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万見
- PDB-6ve8: Structure of the Glutamate-Like Receptor GLR3.2 ligand-binding do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ve8
タイトルStructure of the Glutamate-Like Receptor GLR3.2 ligand-binding domain in complex with Methionine
要素Glutamate receptor 3.2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ligand-binding domain / Glutamate like receptor / Ion channel / Arabidopsis
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to amino acid stimulus / calcium-mediated signaling / calcium channel activity / calcium ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, plant / Plant glutamate receptor, periplasmic ligand-binding domain / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / METHIONINE / Glutamate receptor 3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Gangwar, S.P. / Green, M.N. / Yoder, J.B. / Sobolevsky, A.I.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1818213 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS083660 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS107253 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA206573 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structure of the Arabidopsis Glutamate Receptor-like Channel GLR3.2 Ligand-Binding Domain.
著者: Gangwar, S.P. / Green, M.N. / Michard, E. / Simon, A.A. / Feijo, J.A. / Sobolevsky, A.I.
履歴
登録2019年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1335
ポリマ－33,7781
非ポリマー3554
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11020 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.645, 65.470, 72.186
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glutamate receptor 3.2 / AtGluR2 / Ligand-gated ion channel 3.2


分子量: 33778.094 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GLR3.2, GLUR2, At4g35290, F23E12.150 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B (DE3) / 参照: UniProt: Q93YT1

-
非ポリマー , 5種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 % / 解説: long Rod shaped
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 18% PEG MME 2K, 0.1 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→72.19 Å / Num. obs: 23419 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 124336 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.75-1.783.10.6741.812580.6550.4330.80699.1
9.09-72.194.40.0462060.9980.0230.05197.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model based on 6MMS

6mms


解像度: 1.75→48.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.378 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1997 1167 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.1667 22200 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.31 Å2 / Biso mean: 22.065 Å2 / Biso min: 11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---1.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1830 0 20 112 1962
Biso mean--33.58 29.39 -
残基数----237
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7211.6382557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4451.5734089
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.845236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1521.21299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41915300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0761515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02423
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 86 -
Rwork0.28 1598 -
all-1684 -
obs--98.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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