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- PDB-6vgh: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Y537S Mutant In Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vgh
タイトルEstrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Y537S Mutant In Complex with Lasofoxifene
要素Estrogen receptorエストロゲン受容体
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Breast Cancer / Steroid Receptor / Activating Mutant / Selective Estrogen Receptor Modulator (選択的エストロゲン受容体修飾薬) / Antiestrogen / Lasofoxifene
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone mediated signaling pathway / mammary gland alveolus development / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / TBP-class protein binding / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / nitric-oxide synthase regulator activity / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / 細胞分化 / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / SUMOylation of intracellular receptors / ユークロマチン / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / male gonad development / positive regulation of fibroblast proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチンリモデリング / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C3D / エストロゲン受容体
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Fanning, S.W. / Greene, G.L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ligand Binding Domain
著者: Fanning, S.W.
履歴
登録2020年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8954
ポリマ－60,0682
非ポリマー8272
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.692, 58.692, 276.475
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / エストロゲン受容体 / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 30034.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物 ChemComp-C3D / (5R,6S)-6-PHENYL-5-[4-(2-PYRROLIDIN-1-YLETHOXY)PHENYL]-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-OL / Lasofoxifene / ラソホキシフェン / Lasofoxifene


分子量: 413.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3,350, Tris pH 7.5, MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 28416 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 24.1370617079 Å2 / CC1/2: 0.925 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 837
反射 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 3720 / CC1/2: 0.749

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V8T

6v8t


解像度: 2.1→28.71 Å / SU ML: 0.2856 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 26.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 1389 4.9 %
Rwork0.2158 --
obs0.2185 28411 90.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3570 0 62 256 3888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001979693034593740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6811264471525059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0246954865463604
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00203635024741622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.82859410171368
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1740.29431070.24952571X-RAY DIFFRACTION86.1647361647
2.174-2.2610.3442785875921480.2821436972762612X-RAY DIFFRACTION88.1507505589
2.261-2.36380.2927256207171540.2403516348182676X-RAY DIFFRACTION90.9383033419
2.3638-2.48840.3089336987541200.2218676141162791X-RAY DIFFRACTION93.8426821406
2.4884-2.64420.2576156027721530.2289558938332785X-RAY DIFFRACTION94.1364947132
2.6442-2.84820.2945535091761490.2306401432962737X-RAY DIFFRACTION92.4703620634
2.8482-3.13450.3157973183351490.2198830569562798X-RAY DIFFRACTION94.0631982126
3.1345-3.58730.2700800602341400.2069436035792717X-RAY DIFFRACTION91.0162472125
3.5873-4.51680.2327973489761340.1797459606772640X-RAY DIFFRACTION88.1194409149
4.5168-28.70.2489050484141350.2074765359482695X-RAY DIFFRACTION90.2423469388
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.90639966709-1.02196760289-0.1441993514772.38850604470.3432161124081.7606637866-0.03718235838870.06008481928390.636707686214-0.110294440015-0.034823646507-0.268786354322-0.859824572693-0.2350304588730.05965586109130.6491390043440.106976336453-0.130014301820.2616874606060.06627554977260.408400228861-36.706391273538.8381304283-19.1570097094
22.46034949751-0.8519978177-0.1009232100561.54647781499-0.05275021656121.81007292932-0.2015733067350.3462888686690.3012556411060.2546451911860.1452055337050.0882523715698-0.653073514457-0.230642656360.0421413848880.4046669053060.302599562102-0.00141130399370.1050489149160.004712420226410.236848512966-40.359044395130.1286921161-20.0911420118
32.70653416653-2.806742864540.223102669827.28452444171.297448251163.22602388972-0.416579058966-0.210572498402-0.734332795951.044687586180.2789927644940.7633250167030.473602674099-0.3530674683670.1075931026870.6763523430140.1957017569380.1617258650440.4627480542830.03606365562840.452992895892-47.064989725322.9242359068-2.80411929583
44.729135990741.59374982534-1.596491477126.069252518-1.255185811671.959498076090.028828348787-0.527685219551-0.1234103604530.410040255488-0.1722350727090.0870502172173-0.1751775069860.2068317434520.1599751329390.5854218417590.156319669932-0.02649136235390.2873594662120.01130861875310.197979754729-34.137484511323.6252305879-5.72019451541
53.400890656860.4464217131161.603187443822.796745553421.399457075856.1505237377-0.1194720021190.3511728156320.363405760881-0.179414755296-0.106446854242-0.316991480724-0.6356814730340.3504708896860.2226206231780.30827556240.0355970186595-0.002569420112690.1824576453290.130152736940.330079335776-24.427947541728.5774615154-25.0977194983
69.341843481933.254062183970.6485759253923.93203946013-0.4060167784452.03165741565-0.0947744274125-0.300297946529-0.6749425502510.183418662735-0.0554211031348-0.3673083479740.02175844406450.1904595117560.1511185219450.3491949274690.10266998107-0.007142087121370.1371520694050.03491716755990.20433451311-28.51197704821.139236017-15.0179328192
70.765290437206-1.68472444091.279157092162.01939062029-2.842490207162.213833388110.2552036761460.4315799055150.07600237947820.272417145538-0.1169026370851.36795873338-0.194886917342-0.541954573195-0.1650553942370.4784159146450.2796227867580.04986618376820.872344943881-0.03490218176810.438176788283-47.493524639529.6530587659-33.8815393683
83.897834363511.171073531020.001663348125494.100061257670.02225222052761.38064450441-0.3176119801780.295867933677-0.13563578889-0.1031884666070.140771953576-0.2984376126890.4945521390780.570523611120.1347078615830.5060405663510.2146458302120.02989664545210.2910951317130.04655422388940.216949372204-19.5070579358-3.16741707156-18.1758708636
91.2133656279-0.252909828306-0.1262981332073.71070186576-0.1201145503122.371575943080.1179894267140.222532070579-0.0731325646816-0.298735421517-0.2271228065930.07625196353180.2392919014140.08424414596360.1163124498480.358122740170.176017524165-0.006592462620430.1768488725850.01092558114980.240158686505-25.55382026212.49861711647-21.1077273761
102.033847614210.5135409934810.7211899285083.698094392870.3852136003782.473199070780.02843369493170.1161547174290.1029836411670.0839154394417-0.194602811791-0.1967687059090.1067412185330.266564377840.156879855340.2297579489140.127814023329-0.009390836917650.2038289769040.04360724690360.221044427338-21.920528048412.5604433282-16.7366270676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 307 through 341 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 342 through 407 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 408 through 422 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 423 through 437 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 438 through 496 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 497 through 525 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 526 through 550 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 307 through 363 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 364 through 421 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 422 through 545 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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