+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vri | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the wtBlc-split Protein | ||||||
![]() | (Outer membrane lipoprotein Blc) x 2 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / lipocalin / heme / beta barrel / split protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholesterol binding / response to reactive oxygen species / cell outer membrane / lipid metabolic process / lipid binding / DNA damage response / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bozhanova, N.G. / Meiler, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lipocalin Blc is a potential heme-binding protein. 著者: Bozhanova, N.G. / Calcutt, M.W. / Beavers, W.N. / Brown, B.P. / Skaar, E.P. / Meiler, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 83.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qwdS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||
2 | ![]()
| |||||||||
3 | ![]()
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12266.708 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal fragment (UNP residues 23-109) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 7902.951 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal fragment (UNP residues 110-177) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-HEM / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 % / Mosaicity: 0.217 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 4.5, supplemented with 5% w/v n-Dodecyl-b-D-maltoside |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月16日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→59.25 Å / Num. obs: 44856 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 30.626 Å2 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 403082 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1915 / Rpim(I) all: 0.534 / Rrim(I) all: 1.627 / % possible all: 86.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | R rigid body: 0.414
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1QWD 解像度: 1.94→59.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.16 Å2 / Biso mean: 32.65 Å2 / Biso min: 16.8 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.94→59.25 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.987 Å / Rfactor Rfree error: 0
|