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- PDB-6vfx: ClpXP from Neisseria meningitidis - Conformation B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vfx
タイトルClpXP from Neisseria meningitidis - Conformation B
要素
  • (ATP-dependent Clp protease ...) x 2
  • Unidentified peptide substrate
キーワードHYDROLASE / Complex / AAA+ / protease / ClpP / ClpX
機能・相同性
機能・相同性情報


HslUV protease complex / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteolysis involved in protein catabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / peptidase activity / ATPase binding ...HslUV protease complex / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteolysis involved in protein catabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / peptidase activity / ATPase binding / protein dimerization activity / cell division / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, ClpX C4-type superfamily / ClpX C4-type zinc finger / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX / Zinc finger, ClpX C4-type / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX, bacteria / ClpX zinc binding (ZB) domain profile. / ClpX C4-type zinc finger / : / ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. ...Zinc finger, ClpX C4-type superfamily / ClpX C4-type zinc finger / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX / Zinc finger, ClpX C4-type / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX, bacteria / ClpX zinc binding (ZB) domain profile. / ClpX C4-type zinc finger / : / ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ripstein, Z.A. / Vahidi, S. / Houry, W.A. / Rubinstein, J.L. / Kay, L.E.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-503573 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-162186 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-148564 カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: A processive rotary mechanism couples substrate unfolding and proteolysis in the ClpXP degradation machinery.
著者: Zev A Ripstein / Siavash Vahidi / Walid A Houry / John L Rubinstein / Lewis E Kay /
要旨: The ClpXP degradation machine consists of a hexameric AAA+ unfoldase (ClpX) and a pair of heptameric serine protease rings (ClpP) that unfold, translocate, and subsequently degrade client proteins. ...The ClpXP degradation machine consists of a hexameric AAA+ unfoldase (ClpX) and a pair of heptameric serine protease rings (ClpP) that unfold, translocate, and subsequently degrade client proteins. ClpXP is an important target for drug development against infectious diseases. Although structures are available for isolated ClpX and ClpP rings, it remains unknown how symmetry mismatched ClpX and ClpP work in tandem for processive substrate translocation into the ClpP proteolytic chamber. Here, we present cryo-EM structures of the substrate-bound ClpXP complex from at 2.3 to 3.3 Å resolution. The structures allow development of a model in which the sequential hydrolysis of ATP is coupled to motions of ClpX loops that lead to directional substrate translocation and ClpX rotation relative to ClpP. Our data add to the growing body of evidence that AAA+ molecular machines generate translocating forces by a common mechanism.
履歴
登録2020年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21194
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
E: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
F: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
D: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
G: Unidentified peptide substrate
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
O: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
P: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
Q: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
R: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
S: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
T: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
U: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)592,75532
ポリマ－589,67021
非ポリマー3,08511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area94430 Å2
ΔGint-465 kcal/mol
Surface area168230 Å2

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要素

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ATP-dependent Clp protease ... , 2種, 20分子 CBEFDALOPQRSTUHIJKMN

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX


分子量: 45139.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: clpX, COH52_00090, COI09_01415, ERS514410_00003, NCTC8554_00172
プラスミド: pet28a / 詳細 (発現宿主): 6 His with TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0Y4ZJG4, UniProt: Q9JYY3*PLUS
#3: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 22729.967 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: clpP, COI09_01760, ERS514410_00057 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0Y5K536, UniProt: Q9JZ38*PLUS, endopeptidase Clp

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 G

#2: タンパク質・ペプチド Unidentified peptide substrate


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 11分子

#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1ClpXP complexCOMPLEXComplex formed between ClpX hexmers and a ClpP tetradecamer#1-#30RECOMBINANT
2ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX, ATP-dependent Clp protease proteolytic subunitCOMPLEX#1, #31RECOMBINANT
3Unidentified peptide substrateCOMPLEX#21NATURAL
分子量値: 0.86 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)487
23Escherichia coli (大腸菌)469008Bl21(DE3)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Bl21(DE3) / プラスミド: pet28a
緩衝液pH: 8.5
詳細: Buffer pH was measured as 8.2 at room temperature corresponding to a pH of 8.5 at 4 degrees, the temperature at which the complex was held before vitrification
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMBicine1
2100 mMPotassium Chloride1
32 mMATP1
42 mMMagnesium Chloride1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Mono-disperse complexes
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotted for 15 seconds at an offset of -5 mm

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2680
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC2.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RosettaEMモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC2.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC2.1分類
14cryoSPARC2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 466549
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178448 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3HWS

3hws


Accession code: 3HWS / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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