PDB-6vj0: Crystal structure of a chitin-binding protein from Moringa oleife...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vj0

タイトル

Crystal structure of a chitin-binding protein from Moringa oleifera seeds (Mo-CBP4)

要素

Chitin-binding protein Mo-CBP4

キーワード

PLANT PROTEIN / Chitin-binding / Moringa oleifera / lectin

機能・相同性

Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / nutrient reservoir activity / ACETATE ION / 2S albumin

機能・相同性情報

生物種

Moringa oleifera (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bezerra, E.H.S. / Lopes, T.D.P. / da Silva, F.M.S. / Costa, H.P.S. / Freire, V.N. / Rocha, B.A.M. / Sousa, D.O.B.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of a lectin from Moringa oleifera seeds with imflammatory activities
著者: Lopes, T.D.P. / Costa, H.P.S. / Pereira, M.L. / Neto, J.X.S. / de Alencar, N.M.N. / Vasconcelos, I.M. / Oliveira, J.T.A. / da Silva, F.M.S. / Freire, V.N. / Bezerra, E.H.S. / Rocha, B.A.M. / Sousa, D.O.B.

履歴

登録	2020年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vj0.cif.gz	52.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vj0.ent.gz	36.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vj0_validation.pdf.gz	262.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vj0_full_validation.pdf.gz	262.3 KB	表示
XML形式データ	6vj0_validation.xml.gz	1.2 KB	表示
CIF形式データ	6vj0_validation.cif.gz	2.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/6vj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/6vj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5domS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dom-d 4pyu-3 6s3f-d 4qcj-d 4hbm-4 4nmo-1 3i4w-2 3nfk-2 5ts4-3 3cnr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Chitin-binding protein Mo-CBP4

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.052, 107.052, 42.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-313- HOH
2	1	A-316- HOH
3	1	A-326- HOH
4	1	A-335- HOH
5	1	A-337- HOH
6	1	A-349- HOH
7	1	A-355- HOH

#1: タンパク質	Chitin-binding protein Mo-CBP4 分子量: 14347.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moringa oleifera (植物) / 参照: UniProt: W5S2D2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.65 % / 解説: rectangular-shaped crystals
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→39.87 Å / Num. obs: 10152 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.6 % / B_iso Wilson estimate: 33.9 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 32
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.688 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 641 / CC_1/2: 0.86 / R_pim(I) all: 0.485 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX	1.13	精密化
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DOM

5dom

解像度: 1.9→39.87 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	-	-
R_work	0.198	-	-
obs	-	10152	100 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.31 Å² / B_iso mean: 41.6543 Å² / B_iso min: 13.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	728	0	6	55	789

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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