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Yorodumi- PDB-6vhe: FphF, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vhe | ||||||
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Title | FphF, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases F, KT130 bound | ||||||
Components | Esterase family protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / FphF / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / sodium bound / acyl / KT130 / intermediate | ||||||
Function / homology | Function and homology information S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / formaldehyde catabolic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.94 Å | ||||||
Authors | Fellner, M. / Mace, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Acs Infect Dis. / Year: 2020 Title: Structural Basis for the Inhibitor and Substrate Specificity of the Unique Fph Serine Hydrolases of Staphylococcus aureus . Authors: Fellner, M. / Lentz, C.S. / Jamieson, S.A. / Brewster, J.L. / Chen, L. / Bogyo, M. / Mace, P.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vhe.cif.gz | 436.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vhe.ent.gz | 361.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vhe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vhe_validation.pdf.gz | 511 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vhe_full_validation.pdf.gz | 513.9 KB | Display | |
Data in XML | 6vhe_validation.xml.gz | 2 KB | Display | |
Data in CIF | 6vhe_validation.cif.gz | 14.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/6vhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/6vhe | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vh9SC 6vhdC 6wcxC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29205.822 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) Gene: EP54_00010, EQ90_02595, HMPREF3211_01237, NCTC10654_02801, NCTC10702_04070, RK64_00235 Plasmid: M1366 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A0D6GS23, UniProt: Q2FUY3*PLUS, S-formylglutathione hydrolase #2: Chemical | ChemComp-6WG / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.34 % / Mosaicity: 0.09 ° |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.25 uL ~6.6 mg/ml FphF+KT130 (0.2 mM KT130, 20% DMSO, 8 mM HEPES pH 7.5, 40 mM NaCl) were mixed with 0.2 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 50 uL of 0.8 M sodium ...Details: 0.25 uL ~6.6 mg/ml FphF+KT130 (0.2 mM KT130, 20% DMSO, 8 mM HEPES pH 7.5, 40 mM NaCl) were mixed with 0.2 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 50 uL of 0.8 M sodium formate, 10% w/v PEG 8000, 10% w/v PEG 1000 and 0.1 M HEPES pH 7.0. Crystals were soaked for ~20 seconds in 75% reservoir solution and 25% glycerol prior to freezing in liquid nitrogen |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.954 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Sep 21, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.94→49.24 Å / Num. obs: 77616 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 39.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 23.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6VH9 Resolution: 1.94→49.24 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / Phase error: 21.19
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 99.45 Å2 / Biso mean: 37.8561 Å2 / Biso min: 15.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.94→49.24 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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