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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vtv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PuuD gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase from E. coli | ||||||
![]() | Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase PuuD | ||||||
![]() | HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / PUTRESCINE / PUTRESCINE UTILIZATION PATHWAY / GAMMA-GLUTAMYL-GAMMA-AMINOBUTYRATE / PEPTIDASE C26 FAMILY / ALPHA/BETA PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase / gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase activity / putrescine catabolic process / polyamine catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / EVDOKIMOVA, E. / DI LEO, R. / SAVCHENKO, A. / JOACHIMIAK, A. / SATCHELL, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: PuuD gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase 著者: Stogios, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 246.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 175.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 251.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 251.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1022 B | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3fijS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28532.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: puuD, ycjL, b1298, JW1291 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P76038, gamma-glutamyl-gamma-aminobutyrate hydrolase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG3350, 1 mM manganese chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年9月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→23 Å / Num. obs: 30884 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 28.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 1474 / CC1/2: 0.832 / Rpim(I) all: 0.261 / % possible all: 95.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3FIJ 解像度: 2.06→22.93 Å / SU ML: 0.2163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.151
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→22.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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