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- PDB-6vkv: Co-crystal structure of GS-6207 bound to HIV-1 capsid hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vkv
タイトルCo-crystal structure of GS-6207 bound to HIV-1 capsid hexamer
要素Capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain ...Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-QNG / Gag polyprotein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Bester, S.M. / Kvaratskhelia, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural and mechanistic bases for a potent HIV-1 capsid inhibitor.
著者: Stephanie M Bester / Guochao Wei / Haiyan Zhao / Daniel Adu-Ampratwum / Naseer Iqbal / Valentine V Courouble / Ashwanth C Francis / Arun S Annamalai / Parmit K Singh / Nikoloz Shkriabai / ...著者: Stephanie M Bester / Guochao Wei / Haiyan Zhao / Daniel Adu-Ampratwum / Naseer Iqbal / Valentine V Courouble / Ashwanth C Francis / Arun S Annamalai / Parmit K Singh / Nikoloz Shkriabai / Peter Van Blerkom / James Morrison / Eric M Poeschla / Alan N Engelman / Gregory B Melikyan / Patrick R Griffin / James R Fuchs / Francisco J Asturias / Mamuka Kvaratskhelia /
要旨: The potent HIV-1 capsid inhibitor GS-6207 is an investigational principal component of long-acting antiretroviral therapy. We found that GS-6207 inhibits HIV-1 by stabilizing and thereby preventing ...The potent HIV-1 capsid inhibitor GS-6207 is an investigational principal component of long-acting antiretroviral therapy. We found that GS-6207 inhibits HIV-1 by stabilizing and thereby preventing functional disassembly of the capsid shell in infected cells. X-ray crystallography, cryo-electron microscopy, and hydrogen-deuterium exchange experiments revealed that GS-6207 tightly binds two adjoining capsid subunits and promotes distal intra- and inter-hexamer interactions that stabilize the curved capsid lattice. In addition, GS-6207 interferes with capsid binding to the cellular HIV-1 cofactors Nup153 and CPSF6 that mediate viral nuclear import and direct integration into gene-rich regions of chromatin. These findings elucidate structural insights into the multimodal, potent antiviral activity of GS-6207 and provide a means for rationally developing second-generation therapies.
履歴
登録2020年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.42024年12月25日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
B: Capsid protein p24
C: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,42025
ポリマ－76,3843
非ポリマー4,03622
水4,270237
1
A: Capsid protein p24
B: Capsid protein p24
ヘテロ分子

A: Capsid protein p24
B: Capsid protein p24
ヘテロ分子

A: Capsid protein p24
B: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,95148
ポリマ－152,7686
非ポリマー8,18342
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area23800 Å2
ΔGint-412 kcal/mol
Surface area59010 Å2
手法PISA
2
C: Capsid protein p24
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,61554
ポリマ－152,7686
非ポリマー7,84748
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_345-y-2,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_435-x+y-1,-x-2,z1
crystal symmetry operation4_335-x-2,-y-2,z1
crystal symmetry operation5_545y,-x+y-1,z1
crystal symmetry operation6_455x-y-1,x,z1
Buried area24420 Å2
ΔGint-507 kcal/mol
Surface area58540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.050, 160.050, 57.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-457-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEU(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA1 - 61 - 6
12GLYGLYPROPRO(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA8 - 178 - 17
13THRTHRPROPRO(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA19 - 8519 - 85
14HISHISPROPRO(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA87 - 9987 - 99
15GLYGLYLEULEU(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA101 - 111101 - 111
16GLUGLULYSLYS(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA113 - 131113 - 131
17TRPTRPILEILE(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA133 - 153133 - 153
18GLNGLNARGARG(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA155 - 173155 - 173
19GLNGLNGLNGLN(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA176 - 179176 - 179
110LYSLYSGLUGLU(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA182 - 187182 - 187
111LEULEUVALVAL(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA189 - 191189 - 191
112ASNASNLEULEU(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA193 - 211193 - 211
113GLUGLUGLNGLN(chain A and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...AA213 - 219213 - 219
21PROPROLEULEU(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB1 - 61 - 6
22GLYGLYPROPRO(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB8 - 178 - 17
23THRTHRPROPRO(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB19 - 8519 - 85
24HISHISPROPRO(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB87 - 9987 - 99
25GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB101 - 111101 - 111
26GLUGLULYSLYS(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB113 - 131113 - 131
27TRPTRPILEILE(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB133 - 153133 - 153
28GLNGLNARGARG(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB155 - 173155 - 173
29GLNGLNGLNGLN(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB176 - 179176 - 179
210LYSLYSGLUGLU(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB182 - 187182 - 187
211LEULEUVALVAL(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB189 - 191189 - 191
212ASNASNLEULEU(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB193 - 211193 - 211
213GLUGLUGLNGLN(chain B and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...BB213 - 219213 - 219
31PROPROLEULEU(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC1 - 61 - 6
32GLYGLYPROPRO(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC8 - 178 - 17
33THRTHRPROPRO(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC19 - 8519 - 85
34HISHISPROPRO(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC87 - 9987 - 99
35GLYGLYLEULEU(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC101 - 111101 - 111
36GLUGLULYSLYS(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC113 - 131113 - 131
37TRPTRPILEILE(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC133 - 153133 - 153
38GLNGLNARGARG(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC155 - 173155 - 173
39GLNGLNGLNGLN(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC176 - 179176 - 179
310LYSLYSGLUGLU(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC182 - 187182 - 187
311LEULEUVALVAL(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC189 - 191189 - 191
312ASNASNLEULEU(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC193 - 211193 - 211
313GLUGLUGLNGLN(chain C and (resseq 1:6 or resseq 8:17 or resseq...CC213 - 219213 - 219

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24


分子量: 25461.271 Da / 分子数: 3 / 変異: A14C, E45C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-QNG / Lenacapavir / Sunlenca / GS-CA1 / GS-6207


分子量: 968.282 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H32ClF10N7O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.125-0.35M Sodium Iodide, 3-12% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→46.71 Å / Num. obs: 41892 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 29.5368220526 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.22→2.29 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3828 / CC1/2: 0.47 / Rpim(I) all: 0.97 / Χ2: 1.03 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PU1

6pu1


解像度: 2.22→44.26 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.3
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2685 2051 4.91 %
Rwork0.2314 39694 -
obs0.2332 41745 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→44.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5112 0 211 237 5560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006677969769195680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9715361397717837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0534450502844819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007036276741969
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.47125718982101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.27170.44161160.42362558X-RAY DIFFRACTION97.4845060153
2.2717-2.32850.360261330.344612602X-RAY DIFFRACTION98.4875765214
2.3285-2.39140.34531600.2992623X-RAY DIFFRACTION99.856476498
2.3914-2.46180.31521000.29092674X-RAY DIFFRACTION100
2.4618-2.54120.3441912969021490.28152610X-RAY DIFFRACTION99.8913830558
2.5412-2.63210.3224737325871290.27092637X-RAY DIFFRACTION99.8555956679
2.6321-2.73740.2989674205971520.26132646X-RAY DIFFRACTION99.9285714286
2.7374-2.8620.2650692650251420.25782630X-RAY DIFFRACTION99.9279019466
2.862-3.01280.3161534894331420.24142635X-RAY DIFFRACTION99.9640028798
3.0128-3.20160.3076457777291550.23442626X-RAY DIFFRACTION100
3.2016-3.44870.2406614007991350.21672646X-RAY DIFFRACTION99.964054637
3.4487-3.79550.2184475131941440.1907666601982667X-RAY DIFFRACTION99.9289015286
3.7955-4.34440.2121417672651220.1748934179262686X-RAY DIFFRACTION99.9644001424
4.3444-5.47180.2172339238241460.1782754706182682X-RAY DIFFRACTION99.8587570621
5.4718-44.260.2402549723791260.217559454262772X-RAY DIFFRACTION99.6218631832

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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