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- PDB-6vbs: The C2 Crystal form of SodCI Superoxide Dismutase at 1.7 A resolu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vbs
タイトルThe C2 Crystal form of SodCI Superoxide Dismutase at 1.7 A resolution with 6 molecules in the asymmetric unit.
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXYGEN BINDING (酸素) / Superoxide Dismutase (スーパーオキシドディスムターゼ) / virulence factor (病原性因子) / peptidoglycan binding (ペプチドグリカン)
機能・相同性
機能・相同性情報


スーパーオキシドディスムターゼ / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / ペリプラズム / copper ion binding / extracellular space / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase [Cu-Zn] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Satyshur, K.A. / Forest, K.T. / Newhouse, P.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM007215 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Muropeptide Binding of the Virulence Factor Superoxide Dismutase C1 from Salmonella Typhimurium
著者: Newhouse, P.W. / Satyshur, K.A. / Slauch, J.M. / Forest, K.T.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,78422
ポリマ－104,6266
非ポリマー1,15816
水15,295849
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
E: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1336
ポリマ－34,8752
非ポリマー2584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
2
B: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
D: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3268
ポリマ－34,8752
非ポリマー4506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area14030 Å2
手法PISA
3
C: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3268
ポリマ－34,8752
非ポリマー4506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.838, 69.474, 95.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.888, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-395-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 17437.734 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: sodC1, AAP89_24585, ABO94_13165, AF480_24525, AF488_17800, AF489_22535, AIC76_23135, AU613_25900, AXR84_22600, AXU58_25005, C2253_23510, CD48_19550, CE87_24875, CET98_19490, CQG18_24025, ...遺伝子: sodC1, AAP89_24585, ABO94_13165, AF480_24525, AF488_17800, AF489_22535, AIC76_23135, AU613_25900, AXR84_22600, AXU58_25005, C2253_23510, CD48_19550, CE87_24875, CET98_19490, CQG18_24025, CVR97_00185, D4369_24860, D4380_23405, D4401_24550, D4E62_23815, D6360_24640, D7F20_18080, D7H43_24310, DD95_21320, DJ388_22940, DKJ11_15870, DKU57_23325, DLM31_21285, DO698_19845, DOJ90_22365, DOQ88_23710, DQ848_24435, DRM14_23695, DSF69_10260, DSR36_22945, DUW48_23400, EBO41_23675, EBP31_23480, EGU67_12495, EHB24_23490, EHC98_23755, EIW53_22710, F0A00_10055, F0A01_03930, F0A02_16630, F0A03_14260, F0A04_11295, F0A05_20695, F0A06_10485, F0U66_16995, FKA80_23505, FKA81_22545, FKA82_23465, FKA83_23450, FKA84_23540, FKA85_22415, FKA86_23320, FKA87_22565, FKA88_23655, FKA89_19440, FKA90_23025, FKA91_22685, FKA92_23550, FKA93_23530, FKA94_23705, FKA95_23590, FKA96_23695, FKA97_23460, FKA98_23465, FKA99_23670, FKB00_23595, FKB01_23750, FKB02_23725, FKB03_23595, FKB12_23280, FKB15_23500, FKB18_22510, FKB19_23085, FYL57_20425, FYL66_21285, FYL68_13470, FYL69_02095, FYL71_08605, FYL73_12165, FYL74_21170, FYL75_22020, FYL77_03645, FYL81_07750, FYL84_20475, FYL90_20575, FYL92_04365, FYL93_18435, FYL94_21135, FYL96_21895, FYM06_15765, FYM08_18765, FYM09_02430, FYM54_04305, FZ992_22195, FZ993_21050, FZ994_04265, FZ995_00435, FZ996_12505, FZ997_14980, FZ998_14695, FZ999_05915, GW08_24555, JO10_24570, LZ63_20420, NCTC13348_01621, NG18_23390, NU83_09530, QA89_23615, QD15_24180, RJ78_24990, SAMEA4398682_02945, Y934_24990, YG50_23900, YI33_24375, YR17_24730, ZB89_24710, ZC54_24870
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): plysS
参照: UniProt: A0A0D6GQL3, UniProt: P0CW86*PLUS, スーパーオキシドディスムターゼ
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 849 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 mg/ml SODC1 plus 1.2 mM trachaeal cytotoxin in 20 mM Tris pH 6.6 150 mM NaCl set up as hanging drop with mother liquor Bis-Tris 0.05M, Ammonium Sulfate 0.05M, 30% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07812 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.528→84.987 Å / Num. obs: 187907 / % possible obs: 79.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 19.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.528→1.639 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5352 / CC1/2: 0.768 / Rpim(I) all: 0.297 / Rrim(I) all: 0.671 / % possible all: 21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5 (20190607)data processing
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190606データ削減
STARANISOVersion 2.2.19データスケーリング
PHENIX1.17位相決定
PHENIX1.17精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D52

6d52


解像度: 1.7→35.88 Å / SU ML: 0.178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.1984
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 3497 1.86 %
Rwork0.1785 --
obs0.1792 187907 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6816 0 32 849 7697
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03069539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05381041
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00691264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7949971
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.2611100.24745789X-RAY DIFFRACTION76.72
1.72-1.750.3091220.23126432X-RAY DIFFRACTION85
1.75-1.770.27711380.22367259X-RAY DIFFRACTION95.82
1.77-1.80.28251430.21327446X-RAY DIFFRACTION99.7
1.8-1.830.25011440.20737585X-RAY DIFFRACTION99.72
1.83-1.860.22681430.18977482X-RAY DIFFRACTION99.82
1.86-1.90.26861430.18497568X-RAY DIFFRACTION99.82
1.9-1.930.24251480.18217571X-RAY DIFFRACTION99.9
1.93-1.970.2461400.17067464X-RAY DIFFRACTION99.78
1.97-2.020.16821430.17127552X-RAY DIFFRACTION99.79
2.02-2.060.21181430.16797561X-RAY DIFFRACTION99.82
2.06-2.110.17961430.16657508X-RAY DIFFRACTION99.57
2.11-2.170.231420.17167541X-RAY DIFFRACTION99.62
2.17-2.230.22571420.17487479X-RAY DIFFRACTION99.43
2.24-2.310.26111400.16647513X-RAY DIFFRACTION99.36
2.31-2.390.23471440.16287473X-RAY DIFFRACTION97.74
2.39-2.490.2321360.16147202X-RAY DIFFRACTION96.55
2.49-2.60.19421440.16567529X-RAY DIFFRACTION99.88
2.6-2.740.22961460.16297574X-RAY DIFFRACTION99.86
2.74-2.910.24181430.16677524X-RAY DIFFRACTION99.83
2.91-3.130.17321360.16437520X-RAY DIFFRACTION99.71
3.13-3.450.17261410.16677517X-RAY DIFFRACTION99.39
3.45-3.940.21171430.16787465X-RAY DIFFRACTION98.93
3.94-4.970.15491410.16257366X-RAY DIFFRACTION97.2
4.97-35.880.31281390.24957490X-RAY DIFFRACTION99.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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