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- PDB-6vo6: Crystal Structure of Cj1427, an Essential NAD-dependent Dehydroge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vo6
タイトルCrystal Structure of Cj1427, an Essential NAD-dependent Dehydrogenase from Campylobacter jejuni, in the Presence of NADH and GDP
要素Putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratease
キーワードOXIDOREDUCTASE / capsular polysaccharide / isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の既知の電子受容体を用いる / UDP-glucose 4-epimerase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / NADH binding / GDP binding / protein homotetramerization / oxidoreductase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / TETRAMETHYLAMMONIUM ION / GDP-D-glycero-alpha-D-manno-heptose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Anderson, T.K. / Spencer, K.D. / Thoden, J.B. / Huddleston, J.P. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122825 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis of Cj1427, an Essential NAD-Dependent Dehydrogenase for the Biosynthesis of the Heptose Residues in the Capsular Polysaccharides ofCampylobacter jejuni.
著者: Huddleston, J.P. / Anderson, T.K. / Spencer, K.D. / Thoden, J.B. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
履歴
登録2020年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratease
B: Putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratease
C: Putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratease
D: Putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,66130
ポリマ－146,8774
非ポリマー4,78426
水23,3651297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23450 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area43810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.608, 84.343, 135.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratease


分子量: 36719.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: Cj1427c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Roesetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q0P8I7, UDP-glucose 4-epimerase

-
非ポリマー , 7種, 1323分子

#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-TMA / TETRAMETHYLAMMONIUM ION / テトラメチルアンモニウム


分子量: 74.145 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 8-11% PEG-8000, 1 M tetramethylammonium chloride, 100 mM homopipes; in the presence of 5 mM GDP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 229896 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 11032 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→35.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.216 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1887 11613 5.1 %RANDOM
Rwork0.1626 ---
obs0.1639 218283 97.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.33 Å2 / Biso mean: 19.406 Å2 / Biso min: 8.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20 Å20.28 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→35.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9781 0 311 1297 11389
Biso mean--19.97 31.83 -
残基数----1225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01310424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9031.65814103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4891.58322792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.05751256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09722.472538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.867151858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4681563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022175
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 805 -
Rwork0.231 15384 -
all-16189 -
obs--92.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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