PDB-6vud: Crystal structure of a ribosome recycling factor from Ehrlichia c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vud

タイトル

Crystal structure of a ribosome recycling factor from Ehrlichia chaffeensis

要素

Ribosome-recycling factor

キーワード

TRANSLATION / SSGCID / translational termination / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

translational termination / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ehrlichia chaffeensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a ribosome recycling factor from Ehrlichia chaffeensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	3bf3-3 2gtd-2 2gtd-3 3bex-3 5mn0-d 3h2o-1 3bex-2 3ve2-5 3tlq-d 2gtd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-EhchA.00948.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribosome-recycling factor

B: Ribosome-recycling factor

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.660, 93.230, 73.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.728, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- CL

#1: タンパク質	Ribosome-recycling factor / RRF / Ribosome-releasing factor 分子量: 21758.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ehrlichia chaffeensis (strain ATCC CRL-10679 / Arkansas) (バクテリア) 株: ATCC CRL-10679 / Arkansas / 遺伝子: frr, ECH_0267 / プラスミド: EhchA.00948.a.AE1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GHJ5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition C2: 20% (w/V) PEG 6000, 1000mM Lithium chloride, 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 4.2 EhchA.00948.a.AE1.PS38617 at 13.45 mg/ml: cryo: 20% ...詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition C2: 20% (w/V) PEG 6000, 1000mM Lithium chloride, 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 4.2 EhchA.00948.a.AE1.PS38617 at 13.45 mg/ml: cryo: 20% EG, tray 314079c2: puck wzi8-8

結晶

マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition C2: 20% (w/V) PEG 6000, 1000mM Lithium chloride, 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 4.2 EhchA.00948.a.AE1.PS38617 at 13.45 mg/ml: cryo: 20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月6日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 21055 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.23 % / B_iso Wilson estimate: 68.698 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.031 / R_rim(I) all: 0.036 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 23.94

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.35-2.41	4.279	0.575	2.95	1529	0.882	0.656	99.9
2.41-2.48	4.272	0.399	3.97	1518	0.941	0.456	99.6
2.48-2.55	4.285	0.338	4.64	1464	0.949	0.386	99.9
2.55-2.63	4.272	0.231	6.44	1440	0.981	0.264	99.8
2.63-2.71	4.276	0.17	8.28	1378	0.99	0.195	99.9
2.71-2.81	4.274	0.126	10.65	1352	0.993	0.144	99.7
2.81-2.91	4.277	0.099	13.45	1316	0.995	0.113	99.5
2.91-3.03	4.262	0.075	17.45	1233	0.997	0.086	100
3.03-3.17	4.276	0.056	21.96	1189	0.998	0.064	100
3.17-3.32	4.275	0.044	26.84	1140	0.998	0.051	99.3
3.32-3.5	4.239	0.033	34.77	1084	0.999	0.038	99.8
3.5-3.72	4.232	0.029	39.2	1037	0.999	0.033	99.9
3.72-3.97	4.172	0.025	44.55	955	0.999	0.028	99.8
3.97-4.29	4.177	0.024	49.03	912	0.999	0.028	99.9
4.29-4.7	4.169	0.02	53.2	854	0.999	0.023	99.8
4.7-5.25	4.187	0.021	54.41	749	1	0.024	99.3
5.25-6.07	4.131	0.021	52.62	674	0.999	0.024	100
6.07-7.43	4.109	0.02	54.74	562	1	0.022	99.8
7.43-10.51	3.946	0.021	57.06	442	0.998	0.025	98
10.51-50	3.511	0.023	55.3	227	0.998	0.027	91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18.rc1	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: top 8 models from HHPred search: 4KDD_A, 1DD5_A, 1IS1_A, 5MLC_9, 1EH1_A, 4GFQ_A, 6ERI_Az, 1GE9_A

解像度: 2.35→38.92 Å / SU ML: 0.3606 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.9326

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2346	1904	9.05 %	0
R_work	0.1898	-	-	-
obs	0.194	21030	99.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→38.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2757	0	4	47	2808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	2786
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6586	3764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.474	1038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.41	0.4053	123	0.3065	1351	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.41-2.47	0.3395	127	0.2964	1385	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.47-2.55	0.358	116	0.2664	1374	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.55-2.63	0.2637	134	0.2321	1356	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.63-2.72	0.2933	116	0.2184	1387	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.72-2.83	0.2955	144	0.227	1349	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.83-2.96	0.2723	149	0.2404	1343	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.96-3.12	0.2921	143	0.2342	1369	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.12-3.31	0.2572	139	0.2219	1351	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.31-3.57	0.2415	147	0.2137	1365	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.93	0.2442	123	0.1878	1385	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.93-4.49	0.2307	150	0.1575	1357	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-5.66	0.1822	152	0.157	1377	X-RAY DIFFRACTION	99.87
5.66-38.92	0.1968	141	0.1605	1377	X-RAY DIFFRACTION	98.25

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.57101573339	0.34304660598	2.3859665555	2.99837847627	0.37557982705	3.48807911953	0.932715272087	1.86143174704	-2.3528851209	0.261838011675	-0.108114118349	-0.543617218309	0.558899131926	1.3039420619	-0.595778750764	0.767127999547	0.105711679182	0.00799735618079	0.928487962444	-0.251138924326	0.799737585982	36.512719757	94.7265759168	10.2066664772
2	3.04385919159	3.01295973685	0.404014945526	3.16363858691	1.77916235949	8.11042152464	0.50942237423	0.142867278171	0.0485653821675	0.520562833572	-0.455899436858	-1.42582221098	-1.4290017774	0.90915759581	0.0399794081716	0.84630459432	-0.107412960365	-0.175122367864	0.978955189268	0.0993641975818	0.59470048222	14.3331710075	95.9793718137	0.0710575995708
3	4.21648215291	0.0452514779147	0.99362054377	2.2204553085	0.807701200772	5.13464762365	0.0179212116796	0.247857533713	-0.2954199449	-0.0573629254581	0.0432581579848	-0.272280606672	0.345225520239	0.363425234758	-0.172775548197	0.604264139589	0.0236343224525	-0.0781575738634	0.541247263833	-0.0490579010317	0.46846688702	7.77097184493	87.6387845838	-5.79319951134
4	7.84750066086	0.462881797048	2.75942746829	1.02357770626	0.305437205558	3.21389698915	-0.0241240043862	-0.154963227201	0.200383690064	-0.110342660945	-0.0247669072974	-0.301801617252	0.0269481458216	0.400019211537	0.0248756768502	0.457905187404	-0.0522657103887	0.0030202024012	0.505731872142	-0.0414504977537	0.562041762403	31.108517291	101.556844365	17.406560001
5	5.99518650607	-1.64637746058	3.05093881948	2.66283515095	-0.463182854179	2.97945958361	-0.340274890937	0.692451231458	1.18079234812	-0.332612182388	-0.331873689115	-0.905965848735	-0.118134076452	1.02408073527	0.49868058028	0.594182130561	-0.137264046354	0.144990268385	0.929213404179	0.23569698416	0.760201942192	37.4850845142	104.474415001	10.8300469883
6	7.33852233195	-0.417552039615	5.1964602587	1.53141915626	-0.317372242291	5.33503107456	0.164791759326	3.21274312988	0.0931230877227	-0.545177181617	0.0933889511757	-0.0937301189251	0.850149079524	1.16538673287	-0.404966909496	0.71919689289	0.0462422345648	0.0136609086752	0.66242634796	-0.176032147492	0.607243748282	29.8850008668	86.349090052	18.8837540885
7	6.83805100761	-2.56328957465	-1.21116076344	6.94833489653	4.80001555108	7.63086374959	-0.400769039009	-0.346785527237	0.188774897714	-0.128109613689	0.459569260901	-0.115211174748	0.589229440502	-0.0447217182869	-0.0667494717504	0.575021949347	-0.0251178468313	-0.00786184601436	0.48307570356	0.0202842387572	0.602179994163	59.6942341816	74.5825622686	22.6458094274
8	7.95731590413	-0.236935902648	4.59694097811	1.42747203088	-0.228228544233	5.50671848666	0.0600347753897	-0.372802521967	0.26075259773	-0.138459137522	0.206622278121	-0.259909900106	0.434100499419	-0.108821250021	-0.280445334439	0.467671833373	-0.022426499044	0.00209594576291	0.468793444392	-0.110675112755	0.489774541916	28.6423882081	91.1367115985	26.4693471364

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )	A	A	1 - 25	1 - 25
2	2	chain 'A' and (resid 26 through 40 )	A	A	26 - 40	26 - 40
3	3	chain 'A' and (resid 41 through 106 )	A	A	41 - 106	41 - 108
4	4	chain 'A' and (resid 107 through 144 )	A	A	107 - 144	109 - 146
5	5	chain 'A' and (resid 145 through 185 )	A	A	145 - 185	147 - 187
6	6	chain 'B' and (resid 0 through 26 )	B	E	0 - 26	1 - 29
7	7	chain 'B' and (resid 27 through 106 )	B	E	27 - 106	30 - 109
8	8	chain 'B' and (resid 107 through 184 )	B	E	107 - 184	110 - 187

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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