[日本語] English
万見
- PDB-6vrg: Structure of HIV-1 integrase with native amino-terminal sequence -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vrg
タイトルStructure of HIV-1 integrase with native amino-terminal sequence
要素Integrase
キーワードVIRAL PROTEIN / Integrase / Zinc Ion Binding / Nucleic Acid Binding / DNA Integration
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Integrase / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Eilers, G. / Gupta, K. / Allen, A. / Zhou, J. / Hwang, Y. / Cory, M. / Bushman, F.D. / Van Duyne, G.D.
資金援助8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI117950
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI126620
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL137063
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI129661
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL113252
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS100081
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI007632
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI045008
引用ジャーナル: Retrovirology / 年: 2020
タイトル: Influence of the amino-terminal sequence on the structure and function of HIV integrase.
著者: Eilers, G. / Gupta, K. / Allen, A. / Zhou, J. / Hwang, Y. / Cory, M.B. / Bushman, F.D. / Van Duyne, G.
履歴
登録2020年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: Integrase
D: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,07616
ポリマ－93,2784
非ポリマー79812
水4,071226
1
A: Integrase
B: Integrase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Best fit from SEC-SAXS modeling is a dimer with flexible NTD-CCD linkers. Analytical ultracentrifugation, SEC-MALS, and SAXS analysis of full-length IN protein (NTD-CCD-CTD) best ...根拠: SAXS, Best fit from SEC-SAXS modeling is a dimer with flexible NTD-CCD linkers. Analytical ultracentrifugation, SEC-MALS, and SAXS analysis of full-length IN protein (NTD-CCD-CTD) best supports a monomer-dimer equilibrium.
  • 47 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0388
ポリマ－46,6392
非ポリマー3996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Integrase
D: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0388
ポリマ－46,6392
非ポリマー3996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.919, 102.919, 279.203
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-451-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Integrase


分子量: 23319.490 Da / 分子数: 4 / 変異: W131D, F139D, F185K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2WR39, UniProt: P12497*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.7 M NaH2PO4/1.0 M K2HPO4, 0.1M Na acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92013 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→96.65 Å / Num. obs: 59665 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 23.736314418 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 26.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5823 / CC1/2: 0.289 / Rpim(I) all: 0.318 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K6Y

1k6y


解像度: 2.4→96.57 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35116797642
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252853510995 1169 1.96022536723 %Random selection
Rwork0.224708598635 ---
obs0.22525453281 59636 99.9513952904 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.0729209873 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→96.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5830 0 28 226 6084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003511591426425950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5887355155258037
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0430533222458910
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003404487908451017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.85136408582151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.50920.3371956891021450.3199674523717190X-RAY DIFFRACTION100
2.5092-2.64160.3192344750011430.2958847524297180X-RAY DIFFRACTION100
2.6416-2.80710.3102610490771430.2761942311937199X-RAY DIFFRACTION99.9727668845
2.8071-3.02380.2817757489321460.2479918405117221X-RAY DIFFRACTION99.9864277959
3.0238-3.32810.2428125237811440.2167703670737256X-RAY DIFFRACTION99.9864883124
3.3281-3.80970.2230818759551460.1879598589617314X-RAY DIFFRACTION99.9731975342
3.8097-4.79990.1754787882281480.1609860516677381X-RAY DIFFRACTION99.9867197875
4.7999-96.56719254730.2575628348261540.2209517749637726X-RAY DIFFRACTION99.721589471

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る