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- PDB-6vu4: Structure of a beta-hairpin peptide mimic derived from Abeta 14-36 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vu4
タイトルStructure of a beta-hairpin peptide mimic derived from Abeta 14-36
要素Beta-hairpin Amyloid-beta precursor peptide mimic
キーワードNEUROPEPTIDE / Alzheimer's disease (アルツハイマー病)
機能・相同性IODIDE ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.077 Å
データ登録者Wierzbicki, M. / Kreutzer, A. / Samdin, T. / Nowick, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097562 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Effects of N-Terminal Residues on the Assembly of Constrained beta-Hairpin Peptides Derived from A beta.
著者: Samdin, T.D. / Wierzbicki, M. / Kreutzer, A.G. / Howitz, W.J. / Valenzuela, M. / Smith, A. / Sahrai, V. / Truex, N.L. / Klun, M. / Nowick, J.S.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Beta-hairpin Amyloid-beta precursor peptide mimic
A: Beta-hairpin Amyloid-beta precursor peptide mimic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1545
ポリマ－3,8652
非ポリマー2893
水64936
1
C: Beta-hairpin Amyloid-beta precursor peptide mimic
A: Beta-hairpin Amyloid-beta precursor peptide mimic
ヘテロ分子

C: Beta-hairpin Amyloid-beta precursor peptide mimic
A: Beta-hairpin Amyloid-beta precursor peptide mimic
ヘテロ分子

C: Beta-hairpin Amyloid-beta precursor peptide mimic
A: Beta-hairpin Amyloid-beta precursor peptide mimic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,46215
ポリマ－11,5956
非ポリマー8689
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation30_566z,-x+3/2,-y+3/21
crystal symmetry operation84_665-y+3/2,-z+3/2,x1
Buried area6000 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area5910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.880, 96.880, 96.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

IOD

21A-102-

CL

31C-212-

HOH

41C-213-

HOH

51C-214-

HOH

61C-215-

HOH

71C-217-

HOH

81A-209-

HOH

91A-212-

HOH

101A-214-

HOH

111A-216-

HOH

121A-217-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Beta-hairpin Amyloid-beta precursor peptide mimic / APP / ABPP / APPI / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta A4 ...APP / ABPP / APPI / Alzheimer disease amyloid protein / Amyloid precursor protein / Amyloid-beta A4 protein / Cerebral vascular amyloid peptide / CVAP / PreA4 / Protease nexin-II / PN-II


分子量: 1932.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M HEPES buffer at pH 7.2, 0.2 M sodium citrate, and 25% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.077→24.22 Å / Num. obs: 94127 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 35.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.077→2.16 Å / Num. unique obs: 8323 / CC1/2: 0.914

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W4H

5w4h


解像度: 2.077→24.22 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 33.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 439 9.85 %
Rwork0.2217 --
obs0.2266 4457 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.077→24.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数270 0 3 36 309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.036377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.905204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.13745
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00245
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.077-2.37710.35411460.231324X-RAY DIFFRACTION100
2.3771-2.99410.29911470.24931334X-RAY DIFFRACTION100
2.9941-24.220.24151460.20961360X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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