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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w15 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase with bound SAH from Mycobacterium smegmatis | ||||||
要素 | tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SSGCID / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase with bound SAH from Mycobacterium smegmatis 著者: Dranow, D.M. / Bolejack, M.J. / Abendroth, J.A. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w15.cif.gz | 116.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w15.ent.gz | 72.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w15.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w15_validation.pdf.gz | 685.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w15_full_validation.pdf.gz | 686 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6w15_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w15_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w15 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5zhiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26057.330 Da / 分子数: 1 / 断片: MysmA.00937.a.AE1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: trmD, MSMEI_2377 / プラスミド: MysmA.00937.a.AE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: I7FBD0, UniProt: A0QV40*PLUS, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.92 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MysmA.00937.a.AE1.PW38670 at 19.05 mg/ml, incubated with 5 mM SAH, mixed 1:1 with MCSG1(a10): 28% (v/v) PPG P400, 0.1 M HEPES:NaOH, pH = 7.5, 0.2 M CaCl2. Tray: 311562a10. Puck: dcp5-10. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 14157 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 24.126 % / Biso Wilson estimate: 44.465 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 55.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ZHI 解像度: 2→41.79 Å / SU ML: 0.2308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4062
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→41.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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