+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vme | ||||||
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Title | Human ESCRT-I heterotetramer headpiece | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Endosomal transport / HIV release / macroautophagy | ||||||
Function / homology | Function and homology information virus maturation / positive regulation of viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of ubiquitin-dependent endocytosis / extracellular transport / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / ESCRT I complex / regulation of extracellular exosome assembly / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / viral budding / regulation of MAP kinase activity ...virus maturation / positive regulation of viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of ubiquitin-dependent endocytosis / extracellular transport / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / ESCRT I complex / regulation of extracellular exosome assembly / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / viral budding / regulation of MAP kinase activity / exosomal secretion / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / receptor catabolic process / protein targeting to vacuole / membrane fission / positive regulation of exosomal secretion / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / virion binding / Flemming body / protein targeting to membrane / endosome to lysosome transport / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / viral budding via host ESCRT complex / viral release from host cell / autophagosome maturation / keratinocyte differentiation / negative regulation of protein ubiquitination / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / multivesicular body / HCMV Late Events / ubiquitin binding / regulation of cell growth / macroautophagy / Late endosomal microautophagy / protein modification process / Budding and maturation of HIV virion / SH3 domain binding / positive regulation of protein catabolic process / transcription corepressor activity / calcium-dependent protein binding / late endosome / late endosome membrane / early endosome membrane / midbody / vesicle / early endosome / regulation of cell cycle / endosome membrane / endosome / negative regulation of cell population proliferation / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / lipid binding / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.19 Å | ||||||
Authors | Flower, T.G. / Hurley, J.H. / Tjahjono, N. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2020 Title: A helical assembly of human ESCRT-I scaffolds reverse-topology membrane scission. Authors: Flower, T.G. / Takahashi, Y. / Hudait, A. / Rose, K. / Tjahjono, N. / Pak, A.J. / Yokom, A.L. / Liang, X. / Wang, H.G. / Bouamr, F. / Voth, G.A. / Hurley, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDB format | pdb6vme.ent.gz | 535.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vme.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
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Full document | 6vme_full_validation.pdf.gz | 255.8 KB | Display | |
Data in XML | 6vme_validation.xml.gz | 1.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6vme_validation.cif.gz | 16.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/6vme | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2f66S S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9343.720 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TSG101 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q99816 #2: Protein | Mass: 8061.243 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: VPS37B / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q9H9H4 #3: Protein/peptide | Mass: 2655.937 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MVB12A, CFBP, FAM125A / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q96EY5 #4: Protein | Mass: 13976.124 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: VPS28 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q9UK41 #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 2 % w/v gamma-Polyglutamic acid (gamma-PGA), 100 mM sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11583 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 1, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11583 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→99.18 Å / Num. obs: 107460 / % possible obs: 99.46 % / Redundancy: 20 % / Biso Wilson estimate: 48.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.04189 / Net I/σ(I): 17.22 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.269 Å / Num. unique obs: 10167 / CC1/2: 0.281 / % possible all: 95.09 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2F66 Resolution: 2.19→99.18 Å / SU ML: 0.2757 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.3667
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→99.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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