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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vl2 | ||||||
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タイトル | Stigmurin | ||||||
要素 | Stigmurin | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Scorpion venom / Antimicrobial Peptide / Amphipathic peptide / Non-disulfide-bridged peptide | ||||||
生物種 | Tityus stigmurus (サソリ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Rodrigues, S.C.S. / Resende, J.M. / Araujo, R.M. / Pedrosa, M.F.F. | ||||||
資金援助 | ブラジル, 1件
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引用 | ジャーナル: Peptides / 年: 2021 タイトル: NMR three-dimensional structure of the cationic peptide Stigmurin from Tityus stigmurus scorpion venom: In vitro antioxidant and in vivo antibacterial and healing activity. 著者: Daniele-Silva, A. / Rodrigues, S.C.S. / Dos Santos, E.C.G. / Queiroz Neto, M.F. / Rocha, H.A.O. / Silva-Junior, A.A.D. / Resende, J.M. / Araujo, R.M. / Fernandes-Pedrosa, M.F. #1: ジャーナル: Peptides / 年: 2015 タイトル: Structural characterization of a novel peptide with antimicrobial activity from the venom gland of the scorpion Tityus stigmurus: Stigmurin. 著者: de Melo, E.T. / Estrela, A.B. / Santos, E.C. / Machado, P.R. / Farias, K.J. / Torres, T.M. / Carvalho, E. / Lima, J.P. / Silva, A.A.J. / Barbosa, E.G. / Pedrosa, M.F.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vl2.cif.gz | 52.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vl2.ent.gz | 39.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vl2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vl2_validation.pdf.gz | 356.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vl2_full_validation.pdf.gz | 401.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vl2_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vl2_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vl2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1795.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: amidated C-terminal portion / 由来: (合成) Tityus stigmurus (サソリ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 2.0 mM Stigmurin, 1.0 mM DSS, trifluoroethanol/water Label: 2.0 nM / 溶媒系: trifluoroethanol/water | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | 詳細: 2.0 mM Stigmurin, 1.0 mM DSS, TFE-d2/H2O (40:60%, v/v) イオン強度: not applicable Not defined / Label: solution / pH: 7.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |