PDB-6w11: The structure of Sulfolobus solfataricus Csa3 in complex with cyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w11

タイトル

The structure of Sulfolobus solfataricus Csa3 in complex with cyclic tetraadenylate (cA4)

要素

CRISPR locus-related putative DNA-binding protein Csa3
cA4

キーワード

TRANSCRIPTION / CARF / CRISPR-Cas / cyclic oligoadenylate / cA4

機能・相同性

CRISPR locus-related putative DNA-binding protein Csa3 / Csa3 CRISPR-associated Rossmann-like domain / defense response to virus / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / DNA binding / RNA / CRISPR locus-related putative DNA-binding protein Csa3

機能・相同性情報

生物種

Saccharolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Charbonneau, A.A. / Gauvin, C.C. / Lawrence, C.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Cyclic Tetra-Adenylate (cA 4 ) Recognition by Csa3; Implications for an Integrated Class 1 CRISPR-Cas Immune Response in Saccharolobus solfataricus.
著者: Charbonneau, A.A. / Eckert, D.M. / Gauvin, C.C. / Lintner, N.G. / Lawrence, C.M.

履歴

登録	2020年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6w11_full_validation.pdf.gz	457.4 KB	表示
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CIF形式データ	6w11_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/6w11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wteS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wte-d 1njk-d 2fmy-1 1dcp-1 2fmy-2 5rgw-1 5hpl-2 6ya0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

B: CRISPR locus-related putative DNA-binding protein Csa3

A: CRISPR locus-related putative DNA-binding protein Csa3

C: cA4

49.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.094, 93.369, 105.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CRISPR locus-related putative DNA-binding protein Csa3 分子量: 24071.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: csa3, SSO1445 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97Y88
#2: RNA鎖	cA4 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Cyclic 4 base RNA / 由来: (合成) Saccharolobus solfataricus (古細菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 14-22% PEG MME 550, 100mM imidazole, 150mM malate, 10mM cA4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 160 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年6月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 16551 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 2.153 / Net I/σ(I): 23.9 / Num. measured all: 171587

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.45-2.49	10.4	0.82	824	0.737	0.265	0.863	0.801	100
2.49-2.54	10.7	0.639	848	0.897	0.203	0.671	0.806	100
2.54-2.59	10.6	0.617	832	0.922	0.202	0.65	0.859	100
2.59-2.64	10.6	0.483	830	0.948	0.155	0.508	0.906	100
2.64-2.7	10.8	0.409	845	0.959	0.13	0.429	0.944	100
2.7-2.76	10.8	0.372	826	0.966	0.117	0.39	0.926	100
2.76-2.83	10.8	0.285	848	0.979	0.09	0.299	0.901	100
2.83-2.9	10.8	0.231	853	0.988	0.073	0.242	0.976	100
2.9-2.99	10.9	0.199	827	0.991	0.063	0.209	1.057	100
2.99-3.09	10.8	0.149	851	0.994	0.047	0.156	2.488	100
3.09-3.2	10.9	0.13	841	0.994	0.041	0.137	1.231	100
3.2-3.32	10.8	0.112	856	0.995	0.035	0.118	1.484	100
3.32-3.48	10.7	0.119	848	0.995	0.038	0.125	2.517	100
3.48-3.66	8.2	0.154	650	0.725	0.059	0.166	3.759	78
3.66-3.89	7.2	0.151	743	0.964	0.058	0.163	5.874	84.3
3.89-4.19	9.9	0.07	658	0.997	0.023	0.074	3.42	76.2
4.19-4.61	10.7	0.063	861	0.997	0.02	0.066	4.331	99.9
4.61-5.28	10.7	0.057	873	0.998	0.018	0.06	3.764	99.7
5.28-6.65	10.5	0.06	904	0.998	0.019	0.063	4.023	100
6.65-50	9.7	0.049	933	0.998	0.017	0.052	4.408	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WTE

2wte

解像度: 2.46→27.91 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.56

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2428	1648	10.01 %
R_work	0.2027	-	-
obs	0.2067	16462	95.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 186.04 Å² / B_iso mean: 85.6564 Å² / B_iso min: 36.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.46→27.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3289	88	0	21	3398
B_iso mean	-	-	-	68.81	-
残基数	-	-	-	-	416

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.46-2.53	0.3464	128	0.2877	1161	1289	92
2.53-2.61	0.349	141	0.2686	1260	1401	100
2.61-2.71	0.319	141	0.2578	1265	1406	100
2.71-2.81	0.3278	139	0.2727	1258	1397	100
2.81-2.94	0.2913	141	0.2598	1265	1406	100
2.94-3.1	0.3553	142	0.2579	1279	1421	100
3.1-3.29	0.2943	143	0.2506	1284	1427	100
3.29-3.54	0.3067	139	0.2367	1259	1398	99
3.54-3.9	0.2952	114	0.2527	1008	1122	78
3.9-4.46	0.1803	119	0.1718	1067	1186	83
4.46-5.61	0.1896	146	0.1596	1315	1461	100
5.62-27.91	0.1986	155	0.1619	1393	1548	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9111	-0.9259	-0.2564	3.3562	0.295	5.4518	0.0251	0.2819	0.0265	-0.1864	0.1083	-0.3961	-0.0115	0.5506	-0.1263	0.4345	-0.0598	0.0658	0.465	-0.0872	0.4754	-8.4764	-9.2574	1.7322
2	6.7341	-5.7054	-3.5626	8.2969	1.7103	5.6126	0.0611	0.0097	1.6936	-0.0105	-0.3236	1.4672	-0.8495	-0.5747	0.2386	0.7021	0.0085	0.0928	0.4776	-0.1739	1.2044	-24.5697	8.1045	8.366
3	4.3872	5.863	3.1007	8.2431	2.5998	8.2403	-1.5037	-1.2665	1.9224	-1.2458	0.2063	1.9798	-0.8013	-0.7145	1.1035	1.3042	0.4377	-0.1306	1.3126	-0.0406	2.0824	-36.2835	29.1847	7.305
4	6.846	-4.2583	4.7261	5.6309	-5.6944	5.7811	0.5702	0.5784	0.5389	-0.6445	-0.2565	1.4038	-0.0123	0.7523	-0.5204	1.0474	-0.0242	0.0496	0.7013	-0.061	1.3439	-29.8554	16.165	6.5544
5	5.7719	-3.1999	-2.3842	8.5606	-0.4413	6.2315	0.4273	-1.972	0.3018	1.4612	-0.1344	-0.2397	0.2534	0.5906	-0.2008	0.7861	-0.2475	0.1404	1.0654	-0.1096	0.6477	-27.0743	-16.1851	25.4038
6	8.2283	1.7283	3.4892	4.5426	-0.2979	7.1339	0.6388	-0.9986	-0.3836	-0.1806	-0.2818	0.5536	0.5181	-0.6349	-0.2838	0.5894	-0.1382	0.1127	0.7466	-0.1649	0.6452	-35.5404	-19.3579	18.6632
7	3.7114	0.7758	-1.6597	9.4934	-3.7229	6.8297	0.0295	-0.5601	0.6462	-0.1493	0.0005	0.7079	-0.1786	-0.1801	-0.1912	0.5888	-0.0165	0.08	0.6905	-0.2923	0.6635	-34.1261	-6.1255	16.7047
8	3.7124	-3.0529	-0.5289	9.5627	1.4568	2.5969	0.2665	-1.4036	0.4218	0.4939	-0.1233	0.5419	0.1454	-0.6231	-0.0703	0.6962	-0.1168	0.0901	0.8292	-0.2484	0.4672	-25.4625	-8.8587	21.3197
9	7.7144	2.9458	2.6128	5.7868	0.1863	6.9703	0.3768	-1.0982	0.4423	0.7007	-0.5636	-0.0928	-0.0084	0.2032	0.1146	0.539	-0.1578	0.0742	0.5119	-0.0705	0.4348	-20.681	-7.7963	17.7131
10	6.0804	4.9353	6.1217	4.0517	5.0541	9.2331	-0.1222	-0.4986	0.7969	-0.3675	-0.2295	0.243	-0.7442	0.3165	0.3275	0.7992	-0.1661	0.1619	0.915	-0.2791	0.6987	-5.4809	6.2729	23.8354
11	8.4573	0.8201	0.1119	8.939	-0.7063	4.6032	-0.046	1.3301	0.0473	0.1857	0.1084	-0.9203	-0.2302	1.3258	-0.1314	0.9714	-0.1428	-0.028	1.0907	-0.1833	0.6251	0.5714	12.3471	35.9429
12	2.6693	-0.6837	-3.0727	7.4634	-0.9659	8.4141	-0.3541	-0.4188	-1.8985	0.6355	0.1533	-0.7208	0.5584	1.7408	0.4253	0.961	-0.0014	-0.1407	1.2481	-0.22	0.6932	-1.3297	2.3124	29.0825
13	4.9545	-4.6372	-6.8814	5.2061	6.6565	9.9379	-1.0724	0.3287	-1.8693	0.1204	0.2756	0.2756	1.1549	0.3346	0.6034	0.8146	-0.1165	0.0196	0.6626	-0.0158	0.7034	-21.0677	-19.9091	7.4941

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 110 )	B	1 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 111 through 157 )	B	111 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 158 through 177 )	B	158 - 177
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 178 through 212 )	B	178 - 212
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1 through 28 )	A	1 - 28
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 29 through 55 )	A	29 - 55
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 56 through 84 )	A	56 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 85 through 97 )	A	85 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 98 through 127 )	A	98 - 127
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 128 through 157 )	A	128 - 157
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 158 through 185 )	A	158 - 185
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 186 through 212 )	A	186 - 212
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 4 )	C	1 - 4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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