PDB-6vtv: Crystal structure of PuuD gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vtv

タイトル

Crystal structure of PuuD gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase from E. coli

要素

Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase PuuD

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID /

NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) /

PUTRESCINE (プトレシン) / PUTRESCINE UTILIZATION PATHWAY / GAMMA-GLUTAMYL-GAMMA-AMINOBUTYRATE / PEPTIDASE C26 FAMILY / ALPHA/BETA PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase /

gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase activity / putrescine catabolic process / polyamine catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / EVDOKIMOVA, E. / DI LEO, R. / SAVCHENKO, A. / JOACHIMIAK, A. / SATCHELL, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PuuD gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2020年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vtv.cif.gz	246.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vtv.ent.gz	175.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vtv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fijS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qwj-1 4cbo-d 5msa-2 5zg4-1 4qjo-1 1tpu-d 1qwj-2 3bit-1 4xix-3 6g7a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP96353

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (3) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase PuuD

B: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase PuuD

ヘテロ分子

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.161, 72.177, 98.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase PuuD / Gamma-Glu-GABA hydrolase 分子量: 28532.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: puuD, ycjL, b1298, JW1291 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold 参照: UniProt: P76038, gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG3350, 1 mM manganese chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→23 Å / Num. obs: 30884 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 28.26 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 1474 / CC_1/2: 0.832 / R_pim(I) all: 0.261 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3448	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FIJ

3fij

解像度: 2.06→22.93 Å / SU ML: 0.2163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.151

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2182	1913	6.5 %	RANDOM
R_work	0.1732	-	-	-
obs	0.1761	29431	94.07 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→22.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3886	0	2	525	4413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	3989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5376	5437
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0443	603
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	728
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.6529	1497

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.11	0.3182	121	0.2333	1741	X-RAY DIFFRACTION	84.22
2.11-2.17	0.3091	127	0.2244	1822	X-RAY DIFFRACTION	88.59
2.17-2.23	0.2621	132	0.2095	1883	X-RAY DIFFRACTION	91.42
2.23-2.3	0.2398	131	0.2044	1887	X-RAY DIFFRACTION	92.19
2.3-2.38	0.2521	142	0.2015	1891	X-RAY DIFFRACTION	92.07
2.38-2.48	0.2537	126	0.2039	1912	X-RAY DIFFRACTION	92.59
2.48-2.59	0.2417	135	0.191	1938	X-RAY DIFFRACTION	93.46
2.59-2.73	0.258	133	0.1904	1961	X-RAY DIFFRACTION	95.23
2.73-2.9	0.208	139	0.1887	2002	X-RAY DIFFRACTION	95.58
2.9-3.12	0.2354	149	0.1842	2048	X-RAY DIFFRACTION	97.82
3.12-3.44	0.1995	140	0.1727	2052	X-RAY DIFFRACTION	97.81
3.44-3.93	0.1979	138	0.1437	2058	X-RAY DIFFRACTION	97.95
3.93-4.94	0.1708	148	0.1292	2115	X-RAY DIFFRACTION	98.73
4.94-22.93	0.2048	152	0.174	2208	X-RAY DIFFRACTION	98.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.37577186229	2.00464277135	2.58078574814	7.1565053465	2.18282854866	4.31248587147	-0.00454112329255	-0.0618116004058	-0.0026487110587	0.218096817468	0.180270416704	-0.258946477545	-0.0970819131369	0.201194199578	-0.225254200721	0.152652021189	-0.0181754893477	0.037755619197	0.251061801861	-6.53570435039E-5	0.293339995944	42.4766358185	34.9497440152	40.2478497872
2	3.61696653299	0.101748531713	-0.961923675226	1.92680438136	0.135552241338	1.5703007756	-0.0667805013044	0.044918129201	0.0261839716766	-0.0522280733448	0.0716168929541	0.0678958360972	0.0417378829996	0.0385131699539	-0.0142305839151	0.172690776291	-0.00414038906411	-0.0170794303817	0.159040179889	0.00421775551293	0.186856470047	36.8071294608	36.6447929851	38.9397153172
3	3.16155707985	-0.0806567744125	-0.795893730625	4.49970782445	4.20047477354	6.22767260449	-0.0453760787723	0.113466680798	0.314469014867	0.081856580025	-0.0735972492138	0.162320588209	0.166315139861	-0.693568533455	0.127234623197	0.198185879921	-0.0326312935476	0.01963683344	0.232233185146	0.0376634709265	0.362709158204	30.7358599709	40.7590611388	38.6977225605
4	3.44704224911	0.745520101487	-1.15802455046	3.05656478155	-0.961815717115	3.60498743749	-0.0178403842126	-0.184558999888	0.103527758375	0.390146537414	-0.0673387319502	0.339010131606	-0.0467987303772	-0.248207927668	0.0698604339425	0.22320409469	-0.0312561579952	0.0302999111393	0.221447071946	-0.0612619757271	0.272160328837	23.1494688727	32.3184826469	46.5286055708
5	3.365599124	-0.380207175716	-1.38608573423	1.85770097085	-0.105135650481	2.12223824435	-0.224163928858	0.193908147151	-0.417941570638	0.000236147315681	0.0171914213927	0.063698457668	0.456752185722	-0.134121919865	0.164781277255	0.306816077109	-0.0504078816382	0.0298381425489	0.196358158341	-0.0585908027537	0.281053093343	26.2441561741	22.257079088	41.796099788
6	8.48762598363	-2.06061840661	2.26514743051	4.80786491424	-4.60487281208	4.58180728515	0.287167825496	1.0940022294	-0.908810000174	-3.06216114705	0.482162074446	0.68466533966	0.234971953884	0.0816359556629	-0.778843174577	0.943503475327	-0.0165124582172	-0.0466013633843	0.644540622142	-0.098575059749	0.500572910501	33.5929776431	29.19252343	15.2515984414
7	3.73804909949	-0.271116177421	0.35628059994	4.17712746137	-0.136584774378	3.96989333164	0.0298919224872	0.187163540324	-0.0438304874215	-0.169413074307	0.0764579517928	-0.120801436118	-0.0601796441828	-0.0405773439782	-0.10261481054	0.126990940956	0.0208699220134	0.00463604086867	0.199862136034	0.0103499314859	0.197795065927	50.1419584632	37.661869959	36.004304648
8	4.16417175849	-0.178912020679	1.570161821	3.95932927266	-2.21937662204	5.18513758101	0.12525638016	0.0174461172797	-0.354984306533	-0.0765729121158	-0.0734676906637	-0.0397862395947	0.32498206289	0.0518864908664	-0.0759213510062	0.20734777578	0.0504933317589	0.0226096078679	0.206533315987	-0.0317548206003	0.322908071982	63.6320644088	30.9442423925	38.4714788189
9	3.13481031965	-1.04108476914	0.441198490902	4.00073601778	0.195803581375	3.43848923151	-0.0277825477765	-0.221189116637	0.307685760612	0.237426775607	0.0756705186045	-0.224689758356	-0.123158158881	0.126300887018	-0.0441576790681	0.169707654819	0.00207444052719	0.0110010079829	0.248360975721	-0.0093526991231	0.27532176998	67.6709472896	46.2244367221	44.435730504
10	2.72586061143	-0.862977775716	-0.641555990054	1.41320631751	1.54289376413	3.12379602984	0.0782336229181	0.224873781402	0.573142858532	-0.182473437636	-0.00535003709284	-0.167877564044	-0.220810230569	0.121411176269	-0.0511383620773	0.248082113049	0.0069921775546	0.0509785705698	0.227419738376	0.0436459366614	0.336427630196	70.5927385145	47.4905281935	38.9900975999
11	3.76071560334	-0.348415777349	1.39880816912	2.60564115965	1.51045203438	3.90210986399	0.0430634684471	0.443499668083	0.487484748962	-0.256330945389	-0.0999944559003	-0.063876169739	-0.303617152307	0.0192321708095	0.0485104757414	0.218169961463	-0.00686403683474	0.051816250612	0.216765762526	0.0823021435224	0.288439344457	62.7061556548	49.3668349302	34.4626873886
12	6.59333367274	7.58720302761	3.80804807917	2.0000443598	6.11114931187	2.6930830044	0.593927209707	3.02107022313	-0.70939811937	-2.61959176015	0.521938626428	-0.743162763556	0.425491969393	0.936491571131	-0.796397878121	0.658308245343	0.230567294985	-0.0501720359467	1.02171694124	-0.0131980161566	0.473679826927	55.0254625439	42.5682050167	14.12826286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 10:24)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 25:88)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 89:110)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 111:146)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 147:252)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 253:258)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 7:76)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 77:113)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 114:176)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 177:199)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 200:251)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 252:257)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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