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- PDB-6vwb: Solution structure of the N-terminal helix-hairpin-helix domain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vwb
タイトルSolution structure of the N-terminal helix-hairpin-helix domain of human MUS81
要素Crossover junction endonuclease MUS81
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair / branched DNA structure
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-flap endonuclease activity / resolution of mitotic recombination intermediates / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endodeoxyribonuclease complex / double-stranded DNA endonuclease activity / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates ...3'-flap endonuclease activity / resolution of mitotic recombination intermediates / response to intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / endodeoxyribonuclease complex / double-stranded DNA endonuclease activity / osteoblast proliferation / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / resolution of meiotic recombination intermediates / double-strand break repair via break-induced replication / DNA catabolic process / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / replication fork processing / nuclear replication fork / Fanconi Anemia Pathway / replication fork / double-strand break repair / endonuclease activity / DNA repair / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like ...Crossover junction endonuclease Mus81 / EME1/EME2, C-terminal domain / : / : / Crossover junction endonuclease MUS81-like, winged helix domain / EME1/MUS81, C-terminal / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / Restriction endonuclease type II-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Structure-specific endonuclease subunit MUS81
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Payliss, B. / Houliston, S. / Lemak, A. / Arrowsmith, C.H. / Wyatt, H.D.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)156297 カナダ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Phosphorylation of the DNA repair scaffold SLX4 drives folding of the SAP domain and activation of the MUS81-EME1 endonuclease
著者: Payliss, B. / Houliston, S. / Lemak, A. / Arrowsmith, C.H. / Wyatt, H.D.M.
履歴
登録2020年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crossover junction endonuclease MUS81


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6181
ポリマ－10,6181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Crossover junction endonuclease MUS81


分子量: 10618.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUS81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96NY9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D HNCO
121isotropic23D HNCA
131isotropic23D HBHA(CO)NH
141isotropic23D CBCA(CO)NH
151isotropic12D 1H-15N HSQC
181isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
171isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
191isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 350 uM [U-13C; U-15N] Labeled Protein, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100 uM EDTA, 95% H2O/5% D2O
詳細: Basic conditions / Label: Double labeled / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
350 uMLabeled Protein[U-13C; U-15N]1
25 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
100 uMEDTAnatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: basic conditions / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
ABACUSLemak and Arrowsmithchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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