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万見
- PDB-6vju: Crystal Structure of Cystathionine beta synthase from Legionella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vju
タイトルCrystal Structure of Cystathionine beta synthase from Legionella pneumophila with LLP, PLP, and homocysteine
要素(Cystathionine beta- ...) x 2
キーワードLYASE / SSGCID / PLP / LLP / synthase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cystathionine beta-lyase / Cystathionine beta synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Cystathionine beta synthase from Legionella pneumophila with LLP, PLP, and homocysteine
著者: Bolejack, M.J. / Davies, D.R. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年4月3日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine beta-lyase
B: Cystathionine beta-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,50221
ポリマ－71,0852
非ポリマー1,41619
水10,773598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.350, 91.790, 93.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...
21(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A9 - 30
121(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A32 - 50
131(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A52 - 63
141(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A8 - 324
151(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A0
161(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A0
171(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A8 - 324
181(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A134 - 136
191(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A8 - 324
1101(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A150 - 226
1111(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A293 - 91
1121(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A293
1131(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A8 - 324
1141(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A8 - 324
1151(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A8 - 324
1161(chain A and (resid 9 through 30 or resid 32...A8 - 324
211(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B9 - 30
221(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B32 - 50
231(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B52 - 63
241(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B65 - 98
251(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B100
261(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B102 - 110
271(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B112 - 125
281(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B126 - 128
291(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B8 - 324
2101(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B8 - 324
2111(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B8 - 324
2121(chain B and (resid 9 through 30 or resid 32...B8 - 324

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要素

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Cystathionine beta- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cystathionine beta-lyase


分子量: 35656.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: C3927_14920, DI056_06925, DI105_06930 / プラスミド: LepnA.01147.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2S6F0T8, UniProt: Q5ZRD1*PLUS
#2: タンパク質 Cystathionine beta-lyase


分子量: 35428.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: C3927_14920, DI056_06925, DI105_06930 / プラスミド: LepnA.01147.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2S6F0T8, UniProt: Q5ZRD1*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 617分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-HCS / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-Homocysteine / ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2S
#6: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.82 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: LepnA.01147.a.B1.PW38321 was crystallized at 19.49 mg/ml with 4 mM PLP, 4 mM serine, and 4 mM homocysteine and mixed 1:1 with 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris HCl pH 5.5, and 17% (w/v) ...詳細: LepnA.01147.a.B1.PW38321 was crystallized at 19.49 mg/ml with 4 mM PLP, 4 mM serine, and 4 mM homocysteine and mixed 1:1 with 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris HCl pH 5.5, and 17% (w/v) PEG 10000. Cryo: 25% EG with 4 mM each ligand. Tray 3295506c1: puck mhb1-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月25日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→41.22 Å / Num. obs: 138423 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.269 % / Biso Wilson estimate: 20.203 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 15.68 / Num. measured all: 729374 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.334.9990.5352.565091910194101860.8930.59999.9
1.33-1.375.2670.4862.9952188991399090.8970.54100
1.37-1.415.2880.4053.5951058966196560.9240.4599.9
1.41-1.455.3040.324.5149490933493300.9520.355100
1.45-1.55.2970.2475.7848132908990860.9720.274100
1.5-1.555.3120.1997.2746687879587890.9780.22199.9
1.55-1.615.3130.168.9645244851885150.9860.177100
1.61-1.685.3230.12711.1643567819181840.9910.14199.9
1.68-1.755.3280.10413.5341710783578280.9930.11599.9
1.75-1.845.3230.08616.440242756675600.9950.09699.9
1.84-1.945.3230.06720.8437924713971250.9960.07499.8
1.94-2.065.2990.05824.5635859677867670.9970.06499.8
2.06-2.25.2670.0527.8433681640263950.9970.05699.9
2.2-2.375.2810.04530.7331465597459580.9980.0599.7
2.37-2.65.2750.04132.9728941550754860.9980.04599.6
2.6-2.915.2830.03835.2126197499849590.9980.04299.2
2.91-3.365.2570.03437.323178445144090.9990.03899.1
3.36-4.115.2470.03239.5119549378537260.9990.03598.4
4.11-5.815.2460.0340.1815219296929010.9990.03397.7
5.81-41.224.9120.02938.618124173616540.9980.03295.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1-3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4coo

4coo


解像度: 1.3→41.22 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1799 1955 1.41 %
Rwork0.1484 136388 -
obs0.1489 138343 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.22 Å2 / Biso mean: 20.8074 Å2 / Biso min: 10.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→41.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4810 0 111 598 5519
Biso mean--42.4 32.52 -
残基数----634
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2748X-RAY DIFFRACTION5.1TORSIONAL
12B2748X-RAY DIFFRACTION5.1TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.330.24711460.225496549800100
1.33-1.370.24761330.211996449777100
1.37-1.410.25721470.196296619808100
1.41-1.450.26451520.177796689820100
1.45-1.510.17191250.158996969821100
1.51-1.570.16231380.147596739811100
1.57-1.640.19741320.139697549886100
1.64-1.720.17971250.137397179842100
1.72-1.830.19571640.145797039867100
1.83-1.970.16851250.138797679892100
1.97-2.170.1991480.142697779925100
2.17-2.490.17141420.146598259967100
2.49-3.130.16951230.15189860998399
3.13-41.220.15981550.137699891014498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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