PDB-6w04: Crystal structure of HAD hydrolase, family IA, variant 3 from Ent...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6w04

タイトル

Crystal structure of HAD hydrolase, family IA, variant 3 from Entamoeba histolytica HM-1:IMSS

要素

HAD hydrolase, family IA, variant 3

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Entamoeba histolytica / HAD hydrolase / family IA / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily / HAD-like superfamily / hydrolase activity / HAD hydrolase, family IA, variant 3

機能・相同性情報

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of HAD hydrolase, family IA, variant 3 from Entamoeba histolytica HM-1:IMSS
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年2月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6w04.cif.gz	131.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6w04.ent.gz	84.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6w04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6w04_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6w04_full_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示
XML形式データ	6w04_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	6w04_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/6w04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/6w04	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3qu7-1 3f4s-d 4aly-2 2dps-1 6rxr-2 1woj-d 4cp1-d 6rxr-3 1omv-d 2c06-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EnhiA.01283.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: HAD hydrolase, family IA, variant 3

ヘテロ分子

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.910, 100.910, 45.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	HAD hydrolase, family IA, variant 3 分子量: 26373.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_073350 / プラスミド: EnhiA.01283.a.AE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C4LXK0, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 24.5 mg/mL EnhiA.01283.a.AE1.PS38608 (labeled as BrabA.17285.c.AE2) in 3 mM magnesium chloride against MCSG1_A2-C2 optimization screen, condition g3 (200 mM ammonium sulfate, 26% w/v PEG3350, ...詳細: 24.5 mg/mL EnhiA.01283.a.AE1.PS38608 (labeled as BrabA.17285.c.AE2) in 3 mM magnesium chloride against MCSG1_A2-C2 optimization screen, condition g3 (200 mM ammonium sulfate, 26% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris-HCl, pH 5.4), cryoprotectant: 15% ethylene glycol + 3 mM magnesium chloride in two steps, tray: 314701g3, puck wrw2-2, for experimental phasing, a crystal from MCSG1_A2-C2 optimization screen, condition e7 (300 mM lithium sulfate, 24% w/v PEG3350, 100 mM Bis-Tris-HCl, pH 5.0) was soaked for 20 seconds in 90% reservoir + 10% 5 M sodium iodide in ethylene glycol, followed by another 20-second soak in 80% reservoir + 20% 5 M sodium iodide in ethylene glycol, vitrified in liquid nitrogen, tray 314703e7, puck ynn3-8

結晶

マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 24.5 mg/mL EnhiA.01283.a.AE1.PS38608 (labeled as BrabA.17285.c.AE2) in 3 mM magnesium chloride against MCSG1_A2-C2 optimization screen, condition g3 (200 mM ammonium sulfate, 26% w/v PEG3350, ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-F		1	0.97872
回転陽極			RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX-300	1	CCD	2020年2月5日
RIGAKU SATURN 944+	2	CCD	2020年2月4日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	diamond(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97872	1
2	1.5418	1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 19394 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.521 % / B_iso Wilson estimate: 40.227 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 18.53

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	7.568	0.494	3.8	1413	0.9	0.53	100
2-2.06	7.554	0.354	5.26	1409	0.952	0.38	100
2.06-2.12	7.557	0.269	6.98	1342	0.972	0.288	100
2.12-2.18	7.621	0.216	8.59	1303	0.981	0.231	100
2.18-2.25	7.541	0.176	10.51	1278	0.987	0.189	100
2.25-2.33	7.597	0.146	12.69	1219	0.992	0.156	100
2.33-2.42	7.586	0.121	14.51	1193	0.994	0.129	100
2.42-2.52	7.578	0.112	16.11	1161	0.994	0.12	100
2.52-2.63	7.564	0.093	18.72	1081	0.994	0.1	100
2.63-2.76	7.562	0.077	22.07	1060	0.996	0.083	100
2.76-2.91	7.557	0.067	24.33	999	0.997	0.072	100
2.91-3.08	7.515	0.062	27.23	943	0.997	0.066	100
3.08-3.3	7.47	0.055	30.36	897	0.997	0.059	100
3.3-3.56	7.536	0.051	33.07	840	0.997	0.055	100
3.56-3.9	7.427	0.05	33.58	757	0.998	0.054	100
3.9-4.36	7.485	0.05	35.35	705	0.998	0.053	100
4.36-5.03	7.369	0.048	35.21	626	0.997	0.052	99.8
5.03-6.17	7.393	0.049	34.49	519	0.997	0.052	99.8
6.17-8.72	7.18	0.048	34.39	410	0.998	0.052	99.8
8.72-50	6.469	0.051	34.13	239	0.996	0.055	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18rc1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→33.03 Å / SU ML: 0.2146 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.8296

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2107	1876	9.68 %	0
R_work	0.1579	-	-	-
obs	0.1629	19390	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1763	0	10	151	1924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0089	1844
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8897	2498
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0575	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	318
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.0766	685

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2	0.3037	125	0.2203	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.2536	147	0.1934	1346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.13	0.2527	148	0.176	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.2	0.2599	155	0.1796	1332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.29	0.2049	134	0.1622	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.4	0.23	155	0.1694	1332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.52	0.2291	157	0.1655	1339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.68	0.2059	145	0.1614	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.89	0.2292	149	0.1603	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.18	0.2092	143	0.168	1347	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.64	0.2266	139	0.1504	1352	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.58	0.1715	149	0.133	1378	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.58-33.03	0.1935	130	0.158	1413	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.56079551563	0.152937348874	-4.31369400269	4.41085809221	-1.25947856771	8.03870676315	-0.135798563015	0.281696150237	0.0620222238566	-0.0618075172017	-0.130859132249	0.725086420966	0.136067283734	-0.703519459497	0.243058947526	0.244252486594	0.0115737368088	-0.0489225528173	0.300786132286	-0.12188498749	0.367661222882	35.2702466302	-3.54935584805	-4.82561328925
2	7.82072604277	-6.5642833021	0.682217393978	7.88291660423	-1.30485523069	3.29558653824	0.112527905101	0.331501103664	0.559815823375	-0.462014186702	-0.278049957168	-0.450792641055	-0.0900387461669	0.200978726703	0.140924389505	0.306420505446	-0.020462804548	0.0223674962498	0.175108229346	0.00337057230347	0.210856732722	57.0263902905	-10.9872361682	-12.6534427626
3	6.43371341328	-0.257015375383	-3.89970215992	4.69460890536	-0.904189073249	7.41276545789	-0.179596859724	1.09068060207	-0.102192486374	-1.25415493294	0.1424066162	0.491858396186	0.733606460184	-0.957564664306	-0.00453988651162	0.490886482753	-0.0628327927456	-0.0797298765575	0.304612410641	0.0459076565245	0.260539607576	52.0502455407	-17.8877801614	-15.586937819
4	7.73010113193	-0.675725429295	-2.55798226891	6.75148422265	-0.0655908348797	6.74599098324	-0.446916919217	-0.395624984901	-0.138915137715	0.222209925558	-0.0725850586006	-0.635659131345	1.15429811405	0.0938493391219	0.227955881311	0.353755602199	0.0276980183147	-0.0212924362248	0.191793836911	0.037893173845	0.1967777041	56.5599259714	-22.509204978	-5.53349816904
5	5.83182088292	-1.48030433053	2.49019303784	2.65518631221	-4.43420452138	8.25478232094	0.00175967171794	-0.148698540849	-0.162733494741	0.614477478985	-0.0219896576596	-0.618738375298	-0.0334582596425	0.416583224309	0.00521020249954	0.356591286078	0.0296727096958	-0.0742106567181	0.215092585176	-0.0713351517257	0.240741846636	56.4927972582	-7.68277172675	-2.86304228607
6	7.1740302845	-3.24339134837	-2.56213488833	3.60366350792	1.04720889171	2.47682352381	0.0996195068616	0.200615538169	0.889934502484	-0.676344334412	-0.0485205722237	0.805065557019	-0.500560425299	-0.443606032708	-0.250591184966	0.435855078401	0.14875141445	-0.13498571337	0.349748112441	-0.0711027106245	0.541634417596	35.0815450356	5.96290060794	-7.7217785509
7	2.27269632045	-3.52339850225	1.60114711414	6.56054136282	-0.548456431955	4.96476960455	0.0650328436361	0.3048811279	-0.795729589136	0.291327313595	-0.292620143875	1.27714255196	0.0398379559798	-0.485431790736	0.224463595987	0.288406667695	-0.0156816320478	0.0605399967724	0.235123946553	-0.0994713989269	0.470652405349	34.9772789131	-1.89979421855	1.72229877646
8	7.20016949426	-0.261436468205	-1.95237727318	3.66855189314	0.0810164644229	6.69180927528	-0.0546486974246	-0.33504072738	0.581745838506	-0.0687854240114	-0.0322798080214	0.444907715955	-0.205492657196	-0.0918318148555	0.106479187996	0.298610242276	0.0248111452423	-0.0185693805002	0.203655765612	-0.105548868258	0.262819757513	43.3940259375	3.6063004062	1.80322351435
9	6.42548529279	5.84854034954	1.55952192744	7.83118425063	2.18142076029	5.61988485298	0.690392990373	-0.303309739612	-0.67607482507	1.24460759597	-0.349735828186	-0.629168642573	0.876926682061	0.0920790306351	-0.311406985345	0.493842800905	-0.013307440767	-0.0582251565446	0.316768299935	-0.0391235620078	0.348637052443	41.129842147	-12.5103779973	5.33395444928
10	3.22775777407	1.09905199822	-0.00431536160257	4.63699591427	0.818930389538	5.78596163842	0.0613202998225	0.00723102493494	0.110262259279	-0.136984868957	-0.189012251064	0.666651509736	0.149283445123	-0.474760909502	0.136364994964	0.268108149693	-0.0115000660823	-0.0744606396057	0.310797418349	-0.0865620506588	0.45021524134	30.651704465	-11.4426246084	-5.8474998182
11	6.06970121108	2.62092974589	-0.977660279974	4.06253935544	-1.92634104112	4.26515878538	-0.0984423606739	0.173484537587	0.731844439972	-0.56250846089	0.177900362692	1.4325445748	0.170027915617	-1.10373605728	-0.18239137254	0.409218062617	0.119599456415	-0.2168174555	0.727939176309	-0.0839358430939	0.888702091666	22.03023684	-2.52658027235	-9.06522972435

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )	1 - 15	1 - 15
2	2	chain 'A' and (resid 16 through 31 )	16 - 31	16 - 31
3	3	chain 'A' and (resid 32 through 47 )	32 - 47	32 - 47
4	4	chain 'A' and (resid 48 through 61 )	48 - 61	48 - 61
5	5	chain 'A' and (resid 62 through 82 )	62 - 82	62 - 86
6	6	chain 'A' and (resid 83 through 100 )	83 - 100	87 - 104
7	7	chain 'A' and (resid 101 through 112 )	101 - 112	105 - 118
8	8	chain 'A' and (resid 113 through 133 )	113 - 133	119 - 139
9	9	chain 'A' and (resid 134 through 147 )	134 - 147	140 - 153
10	10	chain 'A' and (resid 148 through 208 )	148 - 208	154 - 219
11	11	chain 'A' and (resid 209 through 223 )	209 - 223	220 - 234

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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