PDB-6vpy: I33M (I3.2 mutant from CH103 Lineage)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vpy

タイトル

I33M (I3.2 mutant from CH103 Lineage)

要素

I33M heavy chain
I33M light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / FAB fragment / HIV-1 / antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Fera, D. / Zhou, J.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
amfAR, The Foundation for AIDS Research	109502-61-RKVA	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1R15AI150484 - 01A1	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30 GM124165	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国
National Institutes of Health/Office of Research Infrastructure Programs (NIH/ORIP)	S10OD021527	米国

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2020
タイトル: The Effects of Framework Mutations at the Variable Domain Interface on Antibody Affinity Maturation in an HIV-1 Broadly Neutralizing Antibody Lineage.
著者: Zhou, J.O. / Zaidi, H.A. / Ton, T. / Fera, D.

履歴

登録	2020年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年9月9日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_audit_support / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vpy.cif.gz	339.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vpy.ent.gz	274 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vpy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qhlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2uyl-1 6w73-d 4ygv-2 5u0r-d 5dq9-1 6e65-d 1mfb-d 3lrs-4 1mcj-d 7jkb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

B: I33M light chain

A: I33M heavy chain

H: I33M heavy chain

L: I33M light chain

ヘテロ分子

95.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: I33M light chain

A: I33M heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: I33M heavy chain

L: I33M light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.605, 131.605, 104.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain H
1	2	chain B
2	2	chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	LYS	LYS	chain A	A	B	1 - 214	1 - 222
2	1	GLN	GLN	LYS	LYS	chain H	H	C	1 - 214	1 - 222
1	2	TYR	TYR	PRO	PRO	chain B	B	A	2 - 209	2 - 209
2	2	SER	SER	PRO	PRO	chain L	L	D	1 - 209	1 - 209

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	I33M light chain 分子量: 22692.061 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB,FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N355
#2: 抗体	I33M heavy chain 分子量: 24894.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.23, 5% PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97927 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月2日

放射

モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97927 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.352→50 Å / Num. obs: 42614 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 51.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.126 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.139 / Χ²: 0.953 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.36-2.4	5.5	0.974	2111	0.504	0.455	1.079	0.698	99.2
2.4-2.44	5.9	0.892	2140	0.542	0.406	0.983	0.706	99.8
2.44-2.49	6.2	0.841	2111	0.653	0.374	0.922	0.756	100
2.49-2.54	6.4	0.788	2141	0.713	0.342	0.861	0.747	100
2.54-2.6	6.5	0.684	2124	0.743	0.294	0.746	0.809	100
2.6-2.66	6.3	0.57	2101	0.82	0.248	0.623	0.906	100
2.66-2.72	6.2	0.495	2142	0.835	0.217	0.541	1.018	100
2.72-2.8	6.1	0.439	2145	0.863	0.195	0.481	1.057	100
2.8-2.88	5.8	0.364	2111	0.89	0.167	0.401	1.109	99.9
2.88-2.97	5.2	0.279	2133	0.945	0.136	0.312	1.104	99.7
2.97-3.08	5.9	0.249	2152	0.945	0.114	0.275	1.081	100
3.08-3.2	6.4	0.212	2124	0.972	0.093	0.232	1.097	100
3.2-3.35	6.2	0.182	2133	0.969	0.081	0.2	1.063	99.9
3.35-3.53	5.9	0.148	2128	0.976	0.069	0.164	1.063	99.8
3.53-3.75	5.6	0.122	2155	0.984	0.058	0.135	1.024	99.4
3.75-4.03	5.3	0.106	2100	0.985	0.052	0.119	0.988	98.6
4.03-4.44	4.4	0.081	2078	0.989	0.044	0.093	1.033	96.4
4.44-5.08	5.3	0.066	2132	0.993	0.033	0.074	0.976	99
5.08-6.4	6	0.058	2143	0.996	0.026	0.064	0.915	99.5
6.4-50	5.8	0.041	2210	0.998	0.018	0.045	0.972	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.29 Å	113.92 Å
Translation	5.29 Å	113.92 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.8.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4QHL

4qhl

解像度: 2.36→47.65 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.83

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2232	2014	4.73 %
R_work	0.1854	-	-
obs	0.1872	42571	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.82 Å² / B_iso mean: 53.22 Å² / B_iso min: 20 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.36→47.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6346	0	13	303	6662
B_iso mean	-	-	22.26	55.92	-
残基数	-	-	-	-	851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6555
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	8955
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1033
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1145
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.216	2285

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1894	X-RAY DIFFRACTION	11.087	TORSIONAL
1	2	H	1894	X-RAY DIFFRACTION	11.087	TORSIONAL
2	1	B	1851	X-RAY DIFFRACTION	11.087	TORSIONAL
2	2	L	1851	X-RAY DIFFRACTION	11.087	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.36-2.4106	0.2728	131	0.2552	2728	94
2.4106-2.4758	0.3005	143	0.2491	2923	100
2.4758-2.5486	0.2775	110	0.239	2931	100
2.5486-2.6309	0.2768	159	0.2247	2903	100
2.6309-2.7249	0.2493	140	0.2158	2896	100
2.7249-2.834	0.241	138	0.2108	2912	100
2.834-2.9629	0.2438	161	0.2045	2900	100
2.9629-3.1191	0.2352	144	0.1995	2918	100
3.1191-3.3145	0.2486	158	0.1826	2902	100
3.3145-3.5703	0.227	161	0.1763	2896	100
3.5703-3.9295	0.1997	142	0.1661	2909	99
3.9295-4.4977	0.1834	139	0.153	2835	97
4.4977-5.6652	0.21	131	0.1628	2925	99
5.6652-47.65	0.2221	157	0.2026	2979	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 65.733 Å / Origin y: 8.7101 Å / Origin z: 28.7986 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4024 Å²	0.0005 Å²	0.0131 Å²	-	0.328 Å²	0.0173 Å²	-	-	0.3686 Å²
L	0.2776 °²	0.0466 °²	0.374 °²	-	0.06 °²	0.0687 °²	-	-	0.3146 °²
S	-0.1031 Å °	-0.0036 Å °	0.0496 Å °	-0.0103 Å °	0.0217 Å °	0.0399 Å °	-0.1036 Å °	-0.0039 Å °	0.1003 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 209
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	H	1 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	1 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 317
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	318 - 330
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	G	2 - 3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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