[日本語] English
万見
- PDB-6vi2: Structure of the unaligned Fab4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vi2
タイトルStructure of the unaligned Fab4
要素
  • FAB4 heavy chain
  • FAB4 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Synthetic fab / large terminase / genome-packaging / crystallization chaperone
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Cingolani, G. / Lokareddy, R. / Ko, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100888 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD017987 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA56036 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Recognition of an alpha-helical hairpin in P22 large terminase by a synthetic antibody fragment.
著者: Lokareddy, R.K. / Ko, Y.H. / Hong, N. / Doll, S.G. / Paduch, M. / Niederweis, M. / Kossiakoff, A.A. / Cingolani, G.
履歴
登録2020年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FAB4 light chain
B: FAB4 heavy chain
C: FAB4 light chain
D: FAB4 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6244
ポリマ－98,6244
非ポリマー00
水21,4201189
1
A: FAB4 light chain
B: FAB4 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3122
ポリマ－49,3122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
2
C: FAB4 light chain
D: FAB4 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3122
ポリマ－49,3122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.765, 65.843, 107.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22(chain D and resid 221 through 451)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLYGLYchain AAA0 - 2141 - 215
21SERSERGLYGLYchain CCC0 - 2141 - 215
12VALVALSERSERchain BBB221 - 4517 - 237
22VALVALSERSER(chain D and resid 221 through 451)DD221 - 4517 - 237

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 FAB4 light chain


分子量: 23286.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 FAB4 heavy chain


分子量: 26025.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 292 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→15 Å / Num. obs: 293620 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rpim(I) all: 0.027 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 50.4
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 18649 / CC1/2: 0.511 / Rpim(I) all: 0.559 / Rsym value: 0.779 / % possible all: 59.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EU7

5eu7


解像度: 1.15→14.99 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1709 1996 0.68 %
Rwork0.1575 --
obs0.1576 293445 93.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.69 Å2 / Biso mean: 26.3855 Å2 / Biso min: 10.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6785 0 0 1189 7974
Biso mean---33.99 -
残基数----897
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1296X-RAY DIFFRACTION5.373TORSIONAL
12C1296X-RAY DIFFRACTION5.373TORSIONAL
21B1390X-RAY DIFFRACTION5.373TORSIONAL
22D1390X-RAY DIFFRACTION5.373TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.15-1.180.2774800.2838116781175852
1.18-1.210.30141170.2628172791739678
1.21-1.250.23581450.2277211722131795
1.25-1.290.22661480.2041216522180098
1.29-1.330.23791490.1949217652191498
1.33-1.390.19981490.1736218202196998
1.39-1.450.20151500.1605218612201198
1.45-1.530.18861500.1519218292197998
1.53-1.620.16591490.1428217852193498
1.62-1.750.18091510.1453218832203498
1.75-1.920.15751510.1431220522220399
1.92-2.20.14361510.1441220712222299
2.2-2.770.18911520.1614222482240099
2.77-14.990.15581540.1548223542250899

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る