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- PDB-6vps: Cryo-EM structure of the amyloid core of Drosophila Orb2 isolated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vps
タイトルCryo-EM structure of the amyloid core of Drosophila Orb2 isolated from head
要素Translational regulator orb2
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / prion-like / long-term memory
機能・相同性
機能・相同性情報


dendrite terminus / sperm axoneme assembly / asymmetric cell division / : / sperm individualization / male courtship behavior / translation activator activity / translation factor activity, RNA binding / male meiosis I / negative regulation of cytoplasmic translation ...dendrite terminus / sperm axoneme assembly / asymmetric cell division / : / sperm individualization / male courtship behavior / translation activator activity / translation factor activity, RNA binding / male meiosis I / negative regulation of cytoplasmic translation / long-term memory / axon terminus / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / synaptic membrane / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / presynapse / ribosome binding / cell cortex / cell body / postsynapse / spermatogenesis / perikaryon / protein stabilization / negative regulation of translation / neuron projection / axon / synapse / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Translational regulator orb2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hervas, R. / Rau, M.J. / Park, Y. / Zhang, W. / Murzin, A.G. / Fitzpatrick, J.A.J. / Scheres, S.H.W. / Si, K.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of a neuronal functional amyloid implicated in memory persistence in .
著者: Ruben Hervas / Michael J Rau / Younshim Park / Wenjuan Zhang / Alexey G Murzin / James A J Fitzpatrick / Sjors H W Scheres / Kausik Si /
要旨: How long-lived memories withstand molecular turnover is a fundamental question. Aggregates of a prion-like RNA-binding protein, cytoplasmic polyadenylation element-binding (CPEB) protein, is a ...How long-lived memories withstand molecular turnover is a fundamental question. Aggregates of a prion-like RNA-binding protein, cytoplasmic polyadenylation element-binding (CPEB) protein, is a putative substrate of long-lasting memories. We isolated aggregated CPEB, Orb2, from adult heads and determined its activity and atomic structure, at 2.6-angstrom resolution, using cryo-electron microscopy. Orb2 formed ~75-nanometer-long threefold-symmetric amyloid filaments. Filament formation transformed Orb2 from a translation repressor to an activator and "seed" for further translationally active aggregation. The 31-amino acid protofilament core adopted a cross-β unit with a single hydrophilic hairpin stabilized through interdigitated glutamine packing. Unlike the hydrophobic core of pathogenic amyloids, the hydrophilic core of Orb2 filaments suggests how some neuronal amyloids could be a stable yet regulatable substrate of memory.
履歴
登録2020年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21316
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21316
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translational regulator orb2
B: Translational regulator orb2
C: Translational regulator orb2
D: Translational regulator orb2
E: Translational regulator orb2
F: Translational regulator orb2
G: Translational regulator orb2
H: Translational regulator orb2
I: Translational regulator orb2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7689
ポリマ－35,7689
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Cryo-Electron Microscopy Negative-Stain Electron Microscopy SDD-AGE PAGE SDS-PAGE Antidody reactivity ThT binding Proteinase K resistance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area20530 Å2
ΔGint33 kcal/mol
Surface area13880 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 3 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 9 / Rise per n subunits: 4.75 Å / Rotation per n subunits: -1.55 °)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Translational regulator orb2


分子量: 3974.170 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP residues 176-206 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VSR3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: amyloid core of Drosophila Orb2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組織: head
緩衝液pH: 7.25
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 63 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0256 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -1.55 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.75 Å / らせん対称軸の対称性: C3
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19509 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化解像度: 2.6→86.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / WRfactor Rwork: 0.322 / SU B: 10.458 / SU ML: 0.21 / Average fsc overall: 0.8918 / Average fsc work: 0.8918 / ESU R: 0.37 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3216 24927 -
all0.322 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.615 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.964 Å2-0.057 Å2-0.012 Å2
2--3.926 Å2-0.015 Å2
3----7.89 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0130.0122865
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg0.9981.6163861
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.5825324
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg32.93726.667270
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg16.63315513
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1310.2306
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0120.022484
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1530.21810
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.2680.23004
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.1060.2206
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it5.5233.9521188
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it8.5535.8361494
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it8.5764.8981677
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it13.6297.0772349
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it17.63653.9663568
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
2.6-2.6670.61218170.61218170.7170.612
2.667-2.7410.59317960.59317960.7260.593
2.741-2.820.43918190.43918190.8430.439
2.82-2.9070.40916420.40916420.8730.409
2.907-3.0020.40116020.40116020.8580.401
3.002-3.1070.37516660.37516660.9180.375
3.107-3.2240.27815230.27815230.9340.278
3.224-3.3560.25214460.25214460.9390.252
3.356-3.5050.26214520.26214520.9440.262
3.505-3.6750.24813290.24813290.9580.248
3.675-3.8740.23512680.23512680.960.235
3.874-4.1080.22312560.22312560.960.223
4.108-4.3910.2310990.2310990.9560.23
4.391-4.7420.27911330.27911330.9690.279
4.742-5.1930.2469340.2469340.950.246
5.193-5.8030.2089030.2089030.970.208
5.803-6.6960.4147840.4147840.8930.414
6.696-8.1890.4046450.4046450.8660.404
8.189-11.530.5015190.5015190.8890.501
11.53-86.720.7732940.7732940.9340.773

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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