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- PDB-6vo2: Crystal structure of Staphylococcus aureus ketol-acid reductoisom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vo2
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus ketol-acid reductoisomerase in complex with Mg, NADPH and inhibitor.
要素Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / reductoisomerase / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / isomerase activity / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ProC C-terminal domain-like fold / ProC C-terminal domain-like fold - #10 / Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. ...ProC C-terminal domain-like fold / ProC C-terminal domain-like fold - #10 / Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Helix non-globular / Special / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 3-(methylsulfonyl)-2-oxopropanoic acid / Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) / Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Bayaraa, T. / Patel, K.M. / Guddat, L.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)114729 オーストラリア
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2020
タイトル: Discovery, Synthesis and Evaluation of a Ketol-Acid Reductoisomerase Inhibitor.
著者: Bayaraa, T. / Kurz, J.L. / Patel, K.M. / Hussein, W.M. / Bilyj, J.K. / West, N.P. / Schenk, G. / McGeary, R.P. / Guddat, L.W.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年8月5日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,03610
ポリマ－74,1162
非ポリマー1,9208
水12,845713
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15600 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area22610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.039, 80.825, 66.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) / KARI / Acetohydroxy-acid isomeroreductase / AHIR / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase


分子量: 37057.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ilvC, DB727_12700, E4U00_11130, ERS072840_02559, NCTC6133_02793, NCTC7878_02786, NCTC7988_02129
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A145BYP4, UniProt: Q2FWK4*PLUS, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-R67 / 3-(methylsulfonyl)-2-oxopropanoic acid


分子量: 166.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 0.2M Sodium acetate pH 8.1 22.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月6日 / 詳細: Mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→47.27 Å / Num. obs: 73135 / % possible obs: 80 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 18.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 538308
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible allCC1/2
1.59-1.621.20.41720170.4170.590.80.4
8.71-47.276.90.02240845910.0090.02451.999.10.999

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W3K

5w3k


解像度: 1.59→45.164 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 1983 2.71 %
Rwork0.1631 --
obs0.1641 73102 80.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.98 Å2 / Biso mean: 23.0532 Å2 / Biso min: 9.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→45.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5090 0 120 713 5923
Biso mean--17.84 32.24 -
残基数----652
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5903-1.63010.234321
1.6301-1.67410.228824
1.6741-1.72340.2634310.2404124320
1.7234-1.7790.25781770.22886331100
1.779-1.84260.24591710.21816329100
1.8426-1.91640.23851710.21346312100
1.9164-2.00360.21731650.19796334100
2.0036-2.10930.23141930.19196330100
2.1093-2.24140.22421790.17296310100
2.2414-2.41450.21421750.16626319100
2.4145-2.65740.20381830.16966364100
2.6574-3.04190.20471790.16386377100
3.0419-3.83210.18241750.14076353100
3.8321-45.1640.15641840.12776472100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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