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万見
- PDB-6vj4: 1.70 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidylprolyl Isom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vj4
タイトル1.70 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase (PrsA) from Bacillus anthracis
要素Peptidylprolyl isomerase PrsA
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / PrsA / foldase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Foldase protein PrsA / : / Trigger factor/SurA domain superfamily / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type, conserved site / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Foldase protein PrsA 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.70 Angstrom Resolution Crystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase (PrsA) from Bacillus anthracis
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Endres, M. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidylprolyl isomerase PrsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3171
ポリマ－30,3171
非ポリマー00
水3,279182
1
A: Peptidylprolyl isomerase PrsA

A: Peptidylprolyl isomerase PrsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6352
ポリマ－60,6352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.679, 39.086, 32.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Peptidylprolyl isomerase PrsA / Foldase protein PrsA 2


分子量: 30317.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: prsA2, prsA-2, BA_1169, GBAA_1169, BAS1084 / プラスミド: pMCSG92 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE3)magic / 参照: UniProt: Q81TU1, peptidylprolyl isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / Density meas: 45.2 Mg/m3 / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 11.9 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Reservoir (Classics II screen, D7): 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月18日 / 詳細: C(111)
放射モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 29240 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.067 / Rsym value: 0.059 / Χ2: 1.165 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1408 / CC1/2: 0.815 / CC star: 0.948 / Rpim(I) all: 0.388 / Rrim(I) all: 0.87 / Rsym value: 0.777 / Χ2: 1.001 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→26.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.019 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 1446 5 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
obs0.187 27652 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.1 Å2 / Biso mean: 48.152 Å2 / Biso min: 18.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20.4 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→26.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1737 0 0 193 1930
Biso mean---42.94 -
残基数----217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131821
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2451.6522442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3081.6034113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3685228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.12926.78287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.83315377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.318152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0550.022010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0560.02308
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 102 -
Rwork0.278 2000 -
all-2102 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.9163-5.72256.94853.3231-4.349612.6392-0.2266-0.26120.3240.12950.0919-0.203-0.37470.49060.13460.0525-0.09290.03550.427-0.0070.0917100.191134.0772-0.1663
20.03250.38070.47847.12032.901810.69980.0223-0.0106-0.00680.42440.1269-0.0898-0.06850.0383-0.14910.115-0.0733-0.04310.2577-0.04450.060992.260749.38048.5633
35.37155.17136.25746.03785.87577.4062-0.07260.03390.1467-0.0006-0.15660.1243-0.0470.18250.22920.1221-0.07450.03710.357-0.00830.151588.472736.2105-4.6221
41.30350.5001-0.95750.74390.36961.90980.007-0.0081-0.10770.1134-0.0444-0.096-0.0328-0.03620.03740.1587-0.0034-0.02950.07070.02140.041263.829913.86815.4943
51.04050.3912-0.73483.4559-2.16512.8807-0.0593-0.01620.0398-0.12510.0427-0.1284-0.0029-0.00910.01660.0586-0.00920.00140.02040.00250.010466.105516.5398-3.755
610.47770.32046.56171.9043-0.29944.68850.325-0.90940.32130.0018-0.3089-0.06380.037-0.2825-0.01620.1263-0.14580.06940.2487-0.10680.152981.119129.9265-4.1805
70.4841-0.9198-2.42033.2894.378712.6778-0.0191-0.0172-0.05950.165-0.0277-0.07170.1190.21910.04670.0561-0.0337-0.05040.068-0.03860.1758100.167723.4416-2.0989
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A54 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2A71 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3A108 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4A128 - 186
5X-RAY DIFFRACTION5A187 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6A234 - 259
7X-RAY DIFFRACTION7A260 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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