PDB-6vlc: Crystal structure of UDP-GlcNAc 2-epimerase from Neisseria mening...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vlc

タイトル

Crystal structure of UDP-GlcNAc 2-epimerase from Neisseria meningitidis bound to UDP-GlcNAc

要素

UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / Epimerase UDP-GlcNAc UDP-ManNAc UDP-GlcNAc 2-epimerase

機能・相同性

UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / capsule polysaccharide biosynthetic process / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

機能・相同性情報

生物種

Neisseria meningitidis Z2491 (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Fisher, A.J. / Hurlburt, N.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of a nonhydrolyzing UDP-GlcNAc 2-epimerase from Neisseria meningitidis serogroup A.
著者: Hurlburt, N.K. / Guan, J. / Ong, H. / Yu, H. / Chen, X. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2020年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年11月18日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vlc.cif.gz	726.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vlc.ent.gz	501.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vlc_validation.pdf.gz	394.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vlc_full_validation.pdf.gz	396 KB	表示
XML形式データ	6vlc_validation.xml.gz	2.2 KB	表示
CIF形式データ	6vlc_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vlc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vlbC 1f6dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cnz-d 4frz-d 2v8d-d 2gf6-d 4w7m-d 4w7k-d 5eb5-d 4w7n-d 5qyk-d 4w7l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

B: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

C: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

D: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

173 kDa, 4 ポリマー
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1

A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

B: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, Homology to E. coli Enzyme PDBID:1F6D
86.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

D: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	124.880, 129.740, 213.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ALA	ALA	(chain 'A' and (resid 1 through 212 or resid 219 through 371))	A	A	1 - 211	1 - 211
1	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain 'A' and (resid 1 through 212 or resid 219 through 371))	A	A	219 - 370	219 - 370
2	1	MET	MET	ALA	ALA	(chain 'B' and (resid 1 through 212 or resid 219 through 371))	B	B	1 - 211	1 - 211
2	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain 'B' and (resid 1 through 212 or resid 219 through 371))	B	B	219 - 370	219 - 370
3	1	MET	MET	ALA	ALA	(chain 'C' and (resid 1 through 212 or resid 219 through 371))	C	C	1 - 211	1 - 211
3	2	GLU	GLU	LYS	LYS	(chain 'C' and (resid 1 through 212 or resid 219 through 371))	C	C	219 - 370	219 - 370
4	1	MET	MET	ALA	ALA	chain 'D'	D	D	1 - 211	1 - 211
4	2	GLU	GLU	LYS	LYS	chain 'D'	D	D	219 - 370	219 - 370

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / UDP-GlcNAc 2-epimerase 分子量: 42849.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis Z2491 (髄膜炎菌) 株: Z2491 / 遺伝子: sacA, NMA0199 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0U1RGY0, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc 分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 22% PEG-5000, 100 mM Sodium citrate/citric acid, pH 5.5, and 10 mM UDP-GlcNAc

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.03317 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03317 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→38.97 Å / Num. obs: 92958 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.753 % / B_iso Wilson estimate: 33.74 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 0.979 / Net I/σ(I): 18.68 / Num. measured all: 348834 / Scaling rejects: 17

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	3.59	0.48	2.45	24367	6886	6787	0.736	0.564	98.6
2.21-2.27	3.757	0.396	3.12	25095	6691	6679	0.817	0.463	99.8
2.27-2.33	3.758	0.317	3.9	24499	6530	6519	0.872	0.371	99.8
2.33-2.4	3.768	0.275	4.52	23997	6387	6368	0.899	0.322	99.7
2.4-2.48	3.768	0.221	5.62	23062	6137	6121	0.928	0.258	99.7
2.48-2.57	3.768	0.182	6.87	22575	6009	5992	0.953	0.212	99.7
2.57-2.67	3.767	0.149	8.43	21491	5728	5705	0.967	0.174	99.6
2.67-2.78	3.77	0.118	10.49	20836	5557	5527	0.98	0.138	99.5
2.78-2.9	3.776	0.094	13.14	20070	5346	5315	0.987	0.11	99.4
2.9-3.04	3.777	0.076	16.02	19081	5090	5052	0.991	0.088	99.3
3.04-3.21	3.787	0.055	21.46	18255	4870	4820	0.996	0.063	99
3.21-3.4	3.768	0.044	26.49	17101	4583	4539	0.997	0.051	99
3.4-3.63	3.778	0.033	34.12	16135	4335	4271	0.998	0.038	98.5
3.63-3.93	3.772	0.028	40.11	15081	4064	3998	0.999	0.032	98.4
3.93-4.3	3.763	0.024	45.93	13789	3734	3664	0.999	0.028	98.1
4.3-4.81	3.744	0.021	51.95	12261	3375	3275	0.999	0.025	97
4.81-5.55	3.729	0.023	49.7	10720	2995	2875	0.999	0.026	96
5.55-6.8	3.704	0.024	47.27	9145	2574	2469	0.999	0.027	95.9
6.8-9.62	3.833	0.017	58.81	7336	2013	1914	0.999	0.02	95.1
9.62-38.97	3.687	0.014	67.18	3938	1176	1068	0.999	0.016	90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS	January 10, 2014	データ削減
XSCALE	January 10, 2014 BUILT=20140307	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1F6D

1f6d

解像度: 2.15→38.97 Å / SU ML: 0.2453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2675

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	2006	2.16 %
R_work	0.1679	90935	-
obs	0.1689	92941	98.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→38.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11602	0	78	758	12438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	11912
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4921	16205
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0862	1948
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0096	2041
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.6027	7325

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2	0.3107	138	0.2506	6410	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.2-2.26	0.2908	140	0.2266	6469	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.26-2.33	0.2678	153	0.2165	6504	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.33-2.41	0.3034	132	0.2102	6514	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.41-2.49	0.251	149	0.1996	6537	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.49-2.59	0.2257	135	0.1924	6455	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.59-2.71	0.2324	156	0.1844	6522	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.71-2.85	0.2806	136	0.1812	6501	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.85-3.03	0.2155	144	0.1864	6500	X-RAY DIFFRACTION	99.3
3.03-3.26	0.2402	144	0.1724	6504	X-RAY DIFFRACTION	99
3.26-3.59	0.2212	146	0.1628	6525	X-RAY DIFFRACTION	98.93
3.59-4.11	0.1793	148	0.1444	6490	X-RAY DIFFRACTION	98.28
4.11-5.18	0.1544	141	0.1253	6465	X-RAY DIFFRACTION	97.19
5.18-38.97	0.1684	144	0.1543	6539	X-RAY DIFFRACTION	95.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.09659532955	0.304920949624	-0.94580324812	2.92969754394	2.30403531657	2.5901742083	0.00749459706859	0.0358204192921	0.137939223214	-0.457009065914	0.0175278802319	-0.0775778906236	-0.388672133975	0.112683711478	-0.00512037643551	0.299220107977	0.00154941345201	0.0264979954955	0.284769105406	0.111027622284	0.241910541994	9.0864531536	91.0937859306	-13.7074560356
2	2.39696622039	-1.20037258824	0.347100016987	2.18453043804	-0.495097898064	0.80460983083	-0.104075227849	-0.252580735778	-0.204409306931	0.159714370863	0.143358948053	0.32093542663	-0.109553053194	-0.154785748166	-0.0104865127892	0.237472646567	0.0198467532529	0.0371814893617	0.296593367449	0.0861361902781	0.202723170705	-12.0347635157	93.0039985654	-5.59851254514
3	0.327636826101	0.503571151222	0.527724457258	2.20309604257	0.759608407373	1.10718141698	-0.0180018512844	0.111607376149	-0.0588387698868	-0.0790977191464	0.107064539835	0.0149200914541	-0.0780504974482	0.0296187492737	-0.0820915948507	0.196669916207	-0.0167743666873	0.0135014654975	0.286030922921	0.0511359176717	0.352632334958	0.535788691183	64.3673485871	-29.4538748614
4	5.80542185537	-1.52665076636	2.95632200357	2.49280861484	-2.49873509497	8.65148550732	0.209707437822	0.63070203933	-0.536374016524	-0.468787182746	-0.26736149268	-0.105050201832	0.38258802859	0.293240841228	0.126389174904	0.30811536011	0.0967365153249	0.0509807692828	0.34403860329	-0.0370834452048	0.316660094789	17.124688932	34.9272659575	-31.6255049739
5	3.15184592531	-0.82545201544	0.955176091967	1.66271668358	-1.02620605837	1.62724569837	0.0867926954029	0.0296052497473	-0.166311747881	-0.0567791763844	-0.111849483644	-0.0790424173299	0.218409980519	0.225868211344	-0.0119541497261	0.225026969536	-0.0545532095781	-0.00315172259216	0.260065608133	0.00658580698121	0.188370343124	10.794534963	39.4366422331	-23.9695227951
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:108)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 109:371)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:185)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 186:234)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 235:371)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 1:85)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 86:185)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 186:205)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 206:371)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid 1:185)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 186:234)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 235:371)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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