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万見
- PDB-6vpy: I33M (I3.2 mutant from CH103 Lineage) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vpy
タイトルI33M (I3.2 mutant from CH103 Lineage)
要素
  • I33M heavy chain
  • I33M light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB fragment / HIV-1 / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IGH@ protein / IGL@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Fera, D. / Zhou, J.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
amfAR, The Foundation for AIDS Research109502-61-RKVA 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R15AI150484 - 01A1 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
National Institutes of Health/Office of Research Infrastructure Programs (NIH/ORIP)S10OD021527 米国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2020
タイトル: The Effects of Framework Mutations at the Variable Domain Interface on Antibody Affinity Maturation in an HIV-1 Broadly Neutralizing Antibody Lineage.
著者: Zhou, J.O. / Zaidi, H.A. / Ton, T. / Fera, D.
履歴
登録2020年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年9月9日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_audit_support / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: I33M light chain
A: I33M heavy chain
H: I33M heavy chain
L: I33M light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3937
ポリマ－95,1744
非ポリマー2203
水5,459303
1
B: I33M light chain
A: I33M heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6223
ポリマ－47,5872
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
2
H: I33M heavy chain
L: I33M light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7714
ポリマ－47,5872
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.605, 131.605, 104.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain H
12chain B
22chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLYSLYSchain AAB1 - 2141 - 222
21GLNGLNLYSLYSchain HHC1 - 2141 - 222
12TYRTYRPROPROchain BBA2 - 2092 - 209
22SERSERPROPROchain LLD1 - 2091 - 209

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 I33M light chain


分子量: 22692.061 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB,FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / プラスミド: pVRC-8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N355
#2: 抗体 I33M heavy chain


分子量: 24894.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.23, 5% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月2日
放射モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.352→50 Å / Num. obs: 42614 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 51.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 0.953 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.36-2.45.50.97421110.5040.4551.0790.69899.2
2.4-2.445.90.89221400.5420.4060.9830.70699.8
2.44-2.496.20.84121110.6530.3740.9220.756100
2.49-2.546.40.78821410.7130.3420.8610.747100
2.54-2.66.50.68421240.7430.2940.7460.809100
2.6-2.666.30.5721010.820.2480.6230.906100
2.66-2.726.20.49521420.8350.2170.5411.018100
2.72-2.86.10.43921450.8630.1950.4811.057100
2.8-2.885.80.36421110.890.1670.4011.10999.9
2.88-2.975.20.27921330.9450.1360.3121.10499.7
2.97-3.085.90.24921520.9450.1140.2751.081100
3.08-3.26.40.21221240.9720.0930.2321.097100
3.2-3.356.20.18221330.9690.0810.21.06399.9
3.35-3.535.90.14821280.9760.0690.1641.06399.8
3.53-3.755.60.12221550.9840.0580.1351.02499.4
3.75-4.035.30.10621000.9850.0520.1190.98898.6
4.03-4.444.40.08120780.9890.0440.0931.03396.4
4.44-5.085.30.06621320.9930.0330.0740.97699
5.08-6.460.05821430.9960.0260.0640.91599.5
6.4-505.80.04122100.9980.0180.0450.97299.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.29 Å113.92 Å
Translation5.29 Å113.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.8.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4QHL

4qhl


解像度: 2.36→47.65 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2232 2014 4.73 %
Rwork0.1854 --
obs0.1872 42571 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.82 Å2 / Biso mean: 53.22 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.36→47.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6346 0 13 303 6662
Biso mean--22.26 55.92 -
残基数----851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1428955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481033
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2162285
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1894X-RAY DIFFRACTION11.087TORSIONAL
12H1894X-RAY DIFFRACTION11.087TORSIONAL
21B1851X-RAY DIFFRACTION11.087TORSIONAL
22L1851X-RAY DIFFRACTION11.087TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.36-2.41060.27281310.2552272894
2.4106-2.47580.30051430.24912923100
2.4758-2.54860.27751100.2392931100
2.5486-2.63090.27681590.22472903100
2.6309-2.72490.24931400.21582896100
2.7249-2.8340.2411380.21082912100
2.834-2.96290.24381610.20452900100
2.9629-3.11910.23521440.19952918100
3.1191-3.31450.24861580.18262902100
3.3145-3.57030.2271610.17632896100
3.5703-3.92950.19971420.1661290999
3.9295-4.49770.18341390.153283597
4.4977-5.66520.211310.1628292599
5.6652-47.650.22211570.20262979100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.733 Å / Origin y: 8.7101 Å / Origin z: 28.7986 Å
111213212223313233
T0.4024 Å20.0005 Å20.0131 Å2-0.328 Å20.0173 Å2--0.3686 Å2
L0.2776 °20.0466 °20.374 °2-0.06 °20.0687 °2--0.3146 °2
S-0.1031 Å °-0.0036 Å °0.0496 Å °-0.0103 Å °0.0217 Å °0.0399 Å °-0.1036 Å °-0.0039 Å °0.1003 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 209
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 214
4X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 209
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 317
6X-RAY DIFFRACTION1allS318 - 330
7X-RAY DIFFRACTION1allC1
8X-RAY DIFFRACTION1allG2 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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