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- PDB-6vya: Crystal structure of NotF in complex with brevianamide F and DMSPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vya
タイトルCrystal structure of NotF in complex with brevianamide F and DMSPP
要素Deoxybrevianamide E synthase notF
キーワードTRANSFERASE / Fungal indole prenyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


brevianamide F prenyltransferase (deoxybrevianamide E-forming) / alkaloid metabolic process / prenyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Aromatic prenyltransferase DMATS-type, fungi / Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / Chem-QRP / Deoxybrevianamide E synthase notF
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus sp. (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dan, Q. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042303 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Data Science-Driven Analysis of Substrate-Permissive Diketopiperazine Reverse Prenyltransferase NotF: Applications in Protein Engineering and Cascade Biocatalytic Synthesis of (-)-Eurotiumin A.
著者: Kelly, S.P. / Shende, V.V. / Flynn, A.R. / Dan, Q. / Ye, Y. / Smith, J.L. / Tsukamoto, S. / Sigman, M.S. / Sherman, D.H.
履歴
登録2020年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Deoxybrevianamide E synthase notF
A: Deoxybrevianamide E synthase notF
V: Deoxybrevianamide E synthase notF
E: Deoxybrevianamide E synthase notF
G: Deoxybrevianamide E synthase notF
B: Deoxybrevianamide E synthase notF
D: Deoxybrevianamide E synthase notF
F: Deoxybrevianamide E synthase notF
H: Deoxybrevianamide E synthase notF
I: Deoxybrevianamide E synthase notF
J: Deoxybrevianamide E synthase notF
K: Deoxybrevianamide E synthase notF
L: Deoxybrevianamide E synthase notF
M: Deoxybrevianamide E synthase notF
N: Deoxybrevianamide E synthase notF
O: Deoxybrevianamide E synthase notF
P: Deoxybrevianamide E synthase notF
Q: Deoxybrevianamide E synthase notF
R: Deoxybrevianamide E synthase notF
S: Deoxybrevianamide E synthase notF
T: Deoxybrevianamide E synthase notF
U: Deoxybrevianamide E synthase notF
W: Deoxybrevianamide E synthase notF
X: Deoxybrevianamide E synthase notF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,305,06572
ポリマ－1,291,97324
非ポリマー13,09248
水00
1
C: Deoxybrevianamide E synthase notF
A: Deoxybrevianamide E synthase notF
E: Deoxybrevianamide E synthase notF
G: Deoxybrevianamide E synthase notF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,51112
ポリマ－215,3294
非ポリマー2,1828
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
V: Deoxybrevianamide E synthase notF
U: Deoxybrevianamide E synthase notF
W: Deoxybrevianamide E synthase notF
X: Deoxybrevianamide E synthase notF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,51112
ポリマ－215,3294
非ポリマー2,1828
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Deoxybrevianamide E synthase notF
D: Deoxybrevianamide E synthase notF
F: Deoxybrevianamide E synthase notF
H: Deoxybrevianamide E synthase notF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,51112
ポリマ－215,3294
非ポリマー2,1828
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: Deoxybrevianamide E synthase notF
J: Deoxybrevianamide E synthase notF
K: Deoxybrevianamide E synthase notF
L: Deoxybrevianamide E synthase notF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,51112
ポリマ－215,3294
非ポリマー2,1828
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
M: Deoxybrevianamide E synthase notF
N: Deoxybrevianamide E synthase notF
O: Deoxybrevianamide E synthase notF
P: Deoxybrevianamide E synthase notF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,51112
ポリマ－215,3294
非ポリマー2,1828
水0
タイプ名称対称操作数
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6
Q: Deoxybrevianamide E synthase notF
R: Deoxybrevianamide E synthase notF
S: Deoxybrevianamide E synthase notF
T: Deoxybrevianamide E synthase notF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,51112
ポリマ－215,3294
非ポリマー2,1828
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.893, 163.069, 167.857
Angle α, β, γ (deg.)78.255, 65.051, 66.396
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
151
161
171
181
191
201
211
221
231
241

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A'A32 - 181
121chain 'A'A192 - 326
131chain 'A'A349 - 447
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151chain 'A'A601
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221chain 'B'B192 - 326
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2451chain 'X'X601

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要素

#1: タンパク質 ...
Deoxybrevianamide E synthase notF / Reverse prenyltransferase notF


分子量: 53832.211 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus sp. (カビ) / 株: MF297-2 / 遺伝子: notF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E0Y3X1, brevianamide F prenyltransferase (deoxybrevianamide E-forming)
#2: 化合物...
ChemComp-QRP / (3S,8aS)-3-(1H-indol-3-ylmethyl)hexahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-1,4-dione / Brevianamide F / cyclo-L-Trp-L-Pro / ブレビアナミドF


分子量: 283.325 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗真菌剤*YM
#3: 化合物...
ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル


分子量: 262.158 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9
詳細: 11% w/v PEG 4000, 0.1 M MES pH 6.9, 0.2 M MgCl2, 1 mM brevianamide F, 1 mM dimethylallyl S-thiolodiphosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月11日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→49.13 Å / Num. obs: 274067 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 97.18 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / Num. unique obs: 26465 / CC1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LD7

4ld7


解像度: 3→49.13 Å / SU ML: 0.6493 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 44.7121
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3083 1971 0.72 %
Rwork0.2649 --
obs0.2652 272558 97.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 109.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数76752 0 0 0 76752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009379248
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1684107856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05611184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009613752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.55910296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.50381340.512618026X-RAY DIFFRACTION90.71
3.07-3.150.53961330.484819395X-RAY DIFFRACTION98.01
3.15-3.250.47841480.438519447X-RAY DIFFRACTION98.13
3.25-3.350.43671330.389219536X-RAY DIFFRACTION98.22
3.35-3.470.37021420.354119438X-RAY DIFFRACTION98.21
3.47-3.610.37691460.334219460X-RAY DIFFRACTION98.34
3.61-3.770.43591370.379519466X-RAY DIFFRACTION98.07
3.77-3.970.34051460.289819522X-RAY DIFFRACTION98.4
3.97-4.220.2731420.24819472X-RAY DIFFRACTION98.41
4.22-4.550.31341400.21919557X-RAY DIFFRACTION98.4
4.55-50.25791460.209519467X-RAY DIFFRACTION98.28
5-5.730.24381360.211219387X-RAY DIFFRACTION97.94
5.73-7.210.29211440.247519512X-RAY DIFFRACTION98.25
7.21-49.130.22981440.184318902X-RAY DIFFRACTION95.38

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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