PDB-6vuc: Crystal structure of BRD4 bromodomain 1 with N-methylpyrrolidin-2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vuc

タイトル

Crystal structure of BRD4 bromodomain 1 with N-methylpyrrolidin-2-one (NMP) derivative 7b (1-methyl-4-(4-(piperidin-1-ylsulfonyl)phenyl)pyrrolidin-2-one)

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

PROTEIN BINDING / BRD4 BD1 / Bromodomain / NMP

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J. / Thompson, P.E.

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Substituted 1-methyl-4-phenylpyrrolidin-2-ones - Fragment-based design of N-methylpyrrolidone-derived bromodomain inhibitors.
著者: Hilton-Proctor, J.P. / Ilyichova, O. / Zheng, Z. / Jennings, I.G. / Johnstone, R.W. / Shortt, J. / Mountford, S.J. / Scanlon, M.J. / Thompson, P.E.

履歴

登録	2020年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vuc.cif.gz	89.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vuc.ent.gz	54.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vuc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vuc_validation.pdf.gz	331.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vuc_full_validation.pdf.gz	331.8 KB	表示
XML形式データ	6vuc_validation.xml.gz	1.5 KB	表示
CIF形式データ	6vuc_validation.cif.gz	4.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/6vuc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/6vuc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vubC 6vufC 6vujC 5dw2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ti5-d 4hbx-d 5a85-d 4z1s-2 4z1q-1 5d3h-d 6tpz-d 4lys-d 3uvx-d 6z7m-d 4lzr-d 4o76-4 4uix-2 4f3i-d 4bw1-d 4cfl-d 4o7b-d 5nnc-2 5xi4-d 5xi2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.744, 48.942, 61.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 14968.182 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain 1 (UNP residues 44-168) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28(a) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-RLS / (4R)-1-methyl-4-{4-[(piperidin-1-yl)sulfonyl]phenyl}pyrrolidin-2-one 分子量: 322.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium nitrate, 35% PEG3350, 6% v/v ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→43.74 Å / Num. obs: 19456 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 10.18 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.158 / R_pim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.864 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 959 / CC_1/2: 0.889 / R_pim(I) all: 0.361

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5DW2

5dw2

解像度: 1.55→38.22 Å / SU ML: 0.1552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.838

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	967	4.98 %
R_work	0.1677	-	-
obs	0.1699	19416	98.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→38.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1043	0	22	235	1300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	1155
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9296	1591
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0492	170
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	208
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.6812	972

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.63	0.2577	130	0.1986	2588	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.63-1.73	0.2427	145	0.1818	2536	X-RAY DIFFRACTION	97.85
1.73-1.87	0.2875	130	0.1857	2591	X-RAY DIFFRACTION	98.27
1.87-2.06	0.2334	131	0.1674	2620	X-RAY DIFFRACTION	98.67
2.06-2.35	0.1801	126	0.1654	2646	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.35-2.96	0.2217	159	0.1663	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.96-38.22	0.1758	146	0.1554	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9404595072	0.061458514235	0.263259360081	1.15309945773	-0.969390148807	1.43798170821	-0.185028321328	-0.23704391311	-0.38619455075	0.070654665302	0.142224744927	-0.162866444347	-0.0211924967033	6.85995354735E-5	0.045040651331	0.106014063836	0.0294015070588	0.00911905629933	0.0917834224981	0.017384246506	0.107570015672	-8.26423746399	-7.32144496215	32.2944202494
2	5.5512611742	-1.84682265312	3.11570891954	2.05167959975	-1.74463574685	4.40737710188	-0.149922592095	0.0456050691356	0.125744113033	0.0113964770836	-0.063459752154	-0.22812781648	-0.324959609604	0.370593057974	0.200682710503	0.0871844552031	-0.0287102906163	-0.00250292339524	0.0984540542964	0.0192605297692	0.125256661505	4.22142799833	1.94290704942	23.5854922033
3	1.44370354006	0.229182966978	-0.464777506243	2.26864689651	-0.25055670768	1.75163345363	-0.106033483514	0.194111864218	-0.0266866897749	-0.0938910918344	0.0959181429952	0.179737766316	0.0687035521527	-0.255267815762	0.0100593712484	0.0568212133449	-0.016217404593	0.00165501258189	0.0784014010117	0.00800198343522	0.0510013339157	-13.5971740891	-5.63960022979	14.7923022089
4	3.34610600075	-0.810481811089	2.10857038258	1.43866497263	-0.681499137918	2.68168025599	-0.0768727375384	-0.32137597215	0.11410283119	0.0365736302356	0.0458051309832	-0.13940716382	-0.101536277084	0.02220405958	0.0225381161149	0.0508767071117	0.00605394261906	0.0116329649415	0.0867020951627	0.00469338485986	0.0569494058275	-2.76692514682	-3.60739332231	29.4095964214
5	3.1604630595	1.00329526571	2.22030355128	1.49982987698	1.01498145771	4.30905053483	0.0143255067371	-0.0199835778391	-0.161014931532	-0.0655157118858	0.00195489856252	-0.125679334741	0.24036181582	0.143126129103	-0.0495281526679	0.0682107530477	0.0252563204061	0.035677426265	0.0451250352398	0.0174601708363	0.0597219845574	-2.95650018199	-10.611598304	17.4836764512
6	4.11314846123	0.147330863443	0.488868845867	1.8318682341	-0.323250313606	2.20721718404	-0.0144461393149	0.348230007707	0.0569171297162	-0.352953165988	-0.0393920980095	-0.202452584648	0.161488813329	0.431010861912	-0.0195127466052	0.104293657306	0.0212269901164	0.0587086391226	0.108547503906	0.025901404785	0.086067897958	0.31853780018	-5.10868547247	9.28232965949
7	8.51005740966	-0.741538157218	2.61744161817	2.76008046826	0.971584567834	6.91686549194	-0.0274563523355	-0.331047281332	-0.161087510765	0.206484244439	-0.0915572065535	-0.488363299806	0.0297040423834	0.140447770647	0.047730169917	0.13762439035	0.000517020067058	-0.0127389758346	0.362742413723	0.123552906707	0.356648262953	15.0578212396	-3.80688280183	27.0038164173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 43 through 60 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 76 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 121 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 122 through 139 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 140 through 162 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 163 through 168 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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