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- PDB-6vd2: Crystal structure of Arabidopsis thaliana S-adenosylmethionine Sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vd2
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana S-adenosylmethionine Synthase 2 (AtMAT2) in complex with S-adenosylmethionine
要素S-adenosylmethionine synthase 2
キーワードTRANSFERASE / methionine adenosyltransferase / SAM synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / plasmodesma / one-carbon metabolic process / copper ion binding / nucleolus / extracellular exosome / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-adenosylmethionine synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Dauter, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)The Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: S-adenosylmethionine synthases in plants: Structural characterization of type I and II isoenzymes from Arabidopsis thaliana and Medicago truncatula.
著者: Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Dauter, Z.
履歴
登録2019年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase 2
B: S-adenosylmethionine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,93821
ポリマ－88,3402
非ポリマー2,59919
水11,097616
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10370 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area26410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.980, 101.354, 84.708
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthase 2 / AdoMet synthase 2 / Methionine adenosyltransferase 2 / MAT 2


分子量: 44169.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: leaves / 遺伝子: SAM2, At4g01850, T7B11.11 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17562, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 9種, 635分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12 M Alcohols (1,6-hexanediol; 1-butanol; 1,2-propanediol; 2-propanol; 1,4-butanediol; 1,3-propanediol), 0.1 M HEPES and MOPS buffer at pH 7.5, 20% mmPEG500, 10% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月17日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→45.72 Å / Num. obs: 71629 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.21 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / 冗長度: 3.33 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 11496 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VCZ

6vcz


解像度: 1.97→45.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 11.591 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.149
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2401 1075 1.5 %RANDOM
Rwork0.1912 ---
obs0.1919 70546 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.49 Å2 / Biso mean: 35.771 Å2 / Biso min: 19.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.86 Å20 Å21.33 Å2
2---3.06 Å20 Å2
3----3.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→45.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6080 0 160 616 6856
Biso mean--46.97 44.09 -
残基数----786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0136389
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9551.6518648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3991.58413817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6725792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.61622.532316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.925151069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3611538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021278
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.017 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 78 -
Rwork0.332 5108 -
obs--95.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04480.0982-0.01580.6431-0.58250.7087-0.02210.01960.0549-0.1890.09080.160.1725-0.0614-0.06870.1062-0.0123-0.11270.04280.01610.152915.061910.75138.0095
20.00360.0197-0.00110.2256-0.18450.5113-0.0057-0.00970.0125-0.101-0.06170.01120.06670.07060.06740.06570.0132-0.04020.0665-0.00490.099332.61316.631911.6369
30.52230.00030.22390.52850.52241.66420.09430.11830.0115-0.1474-0.1333-0.0025-0.19450.05320.0390.12270.0123-0.05950.09670.04530.064535.560224.7996.1721
44.19822.21960.84111.6240.7350.4026-0.1184-0.0988-0.3554-0.3734-0.0098-0.0506-0.20370.04490.12820.20290.0157-0.05010.07310.10920.206643.077817.08353.1287
50.2499-0.16790.02460.3299-0.34250.49790.0763-0.0462-0.0243-0.01320.06080.1209-0.049-0.06-0.13720.0451-0.0296-0.01830.07240.00890.161211.782913.036429.0503
60.03010.0383-0.12130.2117-0.21740.53240.0239-0.0196-0.020.0436-0.05870.0455-0.04880.07370.03480.056-0.0316-0.05220.0776-0.01590.119929.199117.186631.3331
70.9665-0.1145-0.38240.07220.2171.1847-0.0271-0.24790.09270.0685-0.0485-0.03550.24150.04340.07560.0849-0.0564-0.02010.14510.04490.110130.3932-0.954837.5413
81.7287-0.2859-0.10310.0756-0.04260.758-0.03830.0046-0.15050.0681-0.08320.029-0.05710.25960.12150.1948-0.10890.00660.14580.02060.065534.17467.129542.0833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 329
3X-RAY DIFFRACTION3A330 - 366
4X-RAY DIFFRACTION4A367 - 394
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6B101 - 329
7X-RAY DIFFRACTION7B330 - 366
8X-RAY DIFFRACTION8B367 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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