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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vsf | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase in complex with 4-(3,4-dihydro-2H-benzo[b][1,4]dioxepin-7-yl)-4-oxobutanoic acid(fragment 16) | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / folate pathway | ||||||
機能・相同性 | ![]() NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ribeiro, J.A. / Dias, M.V.B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Using a Fragment-Based Approach to Identify Alternative Chemical Scaffolds Targeting Dihydrofolate Reductase fromMycobacterium tuberculosis. 著者: Ribeiro, J.A. / Hammer, A. / Libreros-Zuniga, G.A. / Chavez-Pacheco, S.M. / Tyrakis, P. / de Oliveira, G.S. / Kirkman, T. / El Bakali, J. / Rocco, S.A. / Sforca, M.L. / Parise-Filho, R. / ...著者: Ribeiro, J.A. / Hammer, A. / Libreros-Zuniga, G.A. / Chavez-Pacheco, S.M. / Tyrakis, P. / de Oliveira, G.S. / Kirkman, T. / El Bakali, J. / Rocco, S.A. / Sforca, M.L. / Parise-Filho, R. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L. / Abell, C. / Dias, M.V.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6vs5C ![]() 6vs6C ![]() 6vs8C ![]() 6vs9C ![]() 6vsdC ![]() 6vseC ![]() 6vsgC ![]() 6vv6C ![]() 6vv7C ![]() 6vv8C ![]() 6vv9C ![]() 6vvbC ![]() 1df7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17893.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 305分子 ![](data/chem/img/RKY.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 100 mM MES (2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid), pH 6.5, 10 mM CoCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.48 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.01→46.771 Å / Num. obs: 21402 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 20.33 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.238 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.249 / Net I/σ(I): 11.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1df7 解像度: 2.012→46.771 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.83 Å2 / Biso mean: 22.7558 Å2 / Biso min: 3.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.012→46.771 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.9742 Å / Origin y: 0.31 Å / Origin z: 17.6704 Å
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精密化 TLSグループ |
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