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- PDB-6voq: Crystal structure of YgbL, a putative aldolase/epimerase/decarbox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6voq
タイトルCrystal structure of YgbL, a putative aldolase/epimerase/decarboxylase from Klebsiella pneumoniae
要素AldolaseFructose-bisphosphate aldolase
キーワードLYASE (リアーゼ) / PUTATIVE LYASE (リアーゼ) / EPIMERASE / ALDOLASE / ISOMERASE (異性化酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES
機能・相同性L-フクロース-リン酸アルドラーゼ / L-fuculose-phosphate aldolase activity / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily / Aldolase
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / McChesney, C. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of YgbL, a putative aldolase/epimerase/decarboxylase from Klebsiella pneumoniae
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8093
ポリマ－22,7081
非ポリマー1012
水2,720151
1
A: Aldolase
ヘテロ分子

A: Aldolase
ヘテロ分子

A: Aldolase
ヘテロ分子

A: Aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,23512
ポリマ－90,8314
非ポリマー4038
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area10160 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area32330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.436, 76.436, 181.682
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-516-

HOH

21A-526-

HOH

31A-541-

HOH

41A-544-

HOH

51A-548-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aldolase / Fructose-bisphosphate aldolase / FucA aldolase-like protein / L-fuculose phosphate aldolase / Ribulose-5-phosphate 4-epimerase


分子量: 22707.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: fucA_2, fucA_1, fucA_3, BL124_00025510, C3483_13535, C3F39_01215, C7V41_22435, CWN54_08000, DD581_15345, DM059_14180, EAO17_27025, EXT45_05660, FAM48_01070, FAQ72_03260, FAQ97_05405, FAS39_ ...遺伝子: fucA_2, fucA_1, fucA_3, BL124_00025510, C3483_13535, C3F39_01215, C7V41_22435, CWN54_08000, DD581_15345, DM059_14180, EAO17_27025, EXT45_05660, FAM48_01070, FAQ72_03260, FAQ97_05405, FAS39_03255, FNY87_25290, NCTC11679_02859, NCTC13465_01855, NCTC1936_02659, NCTC5047_00576, NCTC9140_04285, NCTC9601_02686, NCTC9645_06176, NCTC9661_03377, PMK1_03924, SAMEA24002668_05560, SAMEA4364603_02467, SK89_00182
プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Magic
参照: UniProt: Q0QC76, L-フクロース-リン酸アルドラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M Na Tartrate, 0.1M TRIS pH 8.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→25 Å / Num. obs: 9859 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 35.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 18.74
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Num. unique obs: 490 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.233

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BALBES位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OPI

2opi


解像度: 2.49→24.58 Å / SU ML: 0.2477 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.2302
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 493 5 %THROUGHOUT
Rwork0.1563 ---
obs0.159 9859 99.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→24.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1595 0 2 151 1748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79122216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0498254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1398979
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.740.25031180.18982256X-RAY DIFFRACTION98.42
2.74-3.130.23141220.18772299X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.940.22031230.14742340X-RAY DIFFRACTION100
3.94-24.580.18341300.14082471X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.81787180952-0.0685360398992-0.2981377482189.359412219795.351098253455.80730678189-0.0168010237083-0.5599246198830.03079414236220.946616387985-0.2168215691040.6030827765030.596957025799-0.3279736319490.2549491110580.384105733832-0.0660245762307-0.01416485665460.459395510495-0.03191714415920.2537599994281.4322818503517.865051090139.7885218096
25.143128081481.730070320381.262431570835.970967297022.023542192275.336403234840.0483624427385-0.453010865359-0.256116151325-0.07536354073630.15689337864-0.4647332945780.1240806940370.272097433537-0.1579106863390.354213826196-0.00108945022114-0.03727964281560.3534681094760.006109426423160.2400621412238.4244098478819.446288951735.5709886492
30.5619121423390.5288898967920.3203373528682.067435848340.4751639264973.304860286030.0138562742069-0.142482758490.1644288484920.2657964295750.0513922262661-0.0998517037537-0.287710448570.350639502094-0.0296551843250.282356642075-0.00920709067053-0.02018207931840.302478767554-0.04455151015020.3663610465978.3283338157924.914700185527.4030492357
46.31332112947-1.660973076022.019139961474.862941196621.899182027882.043313224280.115087466867-0.2219441463390.308167705185-0.025604632552-0.1125010566150.222616917296-0.130405534612-0.213209410261-0.02801601609890.318345207833-0.0240867925774-0.01562056049130.2315788069980.05159235632940.264960815952-4.5671820327620.760339872512.6737476925
52.98595793692-1.65061200882-2.568560132563.96422907962.135426377154.153256092960.156583212965-0.05659126711020.277841919191-0.2517051799180.040377229639-0.197868234652-0.2292323474570.173660945633-0.1919888308150.303372414592-0.0209454779252-0.05802736151240.214248669871-0.01254288226960.3037779099067.5611327073426.173006685818.4627762905
62.506333897612.265651197442.567874123038.623700366496.246238658624.97307933233-0.0654594653499-0.2039510773710.09177672074350.327881327357-0.3366680745460.483518868190.299753493584-0.3992383240530.4242165628080.2297842228220.0264939563725-0.0306964878570.26505175056-0.0159468749410.312176530727-4.3898030254513.677741554321.3734789105
77.99433877118-3.08617664787-1.413034001271.768743333330.7664715269535.409263021610.3582729995190.3627036384690.788188905118-0.704487788174-0.00160286475044-0.467437884906-0.702784215721-0.0289278250614-0.2397556780580.30530338192-0.06574956704970.03482409398930.3035025317080.02098646547250.31686675074-14.453306374417.32980939098.22813157777
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 104 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 105 through 131 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 132 through 168 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 169 through 189 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 190 through 206 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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