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- PDB-6vdz: Crystal structure of reduced SfmD by soaking with sodium hydrosulfite -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vdz
タイトルCrystal structure of reduced SfmD by soaking with sodium hydrosulfite
要素3-methyl-L-tyrosine peroxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydroxylase / Histidine-ligated heme
機能・相同性3-methyl-L-tyrosine peroxygenase / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding / HEME C / 3-methyl-L-tyrosine peroxygenase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces lavendulae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Shin, I. / Liu, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: A novel catalytic heme cofactor in SfmD with a single thioether bond and a bis -His ligand set revealed by a de novo crystal structural and spectroscopic study.
著者: Shin, I. / Davis, I. / Nieves-Merced, K. / Wang, Y. / McHardy, S. / Liu, A.
履歴
登録2019年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-methyl-L-tyrosine peroxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8512
ポリマ－38,2331
非ポリマー6191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.883, 59.883, 160.744
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 3-methyl-L-tyrosine peroxygenase


分子量: 38232.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae (バクテリア)
遺伝子: sfmD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0CN28, 3-methyl-L-tyrosine peroxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 7467 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 58396
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.95-381.513720.9190.5341.6060.72399.5
3-3.068.21.3333500.8870.471.4170.7798.6
3.06-3.1180.9843570.8910.3561.050.77898.9
3.11-3.187.50.8643700.8770.3220.9250.816100
3.18-3.256.60.9043550.8570.3610.9770.82298.3
3.25-3.327.80.5923730.9440.2140.6310.8498.9
3.32-3.418.90.4553460.9630.1530.4810.77498.9
3.41-3.58.10.3183780.9840.1120.3380.889100
3.5-3.68.40.223640.9890.0760.2340.86698.1
3.6-3.728.10.1813710.9940.0650.1930.98699.5
3.72-3.858.20.1593710.9950.0560.1690.97999.5
3.85-47.70.1243680.9930.0450.1321.17999.5
4-4.198.30.1053740.9960.0370.1121.13999.2
4.19-4.417.50.0833670.9960.0310.0891.26198.1
4.41-4.686.70.0713760.9970.0290.0771.23199.5
4.68-5.047.30.0693720.9960.0260.0741.36197.1
5.04-5.557.90.0643750.9960.0230.0691.19698.4
5.55-6.357.90.0613810.9970.0220.0651.10798.4
6.35-87.60.0534050.9970.0210.0571.156100
8-507.80.0574420.9970.0210.0611.61999.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.17.1-3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VDP

6vdp


解像度: 2.95→49.36 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 39.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3254 744 10.04 %
Rwork0.2599 --
obs0.2663 7411 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.13 Å2 / Biso mean: 106.9007 Å2 / Biso min: 96.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→49.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2241 0 43 0 2284
Biso mean--111.83 --
残基数----303
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.180.4271460.37711298144499
3.18-3.50.44391410.35031307144899
3.5-40.36581470.31741313146099
4.01-5.050.32941480.27481326147498
5.05-49.360.28391620.21121423158599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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