[日本語] English
万見
- PDB-6vhq: Crystal structure of Bacillus subtilis levansucrase (D86A/E342A) ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vhq
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis levansucrase (D86A/E342A) in complex with oligosaccharides
要素Glycoside hydrolase family 68 protein
キーワードTRANSFERASE / Levansucrase / Glycoside hydrolase / Levan / Fructose polymers
機能・相同性
機能・相同性情報


levansucrase / levansucrase activity / carbohydrate utilization / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 68 / Levansucrase/Invertase / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
levanbiose / BROMIDE ION / Levansucrase / Levansucrase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.047 Å
データ登録者Diaz-Vilchis, A. / Raga-Carbajal, E. / Rojas-Trejo, S. / Olvera, C. / Rudino-Pinera, E.
資金援助 メキシコ, 3件
組織認可番号国
Other governmentConsejo Nacional de Ciencia y Tecnologia-CB-2013-219728 メキシコ
Other governmentConsejo Nacional de Ciencia y Tecnologia-BMBF-2015-267620 メキシコ
Other governmentUniversidad Nacional Autonoma de Mexico-PAPIIT IN213616 メキシコ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The molecular basis of the nonprocessive elongation mechanism in levansucrases.
著者: Raga-Carbajal, E. / Diaz-Vilchis, A. / Rojas-Trejo, S.P. / Rudino-Pinera, E. / Olvera, C.
履歴
登録2020年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 68 protein
B: Glycoside hydrolase family 68 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,83617
ポリマ－104,7222
非ポリマー4,11415
水9,728540
1
A: Glycoside hydrolase family 68 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,86210
ポリマ－52,3611
非ポリマー2,5019
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycoside hydrolase family 68 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9747
ポリマ－52,3611
非ポリマー1,6136
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.313, 78.665, 78.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 68 protein / Levansucrase


分子量: 52360.797 Da / 分子数: 2 / 変異: D86A, E342A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: sacB, B4417_3269, ETA10_18085, ETL41_09350, FVD40_16900
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0PFL2, UniProt: P05655*PLUS

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D- ...beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-6DFrufb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[ha122h-2b_2-5]/1-1-1-1-1-1/a6-b2_b6-c2_c6-d2_d6-e2_e6-f2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-Fruf]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose / levanbiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: levanbiose
記述子タイププログラム
DFrufb2-6DFrufb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[ha122h-2b_2-5]/1-1/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(6+2)][b-D-6-deoxy-Fruf]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 551分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
非ポリマーの詳細The entry contains the oligosaccharide levanhexaose, a 6 fructose units bound by beta2-6 glycosidic bonds

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 / 詳細: 30 % w/v PEG 2000 MME and 150 mM Potassium Bromide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.047→35.205 Å / Num. obs: 53175 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.047→2.09 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 5145 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OYG

1oyg


解像度: 2.047→35.205 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 2606 4.93 %
Rwork0.1672 --
obs0.1704 52881 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.72 Å2 / Biso mean: 28.2683 Å2 / Biso min: 7.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.047→35.205 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6968 0 234 540 7742
Biso mean--46.55 33.53 -
残基数----880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0167509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47610195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1064320
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0471-2.08430.29721380.2057247794
2.0843-2.12440.26071260.19982707100
2.1244-2.16770.28481290.18742635100
2.1677-2.21490.25991230.18192634100
2.2149-2.26640.2481300.18622676100
2.2664-2.3230.2841420.18552665100
2.323-2.38580.26061590.1772647100
2.3858-2.4560.31011520.18432620100
2.456-2.53530.2721280.18282683100
2.5353-2.62590.27181360.1622642100
2.6259-2.7310.24921570.16292624100
2.731-2.85520.2211410.1692661100
2.8552-3.00570.25841150.16842684100
3.0057-3.19390.22141370.17052657100
3.1939-3.44030.23021590.1779255597
3.4403-3.78610.22261540.1548261899
3.7861-4.33310.20231050.1452266998
4.3331-5.4560.17231370.13782676100
5.456-35.21050.23071380.1828274599

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る