PDB-6vii: Crystal structure of mouse RABL3 in complex with GTPgammaS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vii

タイトル

Crystal structure of mouse RABL3 in complex with GTPgammaS

要素

Rab-like protein 3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / small GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein lipidation / regulation of Ras protein signal transduction / natural killer cell differentiation / B cell differentiation / T cell differentiation in thymus / protein stabilization / GTP binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Su, L. / Tomchick, D.R. / Beutler, B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Genetic and structural studies of RABL3 reveal an essential role in lymphoid development and function.
著者: Zhong, X. / Su, L. / Yang, Y. / Nair-Gill, E. / Tang, M. / Anderton, P. / Li, X. / Wang, J. / Zhan, X. / Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Moresco, E.M.Y. / Choi, J.H. / Beutler, B.

履歴

登録	2020年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vii.cif.gz	174.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vii.ent.gz	135.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vii.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6vii_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vii_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6vii_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	6vii_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/6vii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/6vii	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6vihC 6vijC 6vikC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e2o-d 6vih-d 4yy8-1 3f5n-2 3mmx-3 1vhe-d 5cfp-d 6w15-1 1qdm-2 3lx6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Rab-like protein 3

A: Rab-like protein 3

ヘテロ分子

56.6 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

B: Rab-like protein 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Rab-like protein 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.506, 81.175, 109.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 4 through 71 or resid 78 through 302))
2	1	(chain B and (resid 4 through 116 or resid 137 or resid 139 through 208 or resid 301 through 302))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	VAL	VAL	(chain A and (resid 4 through 71 or resid 78 through 302))	A	B	4 - 71	33 - 100
1	2	LYS	LYS	GSP	GSP	(chain A and (resid 4 through 71 or resid 78 through 302))	A	B - F	78 - 302	107
2	1	LEU	LEU	ARG	ARG	(chain B and (resid 4 through 116 or resid 137 or resid 139 through 208 or resid 301 through 302))	B	A	4 - 116	33 - 145
2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain B and (resid 4 through 116 or resid 137 or resid 139 through 208 or resid 301 through 302))	B	A	137	166
2	3	GLN	GLN	TYR	TYR	(chain B and (resid 4 through 116 or resid 137 or resid 139 through 208 or resid 301 through 302))	B	A	139 - 208	168 - 237
2	4	MG	MG	GSP	GSP	(chain B and (resid 4 through 116 or resid 137 or resid 139 through 208 or resid 301 through 302))	B	C - D	301 - 302

#1: タンパク質	Rab-like protein 3 分子量: 27726.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rabl3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D4V7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S 分子量: 539.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.6 M Ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.992→50 Å / Num. obs: 36727 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.946 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	9	2.354	1778	0.437	0.767	2.483	0.947	98.1
2.03-2.07	9.4	2.433	1798	0.537	0.802	2.568	0.966	99.5
2.07-2.11	12.2	1.963	1800	0.751	0.571	2.046	0.958	99.8
2.11-2.15	13.3	1.378	1819	0.928	0.385	1.431	0.967	99.8
2.15-2.2	13.7	1.199	1814	0.905	0.332	1.245	0.966	100
2.2-2.25	13.8	0.889	1817	0.928	0.246	0.923	0.985	99.9
2.25-2.31	13.5	0.638	1797	0.968	0.178	0.662	0.995	99.7
2.31-2.37	13.4	0.509	1811	0.976	0.143	0.529	0.983	100
2.37-2.44	13.1	0.396	1833	0.981	0.112	0.412	1.01	99.9
2.44-2.52	11.9	0.307	1813	0.989	0.092	0.321	1.003	99.6
2.52-2.61	13.9	0.237	1833	0.992	0.065	0.246	0.997	99.8
2.61-2.71	13.8	0.167	1833	0.995	0.046	0.174	0.984	99.9
2.71-2.84	13.7	0.121	1830	0.997	0.034	0.126	0.985	100
2.84-2.99	13.6	0.084	1833	0.998	0.023	0.087	0.977	99.8
2.99-3.17	13.1	0.06	1835	0.998	0.017	0.062	0.916	99.9
3.17-3.42	12.8	0.048	1839	0.999	0.014	0.05	0.975	99.6
3.42-3.76	13.9	0.039	1870	0.999	0.011	0.04	0.905	100
3.76-4.31	13.4	0.035	1869	0.999	0.01	0.036	0.851	99.9
4.31-5.43	12.5	0.032	1898	0.999	0.009	0.033	0.771	99.7
5.43-50	12.4	0.035	2007	0.997	0.011	0.037	0.791	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→47.992 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.56

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	1999	6.32 %
R_work	0.1935	-	-
obs	0.1957	31639	85.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.18 Å² / B_iso mean: 39.9317 Å² / B_iso min: 10.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→47.992 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2963	0	66	151	3180
B_iso mean	-	-	30.55	41.23	-
残基数	-	-	-	-	373

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1670	X-RAY DIFFRACTION	11.14	TORSIONAL
1	2	B	1670	X-RAY DIFFRACTION	11.14	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0418	0.2957	38	0.2663	568	23
2.0418-2.097	0.3741	62	0.2467	922	38
2.097-2.1587	0.2933	103	0.2323	1527	63
2.1587-2.2284	0.2647	134	0.2208	1982	82
2.2284-2.308	0.2491	154	0.2143	2292	94
2.308-2.4004	0.2379	164	0.2101	2430	99
2.4004-2.5097	0.246	163	0.2005	2422	100
2.5097-2.642	0.2674	165	0.203	2450	100
2.642-2.8075	0.2432	167	0.2064	2467	100
2.8075-3.0242	0.2493	167	0.1983	2463	100
3.0242-3.3285	0.2318	166	0.1958	2464	100
3.3285-3.81	0.2087	168	0.186	2497	100
3.81-4.7995	0.1872	170	0.1601	2520	100
4.7995-47.992	0.2107	178	0.191	2636	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.324	-0.7011	0.2525	3.0299	-0.4314	5.2655	-0.1406	-0.7911	0.5401	0.1928	-0.0588	-0.1943	-0.7237	-0.1718	0.1075	0.2184	0.0336	-0.004	0.2359	0.0172	0.1754	-1.0283	5.752	-27.3296
2	2.8498	2.691	-2.2292	4.3429	-1.0117	2.5663	-0.1276	-0.2371	0.0153	0.0882	0.0944	0.1906	0.0979	-0.2122	0.0982	0.1068	-0.0171	0.0159	0.3913	0.1062	0.1615	-7.3815	-3.091	-20.0308
3	2.8655	-0.2116	-1.2253	1.9858	-1.0309	5.301	-0.051	0.0037	-0.0176	-0.4763	0.0581	-0.2152	0.2072	0.6428	0.1434	0.3063	-0.0041	0.0754	0.2154	0.03	0.1588	2.6029	-2.1685	-38.4861
4	3.6618	0.5848	-0.7121	5.68	-0.5651	4.3979	-0.1416	0.6739	-0.1146	-0.9356	-0.0133	0.1669	0.2255	-0.7451	0.1006	0.3739	-0.0409	-0.0219	0.3016	0.0272	0.2141	-9.7786	0.8811	-40.5223
5	5.9358	-1.7952	-0.211	7.6904	-1.2465	6.002	-0.0662	-0.185	-0.759	-0.3957	0.0236	0.7381	0.9294	-0.529	-0.1348	0.246	-0.1285	0.0006	0.2717	0.1147	0.2591	-12.4446	-7.7448	-26.3155
6	3.1033	1.8404	1.2752	5.2908	0.2084	3.8461	-0.1685	0.3973	0.0968	-0.0814	0.0549	0.1552	-0.1711	-0.0405	0.118	0.0927	-0.0466	-0.0046	0.2211	0.0109	0.1422	14.691	-1.1193	-18.3699
7	7.7151	0.3242	-1.5052	4.5489	-0.8216	3.5075	0.0212	0.7779	0.791	-0.5777	-0.1644	-0.0183	-0.9908	0.3504	-0.0267	0.4039	-0.1266	-0.0659	0.4756	0.1059	0.2335	16.9106	8.5561	-24.0313
8	3.0407	-0.6876	0.4091	8.278	0.2188	3.2849	0.0667	0.4591	-0.3433	-0.165	-0.0586	-0.5933	0.4139	0.1217	0.0668	0.1223	-0.0242	0.0041	0.1939	-0.0267	0.2506	15.915	-12.4104	-20.9541
9	4.1578	1.3246	3.202	1.8858	-0.1709	5.8821	-0.2397	-0.5649	0.8071	0.3914	-0.2342	0.3057	-0.9631	-1.1102	-0.0775	0.2915	-0.0279	0.0372	0.2974	-0.0845	0.271	9.4175	4.707	-9.7986
10	7.8493	0.7345	3.8605	3.1437	-0.7455	8.289	0.0434	-0.9995	0.6767	0.7341	-0.291	0.294	-0.8933	-1.0697	0.3794	0.4494	-0.0023	0.0443	0.3925	-0.1084	0.2561	13.4081	6.8064	-2.6777
11	2.5682	-0.6305	0.9136	2.0348	-0.72	3.1341	0.0969	-0.0848	0.5505	0.5373	-0.2743	0.1331	-0.4745	0.0607	-0.3791	0.2878	-0.368	0.0427	0.1956	0.1688	0.1069	19.8793	2.5578	-8.2766
12	7.4461	1.8877	-2.3546	3.055	-1.192	1.4608	-0.1317	0.2922	0.7091	0.0214	0.1112	-0.2716	-0.3806	0.7305	0.1882	0.4839	-0.2881	-0.1321	0.5872	0.0685	0.1932	30.0486	5.4056	-0.7973
13	2.5194	-0.4427	1.0599	3.7193	0.981	0.8494	0.0495	0.4329	-0.1614	-0.1077	-0.0866	-0.7049	0.0359	0.4477	0.0156	0.1971	-0.1261	-0.028	0.3612	0.041	0.2813	27.5528	-0.8353	-14.1073
14	8.9044	4.8059	-2.7056	2.7683	-0.9774	5.865	0.2663	-0.1717	-0.6609	0.4793	-0.1853	-0.285	0.5845	-0.0227	-0.0114	0.1946	-0.0489	-0.0556	0.1293	0.0079	0.2541	19.4941	-11.6932	-12.3304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 4 through 39 )	B	4 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 40 through 68 )	B	40 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 69 through 114 )	B	69 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 115 through 190 )	B	115 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 191 through 210 )	B	191 - 210
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 2 through 28 )	A	2 - 28
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 29 through 41 )	A	29 - 41
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 42 through 66 )	A	42 - 66
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 67 through 99 )	A	67 - 99
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 100 through 114 )	A	100 - 114
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 115 through 153 )	A	115 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 154 through 170 )	A	154 - 170
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 171 through 190 )	A	171 - 190
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 191 through 208 )	A	191 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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