－36,1401
非ポリマー4114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hydroxyglutarate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8398
ポリマ－36,1401
非ポリマー6997
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hydroxyglutarate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8398
ポリマ－36,1401
非ポリマー6997
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hydroxyglutarate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7437
ポリマ－36,1401
非ポリマー6036
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.300, 98.200, 203.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Hydroxyglutarate synthase


分子量: 36140.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: OsJ_31810, OSJNBa0071K18.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8H916, UniProt: Q337M4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-OOG / 2-OXOADIPIC ACID / 2-オキソアジピン酸


分子量: 160.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.01 M Magnesium Chloride, 0.05 M MES pH 5.6, 1.8 M Lithium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→39.8 Å / Num. obs: 156493 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 29.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.91 Å / Num. unique obs: 15364 / CC1/2: 0.517

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LHO

3lho


解像度: 1.85→39.79 Å / SU ML: 0.189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4898
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1915 7752 4.95 %
Rwork0.1646 --
obs0.1659 156470 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9784 0 128 1123 11035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.086113764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05881475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.18663701
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.870.31892510.29994840X-RAY DIFFRACTION98.74
1.87-1.890.30972460.27014921X-RAY DIFFRACTION98.89
1.89-1.920.29242800.24944826X-RAY DIFFRACTION98.42
1.92-1.940.28072710.24144897X-RAY DIFFRACTION98.68
1.94-1.970.25992400.23434931X-RAY DIFFRACTION98.72
1.97-1.990.26922560.22694866X-RAY DIFFRACTION98.82
1.99-2.020.26142460.22964954X-RAY DIFFRACTION98.86
2.02-2.050.24912500.20964937X-RAY DIFFRACTION98.99
2.05-2.080.23382520.19724895X-RAY DIFFRACTION99
2.08-2.120.23262640.18694889X-RAY DIFFRACTION99.25
2.12-2.150.21682790.18114936X-RAY DIFFRACTION99.13
2.15-2.190.21022690.17064800X-RAY DIFFRACTION96.63
2.19-2.240.21322720.15974933X-RAY DIFFRACTION99.41
2.24-2.280.20932580.15244967X-RAY DIFFRACTION99.43
2.28-2.330.18622760.15424916X-RAY DIFFRACTION99.33
2.33-2.380.1952630.15734940X-RAY DIFFRACTION99.35
2.39-2.440.18482590.15154951X-RAY DIFFRACTION99.26
2.44-2.510.20072560.15244955X-RAY DIFFRACTION99.33
2.51-2.580.18892520.15455019X-RAY DIFFRACTION99.55
2.58-2.670.16822390.15334973X-RAY DIFFRACTION99.69
2.67-2.760.19232510.15634992X-RAY DIFFRACTION99.51
2.76-2.870.1942760.15844840X-RAY DIFFRACTION96.93
2.87-30.21272570.16195024X-RAY DIFFRACTION99.68
3-3.160.19522540.16945025X-RAY DIFFRACTION99.68
3.16-3.360.18812630.16514998X-RAY DIFFRACTION99.66
3.36-3.620.17282390.15745063X-RAY DIFFRACTION99.55
3.62-3.980.16632460.14275075X-RAY DIFFRACTION99.4
3.98-4.560.13552270.12144980X-RAY DIFFRACTION97.29
4.56-5.740.17252840.14095144X-RAY DIFFRACTION99.87
5.74-39.790.17992760.19335231X-RAY DIFFRACTION97.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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