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- PDB-6vop: Crystal structure of YgbL, a putative aldolase/epimerase/decarbox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vop
タイトルCrystal structure of YgbL, a putative aldolase/epimerase/decarboxylase from Escherichia coli
要素Aldolase
キーワードLYASE / PUTATIVE LYASE / EPIMERASE / ALDOLASE / ISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydro-4-phosphotetronate decarboxylase / L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldolase / 3-oxo-tetronate 4-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of YgbL, a putative aldolase/epimerase/decarboxylase from Escherichia coli
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2020年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1301
ポリマ－23,1301
非ポリマー00
水99155
1
A: Aldolase

A: Aldolase

A: Aldolase

A: Aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5214
ポリマ－92,5214
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
Buried area9530 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area31620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.796, 174.796, 174.796
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Space group name HallF423
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-z,y
#3: x,z,-y
#4: z,y,-x
#5: -z,y,x
#6: -y,x,z
#7: y,-x,z
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z,x
#11: z,-x,-y
#12: -y,z,-x
#13: -z,-x,y
#14: -z,x,-y
#15: y,-z,-x
#16: x,-y,-z
#17: -x,y,-z
#18: -x,-y,z
#19: y,x,-z
#20: -y,-x,-z
#21: z,-y,x
#22: -z,-y,-x
#23: -x,z,y
#24: -x,-z,-y
#25: x,y+1/2,z+1/2
#26: x,-z+1/2,y+1/2
#27: x,z+1/2,-y+1/2
#28: z,y+1/2,-x+1/2
#29: -z,y+1/2,x+1/2
#30: -y,x+1/2,z+1/2
#31: y,-x+1/2,z+1/2
#32: z,x+1/2,y+1/2
#33: y,z+1/2,x+1/2
#34: -y,-z+1/2,x+1/2
#35: z,-x+1/2,-y+1/2
#36: -y,z+1/2,-x+1/2
#37: -z,-x+1/2,y+1/2
#38: -z,x+1/2,-y+1/2
#39: y,-z+1/2,-x+1/2
#40: x,-y+1/2,-z+1/2
#41: -x,y+1/2,-z+1/2
#42: -x,-y+1/2,z+1/2
#43: y,x+1/2,-z+1/2
#44: -y,-x+1/2,-z+1/2
#45: z,-y+1/2,x+1/2
#46: -z,-y+1/2,-x+1/2
#47: -x,z+1/2,y+1/2
#48: -x,-z+1/2,-y+1/2
#49: x+1/2,y,z+1/2
#50: x+1/2,-z,y+1/2
#51: x+1/2,z,-y+1/2
#52: z+1/2,y,-x+1/2
#53: -z+1/2,y,x+1/2
#54: -y+1/2,x,z+1/2
#55: y+1/2,-x,z+1/2
#56: z+1/2,x,y+1/2
#57: y+1/2,z,x+1/2
#58: -y+1/2,-z,x+1/2
#59: z+1/2,-x,-y+1/2
#60: -y+1/2,z,-x+1/2
#61: -z+1/2,-x,y+1/2
#62: -z+1/2,x,-y+1/2
#63: y+1/2,-z,-x+1/2
#64: x+1/2,-y,-z+1/2
#65: -x+1/2,y,-z+1/2
#66: -x+1/2,-y,z+1/2
#67: y+1/2,x,-z+1/2
#68: -y+1/2,-x,-z+1/2
#69: z+1/2,-y,x+1/2
#70: -z+1/2,-y,-x+1/2
#71: -x+1/2,z,y+1/2
#72: -x+1/2,-z,-y+1/2
#73: x+1/2,y+1/2,z
#74: x+1/2,-z+1/2,y
#75: x+1/2,z+1/2,-y
#76: z+1/2,y+1/2,-x
#77: -z+1/2,y+1/2,x
#78: -y+1/2,x+1/2,z
#79: y+1/2,-x+1/2,z
#80: z+1/2,x+1/2,y
#81: y+1/2,z+1/2,x
#82: -y+1/2,-z+1/2,x
#83: z+1/2,-x+1/2,-y
#84: -y+1/2,z+1/2,-x
#85: -z+1/2,-x+1/2,y
#86: -z+1/2,x+1/2,-y
#87: y+1/2,-z+1/2,-x
#88: x+1/2,-y+1/2,-z
#89: -x+1/2,y+1/2,-z
#90: -x+1/2,-y+1/2,z
#91: y+1/2,x+1/2,-z
#92: -y+1/2,-x+1/2,-z
#93: z+1/2,-y+1/2,x
#94: -z+1/2,-y+1/2,-x
#95: -x+1/2,z+1/2,y
#96: -x+1/2,-z+1/2,-y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-354-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aldolase / Aldolase class II protein YgbL / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain protein / Class II ...Aldolase class II protein YgbL / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain protein / Class II aldolase / Epimerase/aldolase / Putative aldolase class 2 protein YgbL / Putative class II aldolase / Putative epimerase/aldolase / Ribulose-5-phosphate 4-epimerase / Ribulose-5-phosphate 4-epimerase and related epimerases and aldolases


分子量: 23130.297 Da / 分子数: 1 / 変異: K78A, E79A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ygbL, fucA_1, fucA_2, fucA_3, A6V01_12630, A8C65_15140, A9R57_07175, AC789_1c30590, ACN002_2750, ACN68_01155, ACN81_22770, ACU57_10465, ACU90_22780, AM270_01140, AM446_07205, AM464_05380, ...遺伝子: ygbL, fucA_1, fucA_2, fucA_3, A6V01_12630, A8C65_15140, A9R57_07175, AC789_1c30590, ACN002_2750, ACN68_01155, ACN81_22770, ACU57_10465, ACU90_22780, AM270_01140, AM446_07205, AM464_05380, AMK83_11915, AML07_12225, APT94_21310, APZ14_09525, AUQ13_17325, AUS26_10160, AW106_00420, BANRA_01255, BANRA_03469, BANRA_03591, BANRA_04367, BB545_27775, BHS81_16420, BHS87_15520, BJJ90_05475, BK292_15630, BK334_27580, BK375_13210, BK383_11440, BMT91_16885, BN17_26181, BOH76_22435, BON63_19680, BON69_14795, BON71_18280, BON75_11965, BON76_10650, BON81_00285, BON83_09705, BON94_04140, BON95_16300, BTQ06_03125, BUE81_11725, BvCms12BK_03165, BvCms2454_01167, BvCms28BK_01877, BvCmsHHP001_03068, BvCmsHHP019_02729, BvCmsHHP056_03503, BvCmsKKP061_02297, BvCmsKSNP073_04251, BvCmsKSNP081_03742, BvCmsKSP011_03461, BvCmsKSP015_02034, BvCmsKSP024_00612, BvCmsKSP026_01128, BvCmsKSP045_01005, BvCmsKSP067_01661, BvCmsNSNP036_03000, BvCmsNSP006_05177, BvCmsNSP047_00861, BvCmsNSP072_00220, BvCmsOUP014_01965, BvCmsSINP011_00852, BvCmsSINP012_03946, BvCmsSIP019_02287, BvCmsSIP044_05163, BVL39_13210, BWI87_21825, BZL31_00610, C2U48_20265, C5N07_05940, C5P01_05225, C6669_14870, C7235_05990, C7B02_14785, C9025_10385, C9063_00245, C9077_06745, C9078_00240, C9083_12005, C9212_06240, C9299_06335, C9E25_03540, C9Y91_17090, C9Z12_17500, C9Z87_01290, CA593_13215, CG692_18935, CI641_006645, CI694_28410, COD30_02045, COD46_07295, CR538_05720, CRD98_12235, CRM83_26605, CRT46_16190, CWS33_18185, D2185_15215, D3821_16290, D3O91_08790, D3Y67_06215, D6W60_14495, D9D20_12755, D9D31_01300, D9D43_16575, D9E34_04445, D9G48_03345, D9H68_08840, D9H94_07975, D9I11_16525, D9I18_12570, D9I97_04710, D9J11_22615, D9J44_16120, D9K48_24075, DAH18_08020, DAH30_04920, DAH32_02260, DAH34_11955, DAH37_01550, DBQ99_06500, DD762_14650, DEN89_05940, DEN97_04175, DEO04_03140, DEO19_03955, DIV22_15765, DL545_06205, DL800_20265, DM102_17710, DNQ41_18745, DP277_11200, DQF57_14075, DQO13_13010, DS732_20470, DXT69_17430, DXT71_19600, DXT73_08290, E2119_10715, E2127_10915, E2128_08055, E2129_22655, E2134_08355, E2135_15730, E2855_03570, E2863_03416, E3B71_09995, E5P22_05820, E5P28_09955, E5S35_14170, E5S47_05195, EAI42_08185, EAI46_07305, EAI52_13045, EB575_07395, EC1094V2_959, EC3234A_48c00470, EC3426_03869, EC95NR1_01973, ECTO6_01118, ED600_08700, EEP23_04785, EHH55_21055, EIA08_26960, EJC75_12575, EKI52_20825, EL75_0949, EL79_0961, EL80_0963, ELT20_17290, ELV08_08120, ELV26_12010, ELV28_12625, EPS71_13390, EPS97_08775, EPT01_07465, EQ820_15255, EQ823_12350, ERS085365_02669, ERS085374_03154, ERS085379_00796, ERS085416_02009, ERS139211_02755, ERS150873_03405, ERS150876_01418, EXX24_16845, EXX71_08170, EXX78_11775, EYD11_05420, EYY19_02015, EYY78_17070, FAF34_024150, FNJ69_12040, FNJ79_10345, FORC28_1164, FORC82_1107, FQ915_18725, FQR64_05525, FRV13_23520, FTV93_24110, FV293_17575, FWK02_21690, HmCms184_04739, HmCmsJML074_00673, HmCmsJML079_02287, HW43_17945, NCTC10418_01757, NCTC10429_01799, NCTC10865_01414, NCTC11022_02815, NCTC11126_05115, NCTC11341_01131, NCTC13148_02634, NCTC8009_02569, NCTC8621_01097, NCTC8622_07110, NCTC8985_05864, NCTC9036_01185, NCTC9045_01263, NCTC9050_04116, NCTC9055_03095, NCTC9058_00801, NCTC9062_02092, NCTC9111_01568, NCTC9703_05685, NCTC9706_03345, PGD_04366, PU06_19290, RG28_07920, RK56_022935, RX35_01611, SAMEA3472043_01217, SAMEA3472044_02744, SAMEA3472047_00383, SAMEA3472055_01872, SAMEA3472070_01721, SAMEA3472080_02638, SAMEA3472114_04022, SAMEA3484427_01818, SAMEA3484429_01680, SAMEA3484434_01533, SAMEA3752553_01463, SAMEA3752557_03765, SAMEA3752559_03035, SAMEA3753064_03723, SAMEA3753097_02914, SAMEA3753290_03961, SK85_02974, UN86_26790, WQ89_15395, WR15_12820, YDC107_1288
プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Gold
参照: UniProt: J7R4S3, UniProt: Q46890*PLUS, L-fuculose-phosphate aldolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1M Na Acetate pH 4.5, 3 M Na Chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→25 Å / Num. obs: 7074 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.6 % / Biso Wilson estimate: 42.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.272 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 17.48
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.146 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 353 / CC1/2: 0.68 / Rpim(I) all: 0.389 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BALBES位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OPI

2opi


解像度: 2.65→24.48 Å / SU ML: 0.4233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2497
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 632 5.07 %RANDOM
Rwork0.1888 ---
obs0.1914 7033 99.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→24.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1585 0 0 55 1640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47112196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0378249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4527599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.860.36231230.30482322X-RAY DIFFRACTION97.41
2.86-3.140.36311290.26452380X-RAY DIFFRACTION99.96
3.14-3.60.27591240.20212363X-RAY DIFFRACTION99.96
3.6-4.530.17111340.14332373X-RAY DIFFRACTION100
4.53-24.480.19521220.1562397X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.22076544942.08412763286-5.184608838573.81827818171-2.373652774576.286868381940.246817454604-0.723592608027-0.265390303760.163642643303-0.171983264409-0.295963273117-0.4613496401871.06982501371-0.1641725544980.232482154512-0.0145216250661-0.03353193533150.4105194329380.005237855293120.31888739934258.5649146003-4.41694539167-15.3674391531
24.21899216126-3.4810184363-1.998602801627.560147017025.228148391994.20944100223-0.303554462541-0.0173282661944-0.1862381222140.6069100606110.159124156338-0.08369688234960.55017157927-0.1168068962840.1533040908110.3365930888-0.03264886844620.003502812722950.2667605566650.08765275099760.31237229257754.715757598-10.9648103498-17.2684994
38.39145453083-1.753691783774.077202334726.79806079135-4.307177066453.84886306945-0.122182391007-0.045796151501-0.336082571578-0.185305412623-0.120866294103-0.196380608574-0.7961671862560.09001358321790.2927125816310.3955868108920.03845912752430.01841744569740.3277576898630.04597917226430.38198490465356.6407529074-19.2798248648-25.377481073
44.52341708022-0.277077291127-1.716888893782.021316611441.594040704944.338966726990.1167317573950.4787358259660.0360584190203-0.233324791621-0.0229300540794-0.0281484094652-0.290250963011-0.284367379017-0.09485017627220.246042314843-0.00411259144628-0.03196579012470.246049969580.02115234620180.29551550749538.2584507549-5.7354303783-21.4586826622
53.06473406082-1.00785105697-1.582669640721.912073487310.3883856562443.056818872460.1453846780520.1937108456870.0421944863786-0.258282165106-0.09698856157470.0112319095567-0.169500762136-0.0816104947318-0.0509974472330.2508136786060.0118137624892-0.05243089261370.2960492006450.0411500864590.23914730145238.172270466-4.65849581894-21.129077971
66.20183004104-4.438689593550.106956281714.37881480758-1.546523242343.661099174330.3245561808390.494843698348-0.249675820529-0.06737788876280.2095034415660.892517805580.166983692182-1.8245636047-0.5116989138880.268445361859-0.02901334202710.009752731588910.450104213132-0.08881095831670.55080419692323.979442049610.0040982993-12.833803207
77.905493299093.182574199036.302050670168.80179364895-0.08343788208425.93819753703-0.3772828127732.01185437660.182383421094-1.1685956330.170928673664-0.5819181095050.1245013023471.882617687820.1360662590280.7658539751180.105519179222-0.1328768423920.673999924616-0.09322971072560.45274013184631.59200210413.722250488-27.2138627476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 77 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 78 through 124 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 125 through 194 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 195 through 203 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 204 through 212 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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