PDB-6w08: Crystal Structure of Motility Associated Killing Factor E from Vi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w08

タイトル

Crystal Structure of Motility Associated Killing Factor E from Vibrio cholerae

要素

Motility Associated Killing Factor E

キーワード

TOXIN / Tripartite pore forming toxin / Cytotoxin / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2022
タイトル: A Genomic Island of Vibrio cholerae Encodes a Three-Component Cytotoxin with Monomer and Protomer Forms Structurally Similar to Alpha-Pore-Forming Toxins.
著者: Herrera, A. / Kim, Y. / Chen, J. / Jedrzejczak, R. / Shukla, S. / Maltseva, N. / Joachimiak, G. / Welk, L. / Wiersum, G. / Jaroszewski, L. / Godzik, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F.

履歴

登録	2020年2月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w08.cif.gz	359.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w08.ent.gz	243.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6w08_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w08_full_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示
XML形式データ	6w08_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	6w08_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/6w08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/6w08	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6dfpC 6w1wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tao-d 3us2-2 1yyw-1 5e84-1 1v9u-d 3us2-1 5cbg-d 5i0d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95803

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Motility Associated Killing Factor E

B: Motility Associated Killing Factor E

ヘテロ分子

80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.209, 45.134, 143.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.157, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Motility Associated Killing Factor E 分子量: 39827.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0884 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KL63

-
非ポリマー , 6種, 332分子

#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Potassium thiocyanate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 74404 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.053 / Num. unique obs: 3667 / CC_1/2: 0.466 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: the same protein structure from SAD phasing with a lower resolution.

解像度: 1.75→49.49 Å / SU ML: 0.2106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.6169

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1965	3656	4.94 %
R_work	0.1745	-	-
obs	0.1756	74012	97.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→49.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5556	0	13	323	5892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	5743
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5328	7820
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0379	937
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0026	1032
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3765	3501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3545	112	0.3147	2424	X-RAY DIFFRACTION	87.21
1.77-1.8	0.2679	106	0.2956	2663	X-RAY DIFFRACTION	94.09
1.8-1.82	0.3096	127	0.274	2593	X-RAY DIFFRACTION	95.2
1.82-1.85	0.2771	129	0.2566	2679	X-RAY DIFFRACTION	96.73
1.85-1.88	0.2934	142	0.2269	2697	X-RAY DIFFRACTION	97.76
1.88-1.91	0.2213	146	0.2142	2698	X-RAY DIFFRACTION	97.77
1.91-1.94	0.242	143	0.2012	2679	X-RAY DIFFRACTION	97.78
1.94-1.98	0.2512	150	0.2048	2699	X-RAY DIFFRACTION	97.87
1.98-2.02	0.2274	134	0.1916	2698	X-RAY DIFFRACTION	98.03
2.02-2.06	0.2401	140	0.1914	2646	X-RAY DIFFRACTION	95.02
2.06-2.1	0.2304	132	0.1863	2649	X-RAY DIFFRACTION	97.41
2.1-2.15	0.2079	172	0.1736	2733	X-RAY DIFFRACTION	98.24
2.15-2.21	0.2116	150	0.1579	2701	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.21-2.27	0.1699	146	0.1588	2725	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.27-2.33	0.2241	148	0.1629	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.27
2.33-2.41	0.1936	111	0.1681	2776	X-RAY DIFFRACTION	98.63
2.41-2.49	0.2422	135	0.1725	2769	X-RAY DIFFRACTION	98.64
2.49-2.59	0.2399	138	0.1775	2706	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.59-2.71	0.1906	129	0.1766	2677	X-RAY DIFFRACTION	96
2.71-2.85	0.2129	162	0.1727	2751	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.85-3.03	0.2046	147	0.1824	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.03-3.27	0.2144	137	0.1788	2817	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.27-3.6	0.1832	139	0.1721	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.25
3.6-4.12	0.1836	176	0.1498	2696	X-RAY DIFFRACTION	96.77
4.12-5.18	0.1422	175	0.1464	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.43
5.18-49.49	0.1801	130	0.1797	2885	X-RAY DIFFRACTION	97.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.76495633048	2.51055249368	2.55048306119	3.4596848913	2.42853460052	3.43505862973	-0.0490115376066	0.166057077371	0.0776616541729	-0.123618523336	-0.0494558159488	0.00840506082771	-0.0229041651197	-0.102311580967	-0.0586340705324	0.222570588482	0.0578156999097	0.00375051906128	0.289394646859	0.0280513278291	0.179977589296	8.60776466807	4.86560944899	21.9706272005
2	5.52365078793	1.48773966527	2.12256587925	1.69859073767	0.894009365251	3.09890289281	0.219106783491	0.063100142039	0.59130685203	0.208097009678	-0.280996916215	0.133427021149	0.101118527475	-0.119143587188	0.137552152922	0.240570298354	0.0594209705959	0.00838101945011	0.238114916259	0.0274719299606	0.261996030891	9.34670035187	18.068884238	30.3073291874
3	3.38969539047	1.36440902671	1.63344108686	1.70699306597	1.1905578455	1.64220411508	-0.150914365799	0.249443125732	0.00630753095358	-0.296793336026	-0.0787372155473	0.229373953449	0.015219104934	-0.331306407376	0.260377110878	0.30728144515	-0.00192029611141	0.00298536741326	0.52541754406	0.000673785192674	0.261562492733	-7.51641811996	2.03711952218	12.7640564367
4	8.68635248904	5.88727269359	1.91540182534	6.83005129739	1.15240255547	2.50048259213	-0.415569624566	1.1923508387	0.384820872042	-0.493110119661	0.459666119617	0.204709969311	-0.117583088251	0.225169315935	-0.0317132021621	0.233277020242	0.0352805284914	0.0137949218396	0.439374887555	0.0607189769572	0.202774811431	27.4647502546	9.84146200774	21.3461935099
5	0.942332760832	-0.615857786995	-0.739328882197	0.818920724251	-0.354750973204	2.21783240232	-0.0349162363262	0.71968958439	-0.764926960595	-0.244921633177	0.2569420299	-0.379380242486	0.392434486424	-0.10709792377	0.107991927695	0.308968257072	0.00154708756934	-0.0110251078068	0.336955932489	-0.100869077178	0.312544969473	13.3877146094	-3.29740594716	26.5368980843
6	4.36314921584	3.19311233042	2.85347171735	2.91926601588	2.93641751239	3.02950922044	0.149741465399	-0.101688475276	-0.0491430258124	0.193264516621	-0.11648631339	-0.0612795357426	0.205462983521	-0.195471405011	-0.0851298592211	0.260707268198	-0.0171339638857	-0.0111652397172	0.290244405756	0.0276992364013	0.248098915543	20.9673723267	5.72052636264	33.4221602513
7	4.45899138407	2.56962510644	2.06142903224	3.38981771432	1.74236194607	1.97865695224	0.100326125198	0.435713136045	-0.252899798205	0.0796705028956	0.134355850673	-0.403439997106	0.14437477406	0.240696992973	-0.23618158645	0.195033437462	0.0459180919125	0.00851837558714	0.266703836657	0.00529054884791	0.225552811444	30.7123696817	7.36903485692	29.9153046422
8	7.82512528887	4.43860973261	5.19719199538	3.72619747295	3.52619908804	4.52897904749	-0.420717836106	0.706833973394	0.0335307014626	-0.515536797766	0.199854772592	0.197777292509	-0.289740936363	0.0419767299685	0.244701218779	0.367115498767	0.0107843829128	-0.00371818519103	0.553986637262	-0.00459357513023	0.26693255159	0.47633583285	4.34895820078	9.83445631471
9	6.02239259164	2.22531071823	4.78491483922	3.33493150338	1.79124765104	5.76907160042	0.128018478831	0.369907696241	-0.766308332755	-0.172246084558	-0.19936191264	-0.0843080219867	0.916818568598	-0.172052311518	0.0490926831014	0.484887349679	-0.10046174536	0.0428973175938	0.605385904096	-0.133163493527	0.43289205673	-11.5598267315	-13.5864446648	6.4750999977
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11	2.5934139896	-2.57473676851	1.40811051414	4.56351810215	-1.94470075891	1.45599047007	0.0241277953123	0.0527005550853	0.0348878704448	-0.0632173505173	-0.073126587344	-0.130277156296	0.100606366642	0.109752130256	0.0376882481595	0.22606032088	0.00321317858601	0.0234930121738	0.209529265	-0.0193866590392	0.156545556455	18.0845050185	-0.415905270794	51.5735838
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14	2.79340542475	-1.73434227501	1.31559382022	1.98455313512	-0.81831940865	0.89932887494	-0.0612687559396	-0.207043598772	-0.0539570481205	0.0866169934465	0.0637357473481	0.0496833713383	0.0820326688575	-0.101331806066	-0.0156825414687	0.196052537106	-0.0120428550026	0.0438532638571	0.173349723738	0.0233927200333	0.147962810738	3.53581329802	2.20683594451	50.804911883
15	3.61243887152	-2.18624932221	2.5705550538	3.18831540331	-1.55300683032	3.42527256519	0.352123104399	-0.0367447101719	-0.506771683306	-0.146996295902	-0.0114018381087	0.26693709196	0.507273338044	0.129541644984	-0.299949407384	0.234614261283	-0.00422634046617	0.0254647155498	0.161028176881	-0.0074061658305	0.241025357804	19.1627870713	-14.184173174	53.6954305431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 159 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 160 through 190 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 191 through 208 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 209 through 230 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 231 through 264 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 265 through 309 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 310 through 341 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 342 through 358 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 103 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 104 through 159 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 160 through 208 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 209 through 309 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 310 through 357 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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