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Yorodumi- PDB-6w15: Crystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6w15 | ||||||
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Title | Crystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase with bound SAH from Mycobacterium smegmatis | ||||||
Components | tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycolicibacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase with bound SAH from Mycobacterium smegmatis Authors: Dranow, D.M. / Bolejack, M.J. / Abendroth, J.A. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6w15.cif.gz | 116.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6w15.ent.gz | 72.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6w15.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6w15_validation.pdf.gz | 685.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6w15_full_validation.pdf.gz | 686 KB | Display | |
Data in XML | 6w15_validation.xml.gz | 10.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6w15_validation.cif.gz | 13.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w15 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5zhiS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26057.330 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: MysmA.00937.a.AE1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (bacteria) Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: trmD, MSMEI_2377 / Plasmid: MysmA.00937.a.AE1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: I7FBD0, UniProt: A0QV40*PLUS, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase |
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#2: Chemical | ChemComp-SAH / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: MysmA.00937.a.AE1.PW38670 at 19.05 mg/ml, incubated with 5 mM SAH, mixed 1:1 with MCSG1(a10): 28% (v/v) PPG P400, 0.1 M HEPES:NaOH, pH = 7.5, 0.2 M CaCl2. Tray: 311562a10. Puck: dcp5-10. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Oct 9, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 14157 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 24.126 % / Biso Wilson estimate: 44.465 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 55.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ZHI Resolution: 2→41.79 Å / SU ML: 0.2308 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.4062
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→41.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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