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万見
- PDB-6vlb: Crystal structure of ligand-free UDP-GlcNAc 2-epimerase from Neis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vlb
タイトルCrystal structure of ligand-free UDP-GlcNAc 2-epimerase from Neisseria meningitidis
要素UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
キーワードISOMERASE / Epimerase UDP-GlcNAc UDP-ManNAc UDP-GlcNAc 2-epimerase
機能・相同性UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis serogroup A / serotype 4A
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Fisher, A.J. / Hurlburt, N.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM094523 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of a nonhydrolyzing UDP-GlcNAc 2-epimerase from Neisseria meningitidis serogroup A.
著者: Hurlburt, N.K. / Guan, J. / Ong, H. / Yu, H. / Chen, X. / Fisher, A.J.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
B: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8065
ポリマ－85,6982
非ポリマー1083
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Homology to E. coli Enzyme.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area31090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.550, 49.510, 81.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-605-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 370 / Label seq-ID: 1 - 370

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / UDP-GlcNAc 2-epimerase


分子量: 42849.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup A / serotype 4A (strain Z2491) (髄膜炎菌)
株: Z2491 / 遺伝子: sacA, NMA0199 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0U1RGY0, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 50% (v/v) PEG-200, 100 mM phosphate-citrate, pH 4.2, and 200 mM NaCl.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 71340 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.46 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Num. unique obs: 19336 / CC1/2: 0.89 / Rrim(I) all: 0.498 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSVERSION September 26, 2012データ削減
XSCALEVERSION July 4, 2012データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F6D

1f6d


解像度: 1.85→36.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.415 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.125
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 3593 5 %RANDOM
Rwork0.1824 ---
obs0.1841 67746 98.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.63 Å2 / Biso mean: 34.714 Å2 / Biso min: 14.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20 Å2-0.14 Å2
2--2.27 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→36.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5863 0 6 424 6293
Biso mean--49.49 43.06 -
残基数----743
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0136015
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4661.6418180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4361.56613407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1775751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50124.161274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.238151101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8151522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021090
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11666 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 279 -
Rwork0.247 4873 -
all-5152 -
obs--96.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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