PDB-6w15: Crystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w15

タイトル

Crystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase with bound SAH from Mycobacterium smegmatis

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase with bound SAH from Mycobacterium smegmatis
著者: Dranow, D.M. / Bolejack, M.J. / Abendroth, J.A. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2025年10月22日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp / pdbx_entry_details Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w15.cif.gz	115.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w15.ent.gz	72.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w15	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zhiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qrb-d 6qoc-d 6qr4-d 6qqt-d 6qqy-d 6qr6-d 6qoq-d 6qr8-d 6qr3-d 6qr7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
52.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.100, 59.100, 114.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26057.330 Da / 分子数: 1 / 断片: MysmA.00937.a.AE1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: trmD, MSMEI_2377 / プラスミド: MysmA.00937.a.AE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: I7FBD0, UniProt: A0QV40*PLUS, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.92 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MysmA.00937.a.AE1.PW38670 at 19.05 mg/ml, incubated with 5 mM SAH, mixed 1:1 with MCSG1(a10): 28% (v/v) PPG P400, 0.1 M HEPES:NaOH, pH = 7.5, 0.2 M CaCl2. Tray: 311562a10. Puck: dcp5-10.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14157 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 24.126 % / B_iso Wilson estimate: 44.465 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_rim(I) all: 0.038 / Χ²: 0.982 / Net I/σ(I): 55.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	16.159	0.621	4.76	1043	0.987	0.642	99.9
2.05-2.11	17.811	0.502	6.27	1005	0.975	0.516	99.8
2.11-2.17	19.551	0.404	8.57	966	0.986	0.415	99.4
2.17-2.24	20.542	0.306	11.82	941	0.997	0.314	98.9
2.24-2.31	21.825	0.248	14.75	910	0.996	0.254	97.4
2.31-2.39	23.78	0.182	20.15	895	0.998	0.186	97.8
2.39-2.48	26.375	0.153	25.39	837	0.999	0.156	97
2.48-2.58	27.874	0.132	29.57	812	0.999	0.134	96.4
2.58-2.7	27.851	0.105	36.87	811	0.999	0.107	98.3
2.7-2.83	27.823	0.083	43.93	741	0.999	0.084	97.4
2.83-2.98	27.881	0.059	58.63	725	1	0.06	97.4
2.98-3.16	27.901	0.044	76.56	695	1	0.045	99
3.16-3.38	27.702	0.036	90.33	652	1	0.037	97.6
3.38-3.65	27.481	0.028	116.82	617	1	0.028	99
3.65-4	27.253	0.023	139.79	570	1	0.024	98.6
4-4.47	26.714	0.02	150.94	521	1	0.02	98.7
4.47-5.16	26.603	0.018	159.93	473	1	0.018	99.6
5.16-6.32	25.892	0.02	156.65	408	1	0.02	99.5
6.32-8.94	24.634	0.018	159.34	328	1	0.019	100
8.94-50	20.411	0.017	161.19	207	1	0.018	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZHI

5zhi

解像度: 2→41.79 Å / SU ML: 0.2308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4062

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2629	1373	9.71 %
R_work	0.203	-	-
obs	0.2087	14147	98.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1557	0	26	60	1643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	1620
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8053	2211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0523	249
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	301
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.0736	603

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.07	0.3233	149	0.2675	1240	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.07-2.15	0.2975	150	0.2548	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.15-2.25	0.3097	139	0.2352	1243	X-RAY DIFFRACTION	98.43
2.25-2.37	0.3439	130	0.2441	1251	X-RAY DIFFRACTION	97.6
2.37-2.52	0.2688	131	0.2365	1229	X-RAY DIFFRACTION	97.35
2.52-2.71	0.3266	135	0.2486	1253	X-RAY DIFFRACTION	97.27
2.71-2.99	0.3278	124	0.2517	1274	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2.99-3.42	0.3014	123	0.2227	1285	X-RAY DIFFRACTION	98.32
3.42-4.3	0.2277	143	0.1648	1325	X-RAY DIFFRACTION	98.92
4.31-41.79	0.2135	149	0.1726	1420	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7970822605	-1.94382466497	-6.41061052747	4.0953528744	1.91649875511	4.72389879963	0.108012084704	-0.0416831932346	0.362934394379	-0.197253973638	0.237389826617	0.00572815115351	-0.995798272921	0.503635099226	-0.364332342421	0.415629957967	-0.0953516069469	-0.0690864494399	0.392630008997	-0.0853616050931	0.343696139999	13.4879325223	8.75429628984	9.383108724
2	7.90214839523	-5.21888111754	-3.38856821397	5.5159668619	2.26120367312	2.6341161578	-0.338876410309	-0.675673983867	0.346711809635	0.246005308752	0.529221457494	-0.780899748023	-0.117736938238	0.761632179473	-0.249440355528	0.321966667967	-0.0664891182019	-0.0652589411483	0.494160252215	-0.163587602042	0.517196791294	25.0453590089	2.00609263539	9.14185797969
3	3.2600401372	-1.85697835627	-1.43858506654	4.43247756503	2.27275114927	4.41131604252	-0.193706457501	-0.537855041357	0.121718211865	0.544239185731	0.454812437598	-0.479871866777	0.521543996148	0.662179557842	-0.363378066734	0.387214561457	0.0473270685581	-0.0924995281661	0.300950337496	-0.0502756576878	0.364417890358	19.3292327083	-7.46842010855	9.8740182246
4	2.78017912351	-1.22188950327	-0.247721583262	4.17536291979	1.80591225038	3.52441692049	-0.146039938229	-0.29250727368	-0.0640008094887	0.440684715433	0.286173304663	-0.00701486501855	0.453330484965	0.0736362100697	-0.149864756102	0.304028921371	-0.0763512287232	-0.00163648739161	0.246502347863	0.00951609623538	0.239281196214	7.27603793381	-2.4049034555	9.62825071995
5	5.62613641627	-0.31311647807	4.35934527997	0.0586022604285	-0.192450681177	3.52559066885	-0.19751782953	-0.0315688010315	-0.101172356935	0.305349123291	0.347005145152	0.101723533285	-0.364585572373	-0.266591871265	-0.0582891180481	0.334534906596	-0.0761572362963	0.0606366973042	0.425485380438	-0.0168685219028	0.468670510509	-13.3574981024	8.67215531975	3.84956420237
6	5.44485205946	3.01244765019	-0.780984548116	2.35500609961	-1.35143729923	1.69175554472	0.850683993447	1.02551612109	1.19178848723	-0.557008340564	-0.48708554235	0.497460872297	-0.880290981343	-0.14832317727	-0.385655942473	0.49475370317	0.277826408689	0.0523266522084	0.803917360052	0.102387911155	0.521361467088	-21.2451478474	21.6459933501	-9.21367745219
7	7.97923892622	-5.55605128823	-0.83862376601	4.49724134665	0.851844199754	1.13442564928	-0.0526577461227	0.712791652027	-0.980728833459	0.14682003664	-0.395142081609	0.852213628479	0.377700625006	-0.646791385491	0.421303502056	0.469618295602	-0.224775055051	-0.00409844298063	0.775521406163	-0.189151116475	0.539474927754	-20.9898484481	4.75719251503	-2.56958788545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 48 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 49 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 84 through 155 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 156 through 180 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 181 through 200 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 201 through 225 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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