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万見
- PDB-6vl2: Stigmurin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vl2
タイトルStigmurin
要素Stigmurin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Scorpion venom / Antimicrobial Peptide / Amphipathic peptide / Non-disulfide-bridged peptide
生物種Tityus stigmurus (サソリ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Rodrigues, S.C.S. / Resende, J.M. / Araujo, R.M. / Pedrosa, M.F.F.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel ブラジル
引用
ジャーナル: Peptides / 年: 2021
タイトル: NMR three-dimensional structure of the cationic peptide Stigmurin from Tityus stigmurus scorpion venom: In vitro antioxidant and in vivo antibacterial and healing activity.
著者: Daniele-Silva, A. / Rodrigues, S.C.S. / Dos Santos, E.C.G. / Queiroz Neto, M.F. / Rocha, H.A.O. / Silva-Junior, A.A.D. / Resende, J.M. / Araujo, R.M. / Fernandes-Pedrosa, M.F.
#1: ジャーナル: Peptides / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of a novel peptide with antimicrobial activity from the venom gland of the scorpion Tityus stigmurus: Stigmurin.
著者: de Melo, E.T. / Estrela, A.B. / Santos, E.C. / Machado, P.R. / Farias, K.J. / Torres, T.M. / Carvalho, E. / Lima, J.P. / Silva, A.A.J. / Barbosa, E.G. / Pedrosa, M.F.F.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stigmurin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7951
ポリマ－1,7951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Stigmurin


分子量: 1795.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: amidated C-terminal portion / 由来: (合成) Tityus stigmurus (サソリ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-1H NOESY
121anisotropic12D 1H-1H TOCSY
131anisotropic12D 1H-15N HSQC
141anisotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 2.0 mM Stigmurin, 1.0 mM DSS, trifluoroethanol/water
Label: 2.0 nM / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mMStigmurinnatural abundance1
1.0 mMDSSnatural abundance1
試料状態詳細: 2.0 mM Stigmurin, 1.0 mM DSS, TFE-d2/H2O (40:60%, v/v)
イオン強度: not applicable Not defined / Label: solution / pH: 7.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 14
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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