PDB-6vim: P. putida mandelate racemase co-crystallized with phenylboronic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vim

タイトル

P. putida mandelate racemase co-crystallized with phenylboronic acid

要素

Mandelate racemase

キーワード

ISOMERASE/INHIBITOR / Inhibitor / Boronate / ISOMERASE / ISOMERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mandelate racemase / mandelate racemase activity / mandelate catabolic process / amino acid catabolic process / hydro-lyase activity / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Grandinetti, L. / Sharma, A.N. / Bearne, S.L. / St Maurice, M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Potent Inhibition of Mandelate Racemase by Boronic Acids: Boron as a Mimic of a Carbon Acid Center.
著者: Sharma, A.N. / Grandinetti, L. / Johnson, E.R. / St Maurice, M. / Bearne, S.L.

履歴

登録	2020年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vim.cif.gz	765.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vim.ent.gz	501.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/6vim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/6vim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uxkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fp1-1 2mnr-1 1mdr-1 3uxk-1 1dtn-1 3uxk-2 4m6u-1 1mdl-1 3uxl-2 1mra-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mandelate racemase

B: Mandelate racemase

C: Mandelate racemase

D: Mandelate racemase

E: Mandelate racemase

F: Mandelate racemase

G: Mandelate racemase

H: Mandelate racemase

ヘテロ分子

333 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	228.988, 150.356, 150.275
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 129.252, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Mandelate racemase / MR 分子量: 41304.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: mdlA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11444, mandelate racemase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PBC / PHENYL BORONIC ACID / フェニルボロン酸分子量: 121.930 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₇BO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.42 % / 解説: cube-like crystals (~50 um x 40 um x 40 um)
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: The reservoir solution consisted of PEG 4000 (10% w/v) and Bis-Tris Propane (BTP; 50 mM, pH 7.0). The protein solution consisted of 6 mg/mL P. putida MR, 1.0 mM phenylboronic acid, 3.3 mM ...詳細: The reservoir solution consisted of PEG 4000 (10% w/v) and Bis-Tris Propane (BTP; 50 mM, pH 7.0). The protein solution consisted of 6 mg/mL P. putida MR, 1.0 mM phenylboronic acid, 3.3 mM MgCl2, and 50 mM HEPES buffer (pH 7.5). The protein solution and reservoir solution were mixed in a 1:1 ratio to a final volume of 10 uL PH範囲: 7.0 - 7.5

結晶

マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.42 % / 解説: cube-like crystals (~50 um x 40 um x 40 um)

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The reservoir solution consisted of PEG 4000 (10% w/v) and Bis-Tris Propane (BTP; 50 mM, pH 7.0). The protein solution consisted of 6 mg/mL P. putida MR, 1.0 mM phenylboronic acid, 3.3 mM ...
PH範囲: 7.0 - 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→116.57 Å / Num. obs: 262707 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.69 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 26100 / CC_1/2: 0.782 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UXK

3uxk

解像度: 2→116.37 Å / SU ML: 0.204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6143 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1983	13014	4.96 %
R_work	0.1581	249577	-
obs	0.1602	262591	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→116.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21539	0	140	3348	25027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	22310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7574	30407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0473	3556
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	3898
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.7933	18183

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.3192	434	0.2389	8249	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.03-2.05	0.2795	435	0.2237	8266	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.05-2.07	0.2447	418	0.2046	8295	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.07-2.1	0.2542	455	0.2012	8239	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.1-2.13	0.2392	467	0.1974	8252	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.13-2.16	0.2514	417	0.1945	8336	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.16-2.19	0.2458	410	0.1899	8299	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.19-2.22	0.2509	393	0.1849	8382	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.22-2.26	0.2593	374	0.1884	8329	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.26-2.29	0.2337	436	0.1847	8287	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.29-2.33	0.2551	386	0.1733	8372	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.33-2.38	0.2268	412	0.1652	8303	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.38-2.42	0.2311	461	0.1744	8256	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.42-2.47	0.2221	439	0.1662	8334	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.47-2.52	0.2244	398	0.1667	8297	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.52-2.58	0.2318	472	0.1665	8332	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.58-2.65	0.215	449	0.163	8289	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.65-2.72	0.2101	442	0.16	8279	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.72-2.8	0.203	417	0.1548	8421	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.8-2.89	0.1988	458	0.1464	8255	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.89-2.99	0.1893	409	0.1425	8369	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.99-3.11	0.187	452	0.1534	8331	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.11-3.25	0.194	446	0.1562	8298	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.25-3.43	0.1944	484	0.1599	8312	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.43-3.64	0.206	483	0.1592	8247	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.64-3.92	0.1609	442	0.143	8372	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.92-4.32	0.1473	393	0.122	8431	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.32-4.94	0.1323	465	0.1144	8348	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.94-6.22	0.1646	413	0.1408	8445	X-RAY DIFFRACTION	99.91
6.22-116.37	0.1468	454	0.1415	8352	X-RAY DIFFRACTION	98.19

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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