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- PDB-5bxa: Structure of PslG from Pseudomonas aeruginosa in complex with mannose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bxa
タイトルStructure of PslG from Pseudomonas aeruginosa in complex with mannose
要素PslG
キーワードHYDROLASE / glycosidase / carbohydrate binding / alpha beta barrel
機能・相同性: / polysaccharide biosynthetic process / single-species biofilm formation / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / : / alpha-D-mannopyranose / PslG
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Baker, P. / Little, D.J. / Howell, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)43998 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Characterization of the Pseudomonas aeruginosa Glycoside Hydrolase PslG Reveals That Its Levels Are Critical for Psl Polysaccharide Biosynthesis and Biofilm Formation.
著者: Baker, P. / Whitfield, G.B. / Hill, P.J. / Little, D.J. / Pestrak, M.J. / Robinson, H. / Wozniak, D.J. / Howell, P.L.
履歴
登録2015年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PslG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,64911
ポリマ－47,3811
非ポリマー1,26810
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.655, 83.655, 163.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細authors have indicated that monomer was identified by gel filtration chromatography

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 A

#1: タンパク質 PslG


分子量: 47380.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: pslG, PA2237 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9I1N2
#3: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 361分子

#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: small rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% PEG 3350, 2 mM CdCl2, 0.1 M HEPES pH 7.0, 3 M mannose in protein solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 46642 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 36.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1760精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BX9

5bx9


解像度: 1.9→47.91 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 2000 4.3 %Random selection
Rwork0.1549 ---
obs0.1563 46542 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3341 0 57 355 3753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0534757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2471311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8992-1.94670.26791390.20633110X-RAY DIFFRACTION99
1.9467-1.99930.1971410.17513116X-RAY DIFFRACTION100
1.9993-2.05810.20961390.17453126X-RAY DIFFRACTION100
2.0581-2.12460.2271410.16243132X-RAY DIFFRACTION100
2.1246-2.20050.18761420.15993141X-RAY DIFFRACTION100
2.2005-2.28860.18891390.15663123X-RAY DIFFRACTION100
2.2886-2.39270.18241430.15863156X-RAY DIFFRACTION100
2.3927-2.51890.21631420.1583174X-RAY DIFFRACTION100
2.5189-2.67670.21121420.17013158X-RAY DIFFRACTION100
2.6767-2.88330.19161430.16933187X-RAY DIFFRACTION100
2.8833-3.17340.23321430.17413182X-RAY DIFFRACTION100
3.1734-3.63250.19251440.15163222X-RAY DIFFRACTION100
3.6325-4.5760.1351480.12073273X-RAY DIFFRACTION100
4.576-47.92480.16361540.15063442X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4341-0.1430.18642.6559-0.40211.38220.00430.0684-0.09670.0541-0.0437-0.10220.0169-0.0240.0230.068-0.02540.01360.1336-0.00660.104-38.8471-9.0199-7.4473
23.25611.8924-0.70015.25910.14671.95140.00650.08440.14240.1066-0.02460.2222-0.1009-0.3810.00720.15630.0274-0.0240.1879-0.02470.0877-41.12317.0574-0.7464
31.740.1446-0.71981.86250.88512.16480.12660.04150.238-0.2486-0.0119-0.1112-0.51260.0789-0.08420.2212-0.03090.00620.13390.00340.1763-27.142314.2331-7.3741
43.76581.1871.54653.14532.24185.19550.03370.0867-0.0385-0.12330.1376-0.18620.02230.4228-0.14770.10660.00070.00880.12560.00260.1868-20.24582.843-10.5194
51.18590.90430.82331.51430.85182.0347-0.01440.0328-0.0027-0.09810.016-0.0777-0.03740.1046-0.00730.14310.01460.02040.13730.00780.1419-28.5027-6.1061-18.2901
66.0735-1.19811.90972.71630.1632.58990.02420.32740.1505-0.2322-0.0986-0.1715-0.03370.12250.07290.1178-0.03520.03210.11340.04160.0862-34.8949-5.7645-16.2847
71.01120.1910.01432.79590.36861.6503-0.00430.0330.0407-0.0681-0.07210.1521-0.1311-0.07810.08180.0821-0.0131-0.00930.1487-0.010.1358-45.4594-7.4031-9.7458
82.97461.397-0.03943.6327-0.3513.25270.0452-0.0644-0.1960.0424-0.03770.0470.2445-0.2138-0.00660.1078-0.01430.01080.1191-0.01010.1706-48.6659-25.3776-8.6915
94.43883.8903-1.57917.122-0.83714.33780.0877-0.136-0.11060.1829-0.15570.11330.3203-0.20520.02710.1157-0.0562-0.0140.21-0.01690.1858-54.6423-24.6571-9.2428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 85 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 86 through 177 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 178 through 217 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 218 through 252 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 253 through 292 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 293 through 377 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 378 through 413 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 414 through 442 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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