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- PDB-6vuj: Crystal structure of BRD4 bromodomain 1 with N-methylpyrrolidin-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vuj
タイトルCrystal structure of BRD4 bromodomain 1 with N-methylpyrrolidin-2-one (NMP) derivative 15c (N,N-diethyl-3',4'-dimethoxy-6-(1-methyl-5-oxopyrrolidin-3-yl)-[1,1'-biphenyl]-3-sulfonamide)
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードPROTEIN BINDING / BRD4 BD1 / Bromodomain / NMP
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Chem-RLY / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. / Thompson, P.E.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Substituted 1-methyl-4-phenylpyrrolidin-2-ones - Fragment-based design of N-methylpyrrolidone-derived bromodomain inhibitors.
著者: Hilton-Proctor, J.P. / Ilyichova, O. / Zheng, Z. / Jennings, I.G. / Johnstone, R.W. / Shortt, J. / Mountford, S.J. / Scanlon, M.J. / Thompson, P.E.
履歴
登録2020年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4773
ポリマ－14,9681
非ポリマー5092
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area7410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.830, 52.047, 57.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 14968.182 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain 1 (UNP residues 44-168) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28(a) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-RLY / N,N-diethyl-3',4'-dimethoxy-6-[(3S)-1-methyl-5-oxopyrrolidin-3-yl][1,1'-biphenyl]-3-sulfonamide


分子量: 446.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H30N2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium nitrate, 35% PEG3350, 6% v/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→42.83 Å / Num. obs: 21934 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 17.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 930 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.297 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5DW2

5dw2


解像度: 1.48→38.54 Å / SU ML: 0.151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.9075
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 1097 5.01 %
Rwork0.1769 --
obs0.1785 21883 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→38.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1029 0 35 177 1241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85231577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0668169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7362689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.550.25691060.23122474X-RAY DIFFRACTION95.8
1.55-1.630.24211470.20922544X-RAY DIFFRACTION99.96
1.63-1.730.2331480.19382578X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.860.23461430.19262578X-RAY DIFFRACTION100
1.86-2.050.23431420.18672585X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.350.21471310.17732610X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.960.21961450.18582638X-RAY DIFFRACTION100
2.96-38.540.17321350.15582779X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.24314580563-1.570813065490.2548392552124.53791306191-1.585708365976.8285629583-0.258952065305-0.2100801271580.4984168788620.2952456446170.09007058149550.0642450305396-0.3446060074770.09916584222950.2222812842640.2876125430780.04374327941210.05619766618390.217621316458-0.08273857675430.51694093639422.9254325869-14.3707904283-22.5961132102
25.79230333716-2.345804110420.7177640005985.51969959437-0.2875984209734.243184214310.007740858244450.74414350068-0.0259465923166-0.619799198024-0.108690042062-0.1005945571980.2443314675560.3017674213590.09206282350220.260964413632-0.03085658422040.0161157402010.2047876054480.006609660736310.1565132889074.87610390476-3.53739380996-30.4821958213
34.69107760076-2.413975608024.302508836582.05297735128-2.403119841124.71384387322-0.138625087009-0.2493218208130.04927572819230.3098899809230.150853666420.0381354263807-0.287709846015-0.184038095361-0.01626079462450.1630353522570.003011826197490.01114957758560.139310235754-0.006951581437560.1227935313663.30195270345-1.76420284523-12.049476924
44.7253678713-2.282492965550.3922945797465.648148930920.8564319324954.30001416406-0.111962617239-0.1833060465940.07935218557930.4810971588860.260659104299-0.970082756040.3109021700211.0076087288-0.1631876611230.1972082894090.0490807779069-0.01862409676630.349208911122-0.02712569946210.27905228114321.2952808219-13.6322793809-12.7898915405
51.8332398599-0.8111749654931.023633317023.60197272976-2.863057048153.893512683890.0747426987168-0.0167621386438-0.0744923816111-0.11829038568-0.03389655208670.02623111489730.2148439249360.105262889848-0.05220235078950.127349145366-0.00431633031650.01232726275040.121554126271-0.02770079695480.09630275445067.55405444303-12.5987491964-17.4651900518
62.69564641747-3.255387755023.017650141064.98733536512-3.118178608654.76785684644-0.0115533068554-0.387935463528-0.1039479050690.4458453887290.3225296716670.447928980747-0.347134893386-0.502202452295-0.2446186631910.1933503781160.007185996358290.07423923567950.1976068825230.02743402199290.170470734606-0.87140717404-9.08408116063-7.71278201031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 42 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 96 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 97 through 144 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 145 through 167 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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