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Yorodumi- PDB-6vpf: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with the... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6vpf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with the Selective Estrogen Receptor Modulator Clomiphene | ||||||
Components | Estrogen receptor | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Breast Cancer / Hormone / Selective Estrogen Receptor Modulator / Antiestrogen / Alpha Helical Bundle | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Fanning, S.W. / Greene, G.L. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2022Title: Stereospecific lasofoxifene derivatives reveal the interplay between estrogen receptor alpha stability and antagonistic activity in ESR1 mutant breast cancer cells. Authors: Hosfield, D.J. / Weber, S. / Li, N.S. / Suavage, M. / Joiner, C.F. / Hancock, G.R. / Sullivan, E.A. / Ndukwe, E. / Han, R. / Cush, S. / Laine, M. / Mader, S.C. / Greene, G.L. / Fanning, S.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6vpf.cif.gz | 478 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6vpf.ent.gz | 326.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6vpf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6vpf_validation.pdf.gz | 469.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6vpf_full_validation.pdf.gz | 474.9 KB | Display | |
| Data in XML | 6vpf_validation.xml.gz | 2.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 6vpf_validation.cif.gz | 13.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vpf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6psjC ![]() 6v8tC ![]() 7kbsC ![]() 7uj7C ![]() 7uj8C ![]() 7ujcC ![]() 7ujfC ![]() 7ujmC ![]() 7ujoC ![]() 7ujwC ![]() 7ujyC ![]() 6vig S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 30197.201 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ESR1, ESR, NR3A1 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-53Q / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.17 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG 3,350, Tris pH 7.5, MgCl2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.987 Å |
| Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 98256 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 14.5417884521 Å2 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 20 |
| Reflection shell | Resolution: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 4958 / CC1/2: 0.75 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6VIG ![]() 6vig Resolution: 1.6→49.69 Å / SU ML: 0.196 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 27.5
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 24.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→49.69 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Citation




















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