ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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BUSTER | 2.10.3精密化 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | MrBUMP | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4OLE 解像度: 2.46→67.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / 交差検証法: FREE R-VALUE / SU R Blow DPI: 0.352 / SU Rfree Blow DPI: 0.223 / 詳細: used LSSR restraints generated from PDB entry 4OLE
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2217 | 233 | 4.88 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1919 | - | - | - |
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obs | 0.1935 | 4775 | 99.9 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 57.77 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -24.3081 Å2 | 0 Å2 | -11.9823 Å2 |
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2- | - | 15.6118 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 8.6964 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→67.94 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 834 | 0 | 0 | 6 | 840 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 | Restraint function | Weight |
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X-RAY DIFFRACTION | t_bond_d0.01 | 1657 | HARMONIC2 | X-RAY DIFFRACTION | t_angle_deg1.11 | 2988 | HARMONIC2 | X-RAY DIFFRACTION | t_dihedral_angle_d | 486 | SINUSOIDAL2 | X-RAY DIFFRACTION | t_gen_planes | 254 | HARMONIC5 | X-RAY DIFFRACTION | t_it | 854 | HARMONIC10 | X-RAY DIFFRACTION | t_chiral_improper_torsion | 109 | SEMIHARMONIC5 | X-RAY DIFFRACTION | t_ideal_dist_contact | 1174 | SEMIHARMONIC4 | X-RAY DIFFRACTION | t_omega_torsion3.47 | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_other_torsion16.32 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.46→2.54 Å
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.242 | 21 | - |
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Rwork | 0.2057 | - | - |
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obs | 0.2073 | 435 | 100 % |
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精密化 TLS | Origin x: 23.6769 Å / Origin y: 14.4436 Å / Origin z: 5.7397 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.2483 Å2 | 0.0086 Å2 | -0.0348 Å2 | - | -0.1838 Å2 | -0.0017 Å2 | - | - | -0.2501 Å2 |
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L | 4.3979 °2 | 0.9865 °2 | 0.5197 °2 | - | 2.1781 °2 | 0.1335 °2 | - | - | 3.8925 °2 |
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S | 0.0186 Å ° | -0.0675 Å ° | 0.0054 Å ° | -0.0675 Å ° | -0.043 Å ° | -0.3831 Å ° | 0.0054 Å ° | -0.3831 Å ° | 0.0244 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |
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