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- PDB-6vue: wild-type choline TMA lyase in complex with 1-methyl-1,2,3,6-tetr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vue
タイトルwild-type choline TMA lyase in complex with 1-methyl-1,2,3,6-tetrahydropyridin-3-ol
要素Choline trimethylamine-lyase
キーワードLYASE/INHIBITOR / Choline-TMA Lyase / Microbiome choline CutC inhibitor / LYASE / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


choline trimethylamine-lyase / choline trimethylamine lyase activity / carbon-nitrogen lyase activity / choline catabolic process / choline binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Choline trimethylamine-lyase / : / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
(3S)-1-methyl-1,2,3,6-tetrahydropyridin-3-ol / Choline trimethylamine-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio alaskensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Ortega, M.A. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Other private 米国
Other private 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Cyclic Choline Analog That Inhibits Anaerobic Choline Metabolism by Human Gut Bacteria.
著者: Bollenbach, M. / Ortega, M. / Orman, M. / Drennan, C.L. / Balskus, E.P.
履歴
登録2020年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline trimethylamine-lyase
B: Choline trimethylamine-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,4456
ポリマ－183,1722
非ポリマー2724
水8,575476
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area49400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.525, 228.525, 78.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1085-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 53 through 241 or (resid 242...
21(chain B and (resid 53 through 66 or (resid 67...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEU(chain A and (resid 53 through 241 or (resid 242...AA53 - 24122 - 210
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 53 through 241 or (resid 242...AA242211
13GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 53 through 241 or (resid 242...AA44 - 84613 - 815
14GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 53 through 241 or (resid 242...AA44 - 84613 - 815
15GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 53 through 241 or (resid 242...AA44 - 84613 - 815
16GLYGLYPHEPHE(chain A and (resid 53 through 241 or (resid 242...AA44 - 84613 - 815
21GLYGLYLYSLYS(chain B and (resid 53 through 66 or (resid 67...BB53 - 6622 - 35
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 53 through 66 or (resid 67...BB6736
23VALVALPHEPHE(chain B and (resid 53 through 66 or (resid 67...BB46 - 84615 - 815
24VALVALPHEPHE(chain B and (resid 53 through 66 or (resid 67...BB46 - 84615 - 815
25VALVALPHEPHE(chain B and (resid 53 through 66 or (resid 67...BB46 - 84615 - 815
26VALVALPHEPHE(chain B and (resid 53 through 66 or (resid 67...BB46 - 84615 - 815

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要素

#1: タンパク質 Choline trimethylamine-lyase / Choline TMA-lyase / Choline utilization protein C / Glycyl radical enzyme CutC / GRE CutC


分子量: 91586.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio alaskensis (strain G20) (バクテリア)
株: G20 / 遺伝子: cutC, Dde_3282 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q30W70, choline trimethylamine-lyase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-RP7 / (3S)-1-methyl-1,2,3,6-tetrahydropyridin-3-ol


分子量: 113.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 1.3 M sodium malonate pH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.276→50 Å / Num. obs: 94805 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 21.8 % / Biso Wilson estimate: 24.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.28-2.367.80.57188450.7970.1940.6080.98294.4
2.36-2.4612.40.61794000.870.1740.6431.02299.6
2.46-2.5718.70.60194340.9390.1410.6181.049100
2.57-2.722.60.52793960.9610.1130.5391.087100
2.7-2.8724.80.41294640.9790.0840.4211.106100
2.87-3.0927.20.29694910.990.0580.3011.132100
3.09-3.4126.70.19395190.9950.0380.1971.075100
3.41-3.925.10.12395590.9980.0250.1250.998100
3.9-4.9126.20.08396570.9990.0160.0840.977100
4.91-5025.60.065100400.9990.0130.0670.958100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FAU

5fau


解像度: 2.28→49.386 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1973 4637 4.98 %
Rwork0.1637 --
obs0.1654 93182 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.9 Å2 / Biso mean: 25.0086 Å2 / Biso min: 14.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→49.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12573 0 40 476 13089
Biso mean--24.39 23.81 -
残基数----1604
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7687X-RAY DIFFRACTION5.658TORSIONAL
12B7687X-RAY DIFFRACTION5.658TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.28-2.30140.24161250.2039238380
2.3014-2.32850.23431480.2094281294
2.3285-2.35690.26111520.2017289097
2.3569-2.38670.24791570.1997297399
2.3867-2.41810.23351560.20092969100
2.4181-2.45120.23641580.19393000100
2.4512-2.48630.25281580.18952985100
2.4863-2.52340.24041570.19082999100
2.5234-2.56280.27141580.19752981100
2.5628-2.60480.2421570.19383001100
2.6048-2.64970.23961580.19182999100
2.6497-2.69790.24221580.19623005100
2.6979-2.74980.25521580.20033003100
2.7498-2.80590.24921590.20713032100
2.8059-2.86690.23861570.2142971100
2.8669-2.93360.23441590.20863022100
2.9336-3.0070.26491580.20993012100
3.007-3.08830.20891590.20113005100
3.0883-3.17910.23561600.18673044100
3.1791-3.28170.18831590.17633023100
3.2817-3.3990.2121600.16333021100
3.399-3.5350.1971570.14963018100
3.535-3.69590.15241610.13553046100
3.6959-3.89060.15041600.12833040100
3.8906-4.13430.14771620.11963069100
4.1343-4.45330.14841610.11853051100
4.4533-4.90110.14031620.1184305399
4.9011-5.60940.16271510.1329293995
5.6094-7.0640.17351210.148261683
7.064-49.3860.13871310.1271258378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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