[日本語] English
万見
- PDB-6vft: Crystal structure of human delta protocadherin 17 EC1-EC4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vft
タイトルCrystal structure of human delta protocadherin 17 EC1-EC4
要素Protocadherin-17
キーワードCELL ADHESION / cadherin extracellular region / non-clustered delta2 family / protocadherin homophilic adhesion/recognition calcium-dependent / adhesion molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of synaptic vesicle clustering / presynaptic active zone assembly / : / : / synaptic membrane adhesion / negative regulation of synaptic transmission / adult behavior / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / plasma membrane => GO:0005886 / GABA-ergic synapse ...regulation of synaptic vesicle clustering / presynaptic active zone assembly / : / : / synaptic membrane adhesion / negative regulation of synaptic transmission / adult behavior / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / plasma membrane => GO:0005886 / GABA-ergic synapse / cell adhesion / glutamatergic synapse / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Protocadherin-17 / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like ...Protocadherin-17 / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Protocadherin-17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Harrison, O.J. / Brasch, J. / Shapiro, L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01MH114817 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM118584 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1412472 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Family-wide Structural and Biophysical Analysis of Binding Interactions among Non-clustered δ-Protocadherins.
著者: Oliver J Harrison / Julia Brasch / Phinikoula S Katsamba / Goran Ahlsen / Alex J Noble / Hanbin Dan / Rosemary V Sampogna / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Barry Honig / Lawrence Shapiro /
要旨: Non-clustered δ1- and δ2-protocadherins, close relatives of clustered protocadherins, function in cell adhesion and motility and play essential roles in neural patterning. To understand the ...Non-clustered δ1- and δ2-protocadherins, close relatives of clustered protocadherins, function in cell adhesion and motility and play essential roles in neural patterning. To understand the molecular interactions underlying these functions, we used solution biophysics to characterize binding of δ1- and δ2-protocadherins, determined crystal structures of ectodomain complexes from each family, and assessed ectodomain assembly in reconstituted intermembrane junctions by cryoelectron tomography (cryo-ET). Homophilic trans (cell-cell) interactions were preferred for all δ-protocadherins, with additional weaker heterophilic interactions observed exclusively within each subfamily. As expected, δ1- and δ2-protocadherin trans dimers formed through antiparallel EC1-EC4 interfaces, like clustered protocadherins. However, no ectodomain-mediated cis (same-cell) interactions were detectable in solution; consistent with this, cryo-ET of reconstituted junctions revealed dense assemblies lacking the characteristic order observed for clustered protocadherins. Our results define non-clustered protocadherin binding properties and their structural basis, providing a foundation for interpreting their functional roles in neural patterning.
履歴
登録2020年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protocadherin-17
B: Protocadherin-17
C: Protocadherin-17
D: Protocadherin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,43763
ポリマ－195,7934
非ポリマー8,64559
水1086
1
A: Protocadherin-17
C: Protocadherin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,32132
ポリマ－97,8962
非ポリマー4,42530
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protocadherin-17
D: Protocadherin-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,11631
ポリマ－97,8962
非ポリマー4,22029
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)214.550, 105.838, 101.403
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.038, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
43
14
24
34
44

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSPROPRO(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA2 - 292 - 29
121TYRTYRASPASP(chain A and ((resid 2 and (name N or name...AA47 - 10747 - 107
211LYSLYSPROPRO(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB2 - 292 - 29
221TYRTYRASPASP(chain B and ((resid 2 and (name N or name...BB47 - 10747 - 107
311LYSLYSPROPRO(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC2 - 292 - 29
321TYRTYRASPASP(chain C and ((resid 2 and (name N or name...CC47 - 10747 - 107
411LYSLYSPROPRO(chain D and ((resid 2 and (name N or name...DD2 - 292 - 29
421TYRTYRASPASP(chain D and ((resid 2 and (name N or name...DD47 - 10747 - 107
132ASPASPGLYGLY(chain A and (resseq 326:338 or (resid 339 and (name...AA326 - 376326 - 376
142PROPROLEULEU(chain A and (resseq 326:338 or (resid 339 and (name...AA394 - 446394 - 446
232ASPASPGLYGLY(chain B and (resseq 326:339 or (resid 340 and (name...BB326 - 376326 - 376
242PROPROLEULEU(chain B and (resseq 326:339 or (resid 340 and (name...BB394 - 446394 - 446
332ASPASPGLYGLY(chain C and (resseq 326:338 or (resid 339 and (name...CC326 - 376326 - 376
342PROPROLEULEU(chain C and (resseq 326:338 or (resid 339 and (name...CC394 - 446394 - 446
432ASPASPGLYGLY(chain D and (resseq 326:338 or (resid 339 and (name...DD326 - 376326 - 376
442PROPROLEULEU(chain D and (resseq 326:338 or (resid 339 and (name...DD394 - 446394 - 446
113SERSERILEILE(chain A and (resseq 219:245 or (resid 246 and (name...AA219 - 325219 - 325
213SERSERILEILE(chain B and (resseq 219:245 or (resid 246 and (name...BB219 - 325219 - 325
313SERSERILEILE(chain C and (resseq 219:245 or (resid 246 and (name...CC219 - 325219 - 325
413SERSERILEILE(chain D and (resseq 219:245 or (resid 246 and (name...DD219 - 325219 - 325
114ILEILEASPASP(chain A and (resseq 108:148 or (resid 149 and (name...AA108 - 218108 - 218
214ILEILEASPASP(chain B and (resseq 108:148 or (resid 149 and (name...BB108 - 218108 - 218
314ILEILEASPASP(chain C and (resseq 108:148 or (resid 149 and (name...CC108 - 218108 - 218
414ILEILEASPASP(chain D and (resseq 108:148 or (resid 149 and (name...DD108 - 218108 - 218

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Protocadherin-17 / Protocadherin-68


分子量: 48948.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH17, PCDH68, PCH68 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14917

-
糖 , 7種, 19分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 46分子

#7: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.25 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 13%(w/v) PEG 4000 0.3M NaCl 0.1M MES pH 6.5 30% PEG 400 (v/v) added as cryoprotectant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→40 Å / Num. obs: 22957 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 92.4422118318 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.128 / Rrim(I) all: 0.248 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.7→4 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.735 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4468 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.451 / Rrim(I) all: 0.866 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VFQ

6vfq


解像度: 3.71→19.94 Å / SU ML: 0.5312 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.69
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3002 1133 4.97 %Random selection
Rwork0.2528 ---
obs0.2552 22795 96.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 128.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.71→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12825 0 499 6 13330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079195968665713778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82110823641718462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05201801827262193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004799187646352434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.00090987168315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.71-3.87560.36881310.33552441X-RAY DIFFRACTION87.512759442
3.8756-4.07830.32071440.31432753X-RAY DIFFRACTION98.4035326087
4.0783-4.33140.30831470.28092747X-RAY DIFFRACTION98.33503228
4.3314-4.66190.298259078981360.2589752296022719X-RAY DIFFRACTION97.7739726027
4.6619-5.12380.2902125078061480.2390396411212757X-RAY DIFFRACTION98.0425244684
5.1238-5.84880.3437864585411450.240784155532748X-RAY DIFFRACTION97.7034785545
5.8488-7.30810.3045375783081390.2687139378312742X-RAY DIFFRACTION97.2325345933
7.3081-19.94294766370.2506936101491430.1979445067992755X-RAY DIFFRACTION95.6435643564
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39716615633-1.84632162257-0.6837841858573.28740341861-0.363199959561.47440256183-0.1843069738730.451009569920.597391401803-1.629529621480.819646742745-1.52898024578-1.409284497170.4998493196680.1788697975931.6517013215-0.3814604376910.4813617806780.903350641057-0.2849391391311.6872742705113.6702829197101.37286943144.3792637037
23.20346393077-0.679678401372-3.156483726931.292916225031.120374849083.24564811489-0.7221752984780.252936249693-0.483142226027-1.569686755840.6360494535460.545436030610.89017263689-0.4610963094350.005435510808931.56996311778-0.253934294755-0.2643250517090.8879872820760.2092821900511.20695878975-30.436361104-20.164792202333.6915998007
33.02813410207-1.78929918644-2.65069693182.59628143170.1606035114644.258624923880.0501411443551-0.2732440299250.6551798696070.285324517393-0.03235412538120.454079175854-0.329983514379-0.269958784670.005533503901610.89614345741-0.197234490351-0.05335944669891.09194829039-0.09858916319590.98509231302350.856943468286.771469511223.339554896
41.8748792016-0.089490890481-0.6019244201322.83802146947-1.364275249654.313755539980.01381930222390.2590369149760.1839529813611.01842735208-0.205746008320.2941305374250.01952005819780.0414375166034-0.01359863264721.09551602723-0.1348862032990.07022997450631.02986203471-0.06171652062921.05024643966-49.1648707668-1.36412578837-1.97417651353
52.420241397530.6694165789260.6047386699494.172139213213.158060437262.8173646741-0.0650089768211-0.4412235241930.207883198768-0.0587090856136-0.03648678971250.307328578623-0.371753317537-0.3820337880950.002466615026410.667745485832-0.04413015373060.03421244124020.756217500001-0.1090338711270.810721203933-1.2659166871862.888497225239.2244868823
63.169105876622.950860096540.5950181835455.12899402003-1.177415880971.38752022583-0.2846327854760.2681190792730.2507769812770.7121208108180.584797394910.251328344949-0.0225374873190.0212792131422-0.001199115407030.734516707043-0.02576276243580.05173354164410.876562951191-0.0002278519344640.744813217257-13.492105705319.578792185337.2656856096
72.943354376181.282304086370.06155346194261.43903206905-0.8164871965580.593445283197-0.5460408895560.87820577418-0.622807433152-0.6532249238980.443559801793-0.8071578094680.0418133621992-0.382572875421-0.008672688812520.970666731856-0.4057442894430.1826769815741.29280956972-0.2634868779371.0800042481122.87197267758.643070416315.0346521348
82.962041964070.7748085758711.013621537763.1815025121-0.3501783280383.12561765958-0.5918318216140.7194323428440.306324152617-0.6509293638260.160697839388-0.054326705924-0.2435769394670.4899865516730.01005190176651.14881546971-0.448458069772-0.1846301914771.278332574890.1231805509560.889808430042-16.609330923627.92242669264.45357259519
92.62225454962.12639269660.4684497297873.494103350631.515421151631.11082059213-0.1534533878020.2574826449290.303558841815-0.09773671517570.1386961058820.2428069641150.05287096975420.02164935226050.007776874704020.789969870418-0.114054304656-0.05206754167370.8552536355560.0649254595570.752311472624-34.343341420321.180456514624.4442638046
103.572743428910.1889587713210.6068559060121.426148655550.3514064023271.416652271070.294617766374-0.293112011269-0.380204158540.579568880056-0.365384390983-0.8350280124190.1714960898040.5181310857090.0001139400453950.778184449713-0.026780232079-0.08290163569060.972144072409-0.1308793114540.86068313351221.901422326860.022219045640.603352764
112.994409923723.12972164048-0.1714386787372.60108427709-0.6232131387082.011816914490.0454721799029-0.1161130147850.194234102322-0.140807884002-0.0683999300601-0.095185517423-1.360111305880.8448841377360.01938677788161.57213402001-0.4861684239380.08282177198711.43666924316-0.2609031399381.0870285517639.370349291193.531279795741.522954528
121.164527588872.03343996506-0.8767925858794.18144900211-0.8109983392740.330275943791-0.2992161049590.241634102149-0.764336667923-0.129815686850.632697918448-0.9422176824380.08187803800160.06046601365220.002765446299230.981193971887-0.1404441119220.04791693666841.03016777772-0.2908143758311.3190959021-8.721710869727.4673097214514.6100688525
132.82103087130.9040681028321.880693851961.46226402936-0.8049340591862.15158182525-0.1226560327470.255511204327-1.112074859070.09712539915370.31542297698-0.6264630575660.3523355604540.110187467844-0.00161540265851.45642174558-0.3392093241170.07396916283831.21601300736-0.2570836449251.79869029387-36.3218484205-27.8250926976.40124467617
140.6153666673060.6006317997231.336029683095.561873752841.098805808822.65476963588-0.8911152359810.6591294773550.749087560894-0.9783250020071.169912194541.26575038072-0.4924937609790.01458975114850.01526552412521.32476541443-0.592585570078-0.30223426071.299840705520.3545954588221.189440410366.0904167160972.787915282814.8523368893
152.63203116741-0.5961474984231.43319027721.26776940182-1.133467442121.35041909420.386951846204-0.7416421955960.536108800944-0.568095783257-0.3563228485870.389928153794-0.5394154088990.267855431472-0.003899298391471.89994909268-0.6748611051750.2599330729731.58285597086-0.05037956418641.5229589994433.1433043659112.20143111425.0037420208
160.380715101290.0919790555288-0.7140684426494.00241667566-0.8619837214323.6719581670.04617587474360.114554380633-0.274440002735-0.0302421136813-0.1111225585010.4231859389441.36892500207-0.4663675166930.007685825929451.31882633796-0.253959517633-0.04573221173161.05960762012-0.05429409467961.31275394669-54.4951002193-16.114213374718.4971825232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 2:122
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 2:101
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resid 1:97
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resid 1:107
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 123:223
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 102:221
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and resid 98:216
8X-RAY DIFFRACTION8chain D and resid 108:218
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and resid 224:344
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resid 222:303
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and resid 304:446
12X-RAY DIFFRACTION12chain C and resid 217:344
13X-RAY DIFFRACTION13chain C and resid 345:449
14X-RAY DIFFRACTION14chain D and resid 219:328
15X-RAY DIFFRACTION15chain D and resid 329:447
16X-RAY DIFFRACTION16chain A and resid 345:446

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る