PDB-6vpw: 1.90 Angstrom Resolution Crystal Structure Chemotaxis protein Che...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vpw

タイトル

1.90 Angstrom Resolution Crystal Structure Chemotaxis protein CheX from Vibrio vulnificus

要素

Chemotaxis protein CheX

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

CheY-P phosphatase CheX-like / Chemotaxis phosphatase CheX-like domain / Chemotaxis phosphatase CheX / CheC-like superfamily / chemotaxis / Chemotaxis protein CheX

機能・相同性情報

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.90 Angstrom Resolution Crystal Structure Chemotaxis protein CheX from Vibrio vulnificus
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2020年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vpw.cif.gz	130.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vpw.ent.gz	102 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vpw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vpw_validation.pdf.gz	248 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vpw_full_validation.pdf.gz	247.9 KB	表示
XML形式データ	6vpw_validation.xml.gz	938 B	表示
CIF形式データ	6vpw_validation.cif.gz	4.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vpw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h2dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xko-d 6ubq-d 3h4y-1 1q3h-4 1r0w-4 5caj-2 3ows-1 3iic-d 6i7a-2 1r0y-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97123

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chemotaxis protein CheX

B: Chemotaxis protein CheX

33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, 3h2d

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.093, 44.093, 143.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Chemotaxis protein CheX 分子量: 16855.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (strain CMCP6) (バクテリア) 株: CMCP6 / 遺伝子: VV1_1397 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A3Q0L3P3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.8 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 10.4 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3, Screen: Classics II (D7), 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月24日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 21375 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 33.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.063 / R_sym value: 0.056 / Χ²: 1.009 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1065 / CC_1/2: 0.823 / CC star: 0.95 / R_pim(I) all: 0.397 / R_rim(I) all: 0.887 / R_sym value: 0.791 / Χ²: 0.995 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3h2d

3h2d

解像度: 1.9→28.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 8.746 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.15
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2253	1027	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1741	-	-	-
obs	0.1766	20315	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.79 Å² / B_iso mean: 40.315 Å² / B_iso min: 20.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→28.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2264	0	0	101	2365
B_iso mean	-	-	-	41.29	-
残基数	-	-	-	-	300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.634	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.322	1.572	5170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.557	5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.339	23.084	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.575	15	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.295	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.056	0.02	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.053	0.02	460

LS精密化シェル

解像度: 1.902→1.951 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	75	-
R_work	0.267	1473	-
all	-	1548	-
obs	-	-	99.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3671	-0.6231	-1.3656	4.2039	-0.8166	1.5956	0.1453	-0.2527	0.2047	0.2475	0.1892	-0.1794	-0.2618	0.2215	-0.3346	0.2578	-0.0705	0.0556	0.1563	-0.0657	0.1281	14.1617	16.931	4.9214
2	2.1396	-0.4948	0.3175	1.7628	-1.1699	4.2913	0.1035	-0.122	-0.3243	0.0782	0.1047	-0.0278	0.0076	0.0861	-0.2082	0.1137	0.0386	-0.0404	0.0626	-0.003	0.0725	17.358	5.8529	-0.2454
3	2.4091	-0.201	-0.5098	1.2261	0.4842	2.6464	0.1363	0.0337	-0.0122	0.1104	0.105	-0.0956	-0.1447	0.1281	-0.2413	0.1802	0.0062	-0.0029	0.0549	0.0083	0.0422	13.8801	12.1304	-3.1167
4	1.2033	0.494	0.7249	2.8221	0.6316	3.7128	-0.0286	0.4501	0.0878	-0.1743	0.1742	-0.1119	-0.0642	0.0027	-0.1456	0.2442	-0.0051	0.0461	0.3194	-0.0436	0.2167	18.7991	2.3406	-29.1565
5	6.3105	-0.6991	0.4714	1.7216	-0.4753	2.4259	-0.0933	0.3055	0.1814	-0.0043	0.0589	-0.3335	-0.1755	0.212	0.0344	0.0149	-0.016	0.001	0.1157	-0.065	0.1002	24.1132	7.0617	-19.5601
6	1.85	-0.7094	-0.2402	2.2969	0.4396	4.1949	-0.0173	0.1212	-0.0054	-0.0645	0.0788	-0.1815	-0.1278	0.0595	-0.0615	0.0076	-0.0123	0.0116	0.0664	-0.0468	0.0413	19.008	5.9917	-20.0674

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	84 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-1 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	30 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	79 - 153

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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