PDB-6vka: HIV Integrase Core domain (IN) in complex with dimer-spanning ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vka

タイトル

HIV Integrase Core domain (IN) in complex with dimer-spanning ligand

要素

Integrase

キーワード

TRANSFERASE / Virus / Inhibitor / Complex / HIV Integrase

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.863 Å

データ登録者

Gorman, M.A. / Parker, M.W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: HIV Integrase core domain (IN) in complex with dimeric spanning inhibitor
著者: Scanlon, M. / Gorman, M.A.

履歴

登録	2020年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vka.cif.gz	123.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vka.ent.gz	96.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vka_validation.pdf.gz	657.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vka_full_validation.pdf.gz	662.4 KB	表示
XML形式データ	6vka_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	6vka_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/6vka	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vlhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1qfc-d 6wc8-1 4nyf-d 2o3h-d 1qj7-d 3l3u-d 4o5b-1 5ihs-d 6mkk-d 6mkm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Integrase

B: Integrase

ヘテロ分子

38.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.302, 46.302, 138.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Integrase 分子量: 18001.420 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 50-212 / 変異: Q53E, C56S, W131E, F185K, Q209E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: F2WR39, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-QZV / 2,2'-{ethane-1,2-diylbis[oxyethane-2,1-diylcarbamoyl-4,1-phenyleneethyne-2,1-diyl(5-methyl-1-benzofuran-2,3-diyl)]}diacetic acid 分子量: 780.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₆H₄₀N₂O₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.15 % / 解説: Bi-pyramid
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 200 mM potassium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月10日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→46.34 Å / Num. obs: 23848 / % possible obs: 98.59 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.92 Å² / CC_1/2: 0.99 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/av σ(I): 23.57 / Net I/σ(I): 23.57
反射シェル	解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / Num. unique obs: 2344 / CC_1/2: 0.735 / CC star: 0.92 / R_pim(I) all: 0.277 / R_rim(I) all: 0.816 / % possible all: 96.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.863→46.302 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 19.31 / 位相誤差: 30.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	4020	8.53 %
R_work	0.1448	-	-
obs	0.163	23848	98.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.863→46.302 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2190	0	114	92	2396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2344
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.511	3175
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.272	1342
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	352
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8646-1.8968	0.3022	194	0.2435	2125	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8968-1.9313	0.2744	198	0.2407	2173	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9313-1.9684	0.2658	200	0.2279	2058	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9684-2.0086	0.3096	208	0.2043	2171	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0086-2.0522	0.2912	196	0.2141	2144	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0522-2.1	0.2457	198	0.1956	2128	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1-2.1524	0.2522	195	0.1835	2141	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1524-2.2106	0.2044	187	0.1826	2196	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2106-2.2756	0.2241	184	0.166	2129	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2756-2.3491	0.2155	206	0.1661	2163	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3491-2.433	0.274	208	0.1563	2170	X-RAY DIFFRACTION	90
2.433-2.5303	0.2148	196	0.154	2126	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5303-2.6454	0.2453	204	0.1466	2152	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6454-2.7847	0.2189	206	0.1499	2140	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7847-2.959	0.1934	212	0.1367	2198	X-RAY DIFFRACTION	90
2.959-3.1872	0.2057	194	0.1353	2154	X-RAY DIFFRACTION	91
3.1872-3.5074	0.1968	196	0.1457	2185	X-RAY DIFFRACTION	91
3.5074-4.0136	0.1974	204	0.1337	2181	X-RAY DIFFRACTION	91
4.0136-5.0516	0.1868	220	0.1289	2186	X-RAY DIFFRACTION	91
5.0516-27.6744	0.245	206	0.1663	2156	X-RAY DIFFRACTION	91

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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